中国佛教里所谓的“丛林”，本来是禅宗僧众集团的特称，等于佛经所说的修行大众们，叫做清净大海众一样的意思，丛林不能通称某一个寺院，某一个寺院里的规模，可能是禅宗的丛林。明清以后，有些地方的寺院，虽然不一定是禅宗，便也随例称呼，叫作“丛林”，并无严格的分别了。
他职掌全寺的修持（教育）、寺务（行政）、戒律和清规（法律）、弘法（布道）、经济财务等事权，等于政府的元首，社会的领袖。他在寺内住的地方，叫做“方丈”，也就是佛经上说，维摩居室，仅有方丈之意，所以普通便叫一寺的住持和尚作“方丈”。有时也叫作住持，就是佛经上“住持正法”之意。《禅苑清规》称尊宿住持谓：“代佛扬化，表异知事，故云传法。名处一方，续佛慧命，斯曰住持。初转 轮，名为出世。师承有据，乃号传灯。”
住持是僧众们推选出来的，必须具有几个条件：第一，是禅宗的得法弟子，要确有修持见地，足为大众师范，而且形体端正，无有残缺。第二，要德孚众望，经诸山长老和其他丛林的住持们赞助。第三，得朝廷官府（中央政府或地方政府）的同意。
他具备这些众望所归的条件，经过一次极其隆重的仪式，才得升座作住持和尚。如果以上还有老师和尚的存在，在升座的仪式中，还有付法、嗣法、入院、视篆等手续，才算完成接座的一幕，相等于现代的交替教育宗旨，和职位上的移交。
前任的住持和尚退位，便称为退院老和尚，他闲居养静，再不问事，或者闭关专修，大体都是功高望重，修持与德操，达到圆满的程度。他与新任接位接法的住持和尚之间，视如父子，必须极尽恭敬供养侍奉的能事，一直到了老死，务须尽到孝养，否则，会被诸山长老及僧众们所指责的，甚之，还算是犯了清规，受到责罚。但是唐宋时代的退院高僧，多半是飘然远引，从来不肯作形似恋栈的事。
以前在中国的政治上，关于僧道制度，虽然历代都有过不大不小的争议，但因中国文化的博大优容，最后决议，都以师礼待遇僧道等人。虽然朝见帝王时，也不跪拜，只须合掌问讯，等于只有一揖了事。东汉时，僧尼隶属于鸿胪寺管理。唐以后，改变自姚秦、齐、梁以来的大僧正和大僧统，设祠部曹，主管天下僧尼道士的度牒和道箓等事。祠部与僧录司，等于现代政府的宗教司。唐代是隶属于礼部的，《唐会要》称：“则天延载元年五月十五日，敕天下僧尼隶祠部。”全国僧尼的户籍，也隶祠部专管，并置有僧籍的专案。迨唐宪宗元和二年，在帝部长安的左右街还置有僧录的职衔，相当于姚秦的僧正，后魏的沙门统，南齐京邑僧官的僧主。那是选拔聘请有道德学术修养的高僧，入都作僧官，主管灭下僧尼道士等的事务。元代有一时期，还专设有行宣政院，以管理僧俗喇嘛及边情等事务。明洪武时，置僧录司，各直省府属置僧纲司，州属置僧正司。清代因其职称。度牒，是政府给僧尼的证件，等于现代的文凭和身份证明书。唐代又称为“祠部牒”，它自尚书省祠部发出。道士们的度牒，又名为“箓”。
丛林住持的和尚，虽然由僧众推行产生，但是也须得朝廷或地方官的同意聘任。如果住持和尚有失德之处，政府也可以罢免他的职位，甚至还可以追回度牒，勒令还俗，便变成庶民，像平常人一样接受政府法律的制裁。这种制度，一直到清代以后，才渐渐变质，不太严格。因为清代在精神上，乃异族统治，变相松弛，是另有它的政治作用。中国历代政权，虽然没有像现代人一样，有宪法规定宗教信仰自由，可是向来都听任自由信仰宗教的，过去政府对于僧道的措施，并不是严格的管理，只是严整的监督。
住持在职位上，是全寺首脑的住持，由他选拔僧众，分但各种执事的职务，但是却叫作“请职”，并非分派。请职，等于说以礼聘请，并不是命令行为。各种执事的职位，虽然由住持所请，但一经请定了，便各自执行他的职掌，秉公办理，即使对住持，也不能徇私，因为他们有一最高的信仰，尽心尽力，一切都为常住，才是功德。常住，就是指丛林寺院的全体，也就是佛经所说“佛法常住”之意。所以凡关于处理或决议全寺和大众的事，住持必须请集全体执事公议以决定之，不能一意孤行，至少，也有两序执事长老，或少数重要执事参加决定才行。因此，住持在职位上，并不像专制时代政府的主官一样，他却像中国旧式教育的全体弟子们的严师一样。因为他所负的重要责任，便是指导全寺僧众们的实地修行，和品行的督导，关于这一方向，他却有无上的权威，也有无限的责任感，所以古代的丛林，有些住持，根本就不问事务，他认为执事的职掌，已经各有所司，毋需他来多管，他只需自己努力修行，随时说法，行其身教就是，要能不使学者走入歧途，这才是他应负的责任。
住持就位，就要选请全寺的执事。所谓执事，百丈旧规，称为“知事”。班首，旧规称为“头首”。他要选拔僧众中才能胜任，而且足孚众望的出任各种职司。虽然不经过选举，但是必是大众所谅解同意的。他要发表各位执事职司的手续时，先要征求本人的同意，再把各执事职司的名字职位，写在一个牌上（等于现代的公告牌），挂了出来，大家就得遵守之。须在每年正月十五、或七月十五挂牌。在请职以前，先于三五天前方丈预备了茶果，就命侍者去请某某师等同来吃茶，经过住持向他们当面请托，得到了同意，才一一由书记写好名字职位，挂牌示众。然后在就职那一天，午斋的时候，先送到斋堂，依次就座用膳。饭后再绕佛经行，送到大殿上，依次排列位置，再礼佛就位。晚课以后，各新请的执事，便到方丈礼座就职。住持便当面加以训勉，告诫尽心职务，遵守清规。退而再至各老职事房中，一一拜候，便叫作“巡寮”（这个名辞，在戒律上又作别论），这样便是简单的请职程序。请职的时候，也有请二人同任一职，每为副助，或数人同任一职的，偶也有之。但各职执事职司，虽由住持请出，却不像上下级官吏的组织，它足平行的。可以说，只有圆的关系，既不是上下，也不是纵横的隶属。他们有弟子对老师的尊敬，却没有下级对上级的班行观念。
(1)住持的日常事务(旧称“住持日用”) 关于教育和说法者：上堂。晚参。小参。告香。普说。入室(以上统属日常说法部分)。念诵。巡寮。肃众。训童行。为行者普说(以上统属日常管理部分)。受法衣。迎侍尊宿。施主请升座(说法)斋僧。受嗣法人煎点。嗣法师遗书至(以上统属于平常管辖的教育和事务部分)。
(2)请新住持的次序 发专使，当代住持受请。受请升座。专使特为新命煎点。山门管待新命并尊使新命辞众上堂茶汤。西堂头首受请。受请人升座。专使特为受请人煎点山门管待人并专使。受请人升座茶汤。
(3)入院视篆 山门请新命斋。开堂祝寿。山门特为新命茶汤。当晚小参。为建寺檀越升座。管待专使。留请两序。报谢出入。交割砧基什物。受两序勋旧煎点。
(4)退院
(5)迁化 入龛。请主丧。请丧司执事。孝服。佛事。移龛。挂真举哀茶汤。对灵小参奠茶汤念诵致祭。祭次。出丧挂真奠茶汤。荼毗(火化)。全身入塔。唱衣。灵骨入塔。下遗书。管待主丧及丧司执事人(其中火化与全身入塔及灵骨入塔，并非丧事的次序，但只视丧事情形，任选一项)。
(6)议举新住持
住持和尚所请班首执事，等于古朝廷仪制，分文武两班，所以便称为两序。
(1)古清规的两序：
西序班首：首座。西堂。后堂。堂主。书记。知藏。参头。祖侍。烧香。记录。圣僧侍者。
执事：殿主。寮元。钟头。鼓头。印房。夜巡。清众。香灯。司水。耆宿。闲住。护病。打扫。行者。净头。
东序班首：都监寺。监院。维那。副寺。库头。知众。知客。照客。悦众。典座。值岁。知浴。监收。衣钵。汤药。侍者。庄主。
执事：化主。寮元。寮主。副寮。延寿堂主(即近代的涅槃堂主)。净头。米头。饭头。茶头。园头。磨头。水头。炭头。菜头。柴头。
(2)两序请职的程序： 请立僧首座。请名德首座。两序进退。挂钵时请知事。侍者进退。寮舍交割什物。方丈特为新旧两序汤茶。堂司特为新旧侍者汤茶。库司特为新旧两序汤药。堂司送旧首座都寺钵位。方丈管待新旧两序。方丈特为新首座茶。新首座特为后堂大众茶。住持垂访头首点茶。两序交代茶。入寮出寮茶。头首就僧堂点茶。两序出班是香(其余制度，如受戒、挂褡、坐禅、节腊、法器，各有一定的规矩，因为太繁，又不关本文主要宗旨故不详述。既如以上所列，也仅举列它的次序名目，详细内容，也毋需一一申述)。
(1)寺务行政方面： 监院一位，或数位。他是职掌全寺内外寺务行政，旧制称为寺主，他与维那、首座，为丛林三纲职司之一。监院俗称叫作“当家师”，如为二位，便分内当家与外当家，三四五位，便分大当家二当家等等。分别管内管外，管钱管账各等职务。如果是小丛林，大多都只有一位。 副寺一位，或数位。他等于副当家，分理监院的事务，并执掌财务和山林田产。旧制副寺十日一算费用，记之纸端者，谓之旬单。
(2)经济财务方面： 库头一位，或数位。旧制此即副寺的职称，又称谓“都仓”，掌出纳之役。他执掌储藏应用物品，和食粮食物财务等事，又等于现代的仓库主管，俗称“库头师”。所有储藏农食等物，都应负保管、保养、防护、晒洗等责任。据《清规》记载：“其上下库子，须择有心力，能书算，守己廉谨者为之。”又云：“副寺者，古规曰库头，今诸寺谓柜头，北方称财帛，其实皆一职也。”
(3)监察方面： 都监一位。旧制称为“都寺”，别名“都管”。他负责监察寺务行政、经济、人事等事。大多任此职者，都聘请前任监院任之。后世把这一职务，也有变成了闲曹，等于政府的升迁，同时又相似降职。旧制它的职位，在监院之上，因都总诸临寺故名“都监”，又叫作“都总”，又叫“都守”。
(4)应接及外务方面： 知客一位或二三位，旧制又统称谓“典宾”、“知浴”、“知库”、“知殿”等。他对外执掌待客应酬，负责交际等事务，并接受替人念经作佛事等事，如为两位，便分别叫作大知客、二知客。所以知客师一席，又等于是外当家，或副寺，每日来往的收入，到了晚上，便统计交与库房。库房存款有余，便交方丈处理，现代便有转存于银行的。而且必须选拔德威并济，才能干练的担任，每每注重修持节操的，便推辞避免这个位置。但遇无其他适当人选，又必须为了常住，而发心担任之，等于为了大众必要，愿来跳火坑一样。
照客二位或数位，旧制称为“请客侍者”，或“客头行者”。隶属于知客之下，辅助知客，听其指挥作事，亦有选青年沙弥，聪明伶俐者任之。
(5)教育方面： 首座一位，旧制也有称谓“座元”，乃僧堂的元首之意。与监寺、维那，统称为三纲之一。他辅助和尚弘宗说法，大多是诸方公认的善知识，或在和尚的得法弟子中选有高深造就者任之，同时也可作和尚的储贰。他可代住持秉佛子上法座，开示大众，旧制和前堂首座、后堂首座、东藏主、书记，又称“秉拂五头首”，为各有秉拂之资格者，故又统称作“秉指寮”。旧制有前堂首座、后堂首座、立僧首座、名德首座、却来首座等各项分别职司。 堂主、后堂、西堂，都可以请一位或数位任之。旧制的“堂主”是一通名，例如水陆堂主、罗汉堂主、延寿堂主，都自各守一堂，虽然叫作堂主，并非如后代的专指禅堂的堂主，这里所称的，都是属于专管禅堂清修的堂主，旧制称“方丈和尚”，也有便称为“堂头和尚”。堂主乃主持僧众实地修行的禅堂指导者，同时亦可代理和尚说法，所以后世便把堂主说法，也叫作“小参”。堂主必须选有真实修持，有实际学问修养者任之。近代的制度，堂主进升为后堂，后堂进升为西堂，两堂进升为首座。首座可以代理和尚上殿、过堂、说法等事务。堂主们年老退职闲居，便可以不问寺务了。
禅堂内，又有监香、悦众、及单头等职司。旧制单头又称为“寮长”，也叫作“席头”。
书记一位，或数位。他执掌文墨，等于行政机关的秘书长，凡有关于寺务的文牍，都由他职掌，旧制写作佛事文书例如疏启一类，多采用用六字句的骈文体，这个职位，后代又改变有“写法书记”的名称。他等于中国古代帝王左右的史官，所谓“左史记行，右史记言”一样，他集二者于一身，书写记载住持和尚的说法的法语和言行，故须选善于文翰者任之。又有把这个职位，用作犒赏劳职之用，选拔清众当中，有多年苦行的任之，使他得到一个独居静处的寮房。书记可进升为堂主，旧制也又有称为“记室”的。
(6)纪纲司法方面： 维那一位，乃全寺三纲之一。与监院、首席并列为上首。纲即纲维之意，就是纲领寺内维持佛寺者。禅宗与律宗，都称“维那”，教宗便称谓“都维那”。旧制又别称为次第、知事、悦众、寺护等名。其实，“维那”一辞，实在出于律部的名称，《僧史略》谓：“东西域知事僧，总曰羯磨陀那(即梵语羯磨师之别译)，译为知事，亦曰悦众，谓知其事，悦其众也。”大凡诵经诵律，举行佛事，都由他领头，或僧众犯戒，触犯丛林清规，也由他执行，如摈斥出院等（戒律叫“斥逐作摈”。丛林术语便叫作“迁褡”，讹作“迁单”，就是赶出山门的代语）。维那的别称，又名叫做“堂司”，或用堂司直接名其所居住的寮舍，或作为直接名其职位的，又有一名，便叫作“纪纲寮”。
(7) 方丈侍者： 侍者数位，以其亲近于长老左右而任调遣者，故称“侍者”。旧制有五侍者，或六侍者的不同。有香侍者、侍状侍者、待客侍者、侍药侍者、侍衣侍者，这叫五侍者。巾瓶侍者、应客侍者、书录侍者、衣钵侍者、茶饭侍者、干办侍者，这叫作六侍者。后世以衣钵侍者，等于管理方丈中的总务侍者。书写侍者，后世又称为“写法侍者”，记录摭拾住持和尚的开示法语，是由他记写悬牌示众的。他们侍候和尚，等于方丈的侍从，多选和尚的入室弟子任之，也是清高的职司。佛经称侍者应具八法：所州“一、信根坚固。二、其心觅进。三、身无病。四、精进。五、具念心。六、心不憍慢。七、能成定意。八、具足闻智。”总之，此辈必须为法忘躯，智行严密，不负法乳之托的方可任之。
(8)总务方面： 典座一位，他执掌日常事务，犹如现代的总务庶务等业务。《临济录》冠注谓：“《百丈清规》有典座无饭头，此典座也。典座者，职掌大众斋粥一切供养。”僧堂清规谓：“此职主大众斋食，故时时改变食物，大众受用安乐为妙。”后世也有改为执掌内务之职的。
僧值一位。这是一年的值事僧，每年轮流当值，由各执事更换任之。
饭头一位。专管作饭。僧堂清规称：“此职与典座分劳，掌粥饭，常与药头、监粮等为合而护惜常住，其用心与典座同，慎饭粮之过不足，宜常熟汝典座宝训。”
火头一位，专管司爨。
园头一位，专管种菜。
菜头一位，专管煮作蔬菜。
行头数位，专管斋堂执役。
其他柴头、炭头、桶头、水头、磨头、茶头、锅头，则因时因地各有不同，或有或无，并不一律。
净头一位，专管厕所的卫生清洁。往往也有首座班首及僧众，自动请求担任，认为乃忏罪立德的好事。也有叫做“圊头”的，旧制又称谓“东司”。
庄主一位，或数位。如另外有田产的大丛林，就设有此职，专管田户收租等事，俗称叫“外当家”，辖有监收主等数位。
巡山寮主一位或数位，专管培养保护山林并防护盗贼等。如在深山大寺，都设有此职。普通寺院，不一定有的，大多选孔武有力者任之。如设有此职寮之处，则园头、柴头便归此寮。
如属有小庵，便有住庵的庵主。有塔，便有守塔的塔主。
打钟的称钟头，击鼓的称鼓头，也都各有专司。
(9)清要的职务： 藏主一位，旧制称渭“知藏”。他是专管藏经及图书的职位，等于现代的图书馆长，及图书管理员，往往选学养兼优的人任之，也可以并在书记寮内。大寺中每每专有藏经楼的建筑，故此职极为重要。
殿主一位，香灯数位。专管大雄宝殿的佛前内外事务的，叫作“殿主”，有香灯一人辅之。其他各殿，也有各殿的香灯，却不叫殿主，旧制却并在堂主寮内。如涅槃堂主(旧称“延寿堂主”)、罗汉堂主等。涅槃堂，律宗曰“无常院”，或“无常堂”。禅宗曰“涅槃堂”，或“延寿堂”，乃置临命终时的病僧，使观无常之所也。
化主一位或数位，他专管出外游方宣化，以募化所得，供养全寺大众生活，及作丛林常住的资产。化缘所得的款项账日，一切交付知客、库头，登记账册，转交住持处理。化主每每可以终年游方外出，比较清闲。
(10)执掌劳役的僧众： 执役僧若干人，担任劳动杂役的事务，往往皆由自动发心，请求执行苦役藉以自励德行的。此中每多贤者，并且大多是不求人知的，《传灯录》载：“沩山在百丈会下作典座，又令遵有笊篱木杓分付与典座语。”《五灯会元》载：“雪峰在洞山作饭头。庆诸在沩山为米头。道匡在招庆为桶头。灌溪在末山为园头。绍远在石门为田头。智通在沩山为直岁。晓聪在云居为灯头。嵇山在投子为柴头。义怀在翠峰为水头。佛心在海印为净头”此类都是苦行劳役之职，如作典座者，更为普遍。昔年笔者参学诸方时，曾有诗云；“灵鹫风高旧迹登，禅参北秀与南能。当时行脚江湖日，遍访名山苦行僧。”这便是向慕苦行僧中的德操，所以作此感怀。
凡是住持和尚以次的各班首执事，大多都有单独的寮房。如果房间不够分配，也视职位的清要与否，间或一二人兼并一间的。其余的僧众，无论住禅堂或挂褡，就统名叫作“清众”。后世因为佛教的普及，为了响应普通民间社会信仰的需要，也有被请去外面念经作佛事的必要，这也同时是全寺和僧众们的公私收入，所以便有专为应酬念经拜忏的一班僧众，普通把他有别于专门清修的清众，便叫做“应门”。当清末民初，在闽浙一带，一般习惯叫他为“应门和尚”，这可能就是应化僧的讹传了。
十方挂褡的云水寮，旧制叫作“江湖寮”，又名谓“众寮”，这是专指往来四方，参学云游的挂褡僧寮。禅门相传，江湖乃江西湖南之意，因唐时参禅的僧众，不到江西马祖处，便到湖南石头处，往来憧憧，都凑集在二大师之门，故便称谓江湖僧众。据《文选注》：谓今言江湖者，江外湖边，本是隐沦士所处。如《莲社高贤传》周续之曰：“心驰魏阙者，以江湖为桎梏。”骆宾王《序》曰：“廊庙与江湖齐致。”范希文严先生《祠堂记》曰：“既而动星象，归江湖。”等说是也。其实，江湖的原意，出于《庄子》，乃指隐沦的风尚，如云：“泉涸，鱼相与处于陆，相呴以湿，相濡以沫，不如相忘于江湖。”
自百丈清规以来，及今千有余年，何况原始规范，早已失传，后世传到近代的丛林规矩，多有非旧时面目者，也就不足以为怪了。当元顺帝至元四年，敕百丈山德辉禅师选修《百丈清规》八卷行世，就诏天下僧人，悉依此清规而行。到了明朝，屡次下敕不入此清规者，就以法律绳之，后世便遵此为准。清代道光三年，有源洪禅师著《百丈清规证义》十卷行世，便为定本。其余则因时因地的不同，就各自别有出入。近世以来，所行有不同于旧制者更多，实亦时势所趋使，有不得不变的苦衷，但也有由于不知所本，妄加师心自用的确亦不少，如源洪禅师称：“清规面目，有古今不同者，如古称头首，今名首座，或号座元。古称监寺，今名监院，以及书状，改名书记。僧堂改名为禅堂之类。俱改其名而不改其义。又规条中古有而今无者，如点茶抛香之类。古无而今有者，如祖忌、增百丈等，水陆增栖等及不许吃烟之类。” 总之，任何一种社会，最初总很简单，时代愈向后推，情形也愈复杂，所以规矩也就增加更多。百丈原始清规，虽然已经失传，但宋人杨亿的序文至今还在，他所述的原始情形，当然比较后世简朴的多，如称：“所裒学众，无多无少，无高下，尽入僧堂，依夏次安排，设长连床，施椸架，挂褡道具。卧必斜枕床唇，右胁吉祥睡者；以其坐禅既久，略偃息而已。”他又述说《百丈清规》的目的，如称：“一、不污清众，生恭信故。二、不毁僧形，循佛制故。三、不扰公门，省狱讼故。四、不泄于外，护宗纲故。”从杨亿的序文，和慈觉大师的《龟镜文》看来，当时他所注意的重心，确实只重在流传到今世的禅堂。但是后世的丛林规矩，除了少数几个大丛林以外，却都以此为范围僧众的仪轨，反视禅堂为附庸了，甚矣！禅宗的衰落，也是事有固然的了。