红四军党的七大后，陈毅认为大会的决议只是个折衷的决议，“并没有把问题彻底解决”了。他后来写给中央的报告中说：“静待中央派人去主持，所谓前委，只是一个‘过渡内阁’”。
1929年7月下旬，因中央来信要红四军派领导干部去上海参加中共中央政治局召集的军事会议，汇报红四军情况，前委决定陈毅赴上海向中央汇报工作。陈毅去上海之前，曾同毛泽东交换意见，但是，双方意见未能统一。由此看来，解决红四军内部的分歧，只有等待党中央的决断了。
在陈毅到达上海之前，1929年8月13日，中共中央政治局在收到由福建省委转去的陈毅的报告和红四军党的七大决议案等（还包括毛泽东6月14日给林彪的信和刘安恭等人的信件）后召集会议，就中共红四军前委内部发生分歧一事进行讨论。这次会议指出红四军党的七大决议案有些是正确的，有些则不正确；刘安恭的争论文章许多不符合事实，有意制造派别纠纷，要立即把他调回中央。李立三在会上说：还有一点中心问题要指出，现在国内斗争很激烈，党内纠纷应绝对禁止。刘安恭的根本问题就在这里，他尤其不应该在下面发展派别活动。前委不能解决的问题交来中央。集权与分权的问题也是重要的，目前一定要比较集中一点，不然军事行动就没有办法。周恩来根据中央政治局讨论的精神，起草了8月21日《中央给四军前委的指示信》。
指示信对红四军党的七大提出批评，认为大会侧重于解决内部纠纷是不正确的，“刘安恭同志企图引起红军党内的派别斗争”是错误的。
指示信肯定了毛泽东的一些正确主张，认为地方武装与红军同时扩大以及暂不设红四军军委是正确的。指出：“红军的游击，更充分负有发动群众实行土地革命建设苏维埃政权的使命，谁忽视了这一点，谁便将红军带向流寇土匪的行径”；在组织上“必须采取比较集权制”，这样才能便于作战；红军中“党的书记当然要更多负些处理日常事务与临时紧急处置的责任——这是书记的责任，绝对不是家长制”；“党的一切工作一切事务一切问题都要拿到支部中去讨论去解决——这是极端民主化的主张”，红军“绝对不容许有此种倾向的生长”。还指出，刘安恭应“调来中央”。
指示信对于红四军党内争论中涉及的一些原则问题作了比较全面正确的回答，可惜的是这封信未能及时送到红四军前委。
8月下旬，陈毅抵达上海后，很快同李立三接上了头。李立三和陈毅过去是法国勤工俭学的老同学，后来一起被押送回国。他们两人相见甚欢。陈毅先向李立三报告红四军党的七大的情况。李立三听完陈毅的汇报后，表示尽快向政治局报告，并要陈毅写好几种上报的书面材料。这几个材料是：《关于朱德、毛泽东红军的历史及其状况的报告》、《关于朱、毛红军的党务概况报告》、《关于朱、毛争论问题的报告》、《关于赣南、闽西、粤东江农运及党的发展情况的报告》和《前委对中央提出的意见——对全国军事运动的意见及四军本身问题》，陈毅很快就完成了这个任务。
8月27日，中共中央政治局临时召开会议，李立三、周恩来等专门听取陈毅关于红四军党内问题的汇报。会上，陈毅对毛泽东作了很好的评价，说毛泽东“在政治上强”、“在政治上比较正确”，对于争论“能从政治上来说明一切问题”。这次会议决定再召开政治局会议，由陈毅出席作一详细报告。
两天之后，8月29日，中共中央召开会议，听取陈毅关于红四军全面情况以及红四军党的七大争论的详细汇报。出席这次会议的有向忠发、李立三、周恩来、项英、关向应。中共中央政洽局听取了陈毅汇报以后，鉴于红四军的经验和问题极为重要，决定由李立三、周恩来、陈毅三人组成委员会，提出决议到政治局讨论通过。三人委员会由周恩来召集。
在将近一个月的时间里，三人委员会在中央八月指示信的基础上，进行了多次深入的讨论，并委托陈毅代中央起草给红四军前委的指示信。9月28日，这封指示信（通称“九月来信”）经周恩来审定后发出。
指示信总结了红四军及各地红军的斗争经验，提出了一个很重要的观点：“先有农村红军，后有城市政权，这是中国革命的特征，这是中国经济基础的产物。如有人怀疑红军的存在，他就是不懂得中国革命的实际，就是一种取消观念”。
指示信强调红军的根本任务是：“一、发动群众斗争，实行土地革命，建立苏维埃政权；二、实行游击战争，武装农民，并扩大本身组织；三、扩大游击区域及政治影响于全国”。这样，加上红军与地方武装应同时扩大等等，就明显地改正了红四军党的七大没有充分强调反对单纯军事观点的缺点。
指示信对红军分散与集中的问题作了正确的回答：“绝不能把红军四军分成几路各不相属的部队，这样就是分散而不是分兵，或者把红军四军分小，化成无数的游击队而不相联属，两者都是取消观念，皆原于对政局的估量不正确，恐惧反动势力稳定，红军会被消灭，才发生减少目标各个自了的右倾思想。这种倾向于红军发展及对全国政治影响有极大危险”。经历了“二月来信”、4月7日指示信和6月12日讨论红四军前委4月5日来信的变化，“九月来信”在这个问题上既解决了红军中某些干部存在的错误思想，又是中央在实际上作了自我批评。
指示信肯定了毛泽东建军建党的基本原则，指出：“只有加强无产阶级意识的领导，才可以使之减少农民意识”。对于红军中的种种错误观念，“前委应坚决以斗争的态度来肃清之”。关于党对红军领导的问题，指出：“党的一切权力集中于前委指导机关，这是正确的，绝不能动摇。不能机械地引用‘家长制’这个名词来削弱指导机关的权力，来作极端民主化的掩护”。
指示信还对红四军党的七大及前委扩大会处置的缺点提出了下列几点批评：第一，对朱、毛两同志的问题前委自己不先提办法，而交下级自由讨论，客观上是放任内部斗争，关门闹纠纷；第二，没有从政治上指出正确路线，只是在组织上回答一些个人问题；第三，削弱了前委的权力，客观上助长极端民主化的发展；第四，对朱、毛问题没有顾及他们在政治上的责任之重要，公开提到群众中没有指导的任意批评，使朱、毛两同志在群众中的信仰发生影响。指示信要求前委立即负责挽回上面的一些错误。
这样，中共中央对红四军党内发生的争论问题作了明确的结论。指示信要红四军前委和全体指战员维护朱德、毛泽东的领导，提高指导机关的威信，决定毛泽东“应仍为前委书记”。
选定毛泽东为红四军党的核心，这是“九月来信”极其重要的精神，也是李立三、周恩来等中央领导人的一个极其重要的决策。
1929年10月，陈毅带着中共中央“九月来信”从上海经香港、广东回闽西。他后来曾多次对身边工作的人说，到上海党中央两个月，等于上了两个月的训练班。
10月22日，陈毅在广东梅县松源的红四军前委机关和朱德会面，简单地讲了一下中央指示精神，要请毛泽东回来领导。当晚，前委召集会议，陈毅传达了中央九月来信。会后，陈毅派专人将“九月来信”送往上杭苏家坡给毛泽东，并附信转达中央指示，请毛泽东回红四军复职。
11月23日红四军再次攻克长汀城后，中共红四军前委依据中央指示，决定请毛泽东速回，继续主持红四军前委工作。
在红军占领长汀城的第四天，11月26日，毛泽东心情舒畅地偕同中共福建省委巡视员、组织部长谢汉秋从上杭蛟洋到达长汀，与朱德和陈毅等会合，互相作了检讨，消除了隔阂。毛泽东表示愿意遵照中央指示回前委复职，陈毅向他详细介绍了上海之行，并转达了李立三对他的问候。
11月28日，毛泽东、朱德、陈毅等出席在长汀召开的中共红四军前委扩大会议。会议在团结民主的气氛下举行，一致认为要对红四军进行整顿和训练，决定召开中共红四军第九次代表大会、用各种方法建立红四军的政治领导，以及纠正红四军党内各种错误思想倾向。这时，毛泽东感到中央对他很大的信任和支持。毛泽东后来回忆曾说到：
关于红四军的问题，李立三处理得好。就在11月28日这一天，他接连写信给中央和李立三。
毛泽东在给中央的信上说：“我病已好，十一月二十六日偕福建省委巡视员谢同志从蛟洋到达汀州，与四军会合，遵照中央指示，在前委工作。四军攻梅县失利，损失虽不小，但士气仍振奋，目前一时期当在福建境内工作。闽西已有八十万赤色群众足以掩护红军，刘（和鼎）金（汉鼎）张（贞）等会剿，形势并不严重。现决整理一时期，即向刘张进击。”“四军党内的团结，在中央正确指导之下，完全不成问题。陈毅同志已到，中央的意思已完全达到。惟党员理论常识太低，须赶急进行教育。”信中除请中央将党内出版物寄来外，还请购书一批，并说：“我们望得书报如饥如渴，务请勿以事小弃置。”
毛泽东的复职，使中共中央放了心。1930年2月1日，中央就红四军行动问题给广东省委的信中说到：红四军攻梅县的失败，在政治上的损失确比军事上的损失大，原因自当归咎于四军内部党和政治工作的破产。谈到毛泽东的来信时说：“润之来信很积极，发展方向他们亦接受中央指示，只是声明目前环境所限恐须先在闽西深入”。信中还讲到“润之现已复职，中心的政治领导亦已确立，此稍可使中央放心”。
毛泽东给李立三的信，更是充满了友谊之情。信的全文是：
多久不和你通讯了，陈毅同志来才知道你的情形。我大病三个月，现虽好了，但精神未全复元。开慧和岸英等我时常念及他们，想和他们通讯，不知通信处。闻说泽民在上海，请兄替我通知泽民，要他把开慧的通信处告诉我，并要他写信给我。我知识饥荒到十分，请你时常寄书报给我，能抽暇写信指导尤幸。独秀近来行动①真岂有此理，中央的驳议文件已经到此，我们当普遍地宣传。
从这封信中可以看出，由于李立三支持毛泽东在红四军前委的工作，正确地处理了红四军党内的争论问题，引起了毛泽东对昔日战友深切的怀念。