广东的军政府包括：国民党、政学系、桂系、滇系、粤系，以及名流派如唐绍仪等。当然大家意见并不一致。前面已叙述过广东桂系与地方派粤系军人的斗争，驻粤滇军的内哄等。粤系军人首领前广东省长李耀汉被桂系迫下台赴港养病后，仍然保有肇军总司令的名义，其部将翟汪代理省长，古日光代理肇阳罗镇守使，其他粤系军人如广惠镇守使李福林、警卫军统领魏邦平都和李耀汉有密切的联系，所以桂系对粤系戒心未除。民国8年6月12日广东督军莫荣新进一步下令通缉李耀汉，并没收其财产，派桂系健将林虎继任肇阳罗镇守使，时军政府下令罢免李耀汉的肇军总司令一职，14日林虎前赴肇庆布置一切，这是在广东的桂系准备以武力铲除李耀汉势力的具体行动。由于桂系的压力，广东代理省长翟汪力辞代理职务，派张锦芳暂行护理省长。
桂系在广东对广东军人的压制行为，引起了广东人民和各方面的极大反感，因此广东人民举行了大罢工、罢市、罢课来表示抗议。广九、广三铁路火车停驶，广州市电灯不明，形势极为紧张。这时候广东老百姓只希望桂系力量能够早日被逐出，他们曾有计划拟选举伍廷芳为省长以对抗桂系另派省长。同时在军事上粤系地方派也想连络国民党内的粤系军人，当时国民党内的粤系军人实力分子是陈炯明，陈炯明这时担任粤军总司令正驻军闽南，陈炯明的离粤，也是受到桂系的排挤，他内心当然想回广东，广东地方派军人魏邦平和李福林派人暗和陈炯明通款曲，要求陈率军秘密开回广东，魏李等在内接应，以便里应外合驱逐桂系。
然而桂系在广东的力量究竟是最大的，所以魏邦平和李福林这个计划是不容易实现的，因为桂系一直有军队监视粤闽边区的陈炯明，陈炯明回车的行动立刻会引起阻止行动，很难达到目的。
陈炯明率军回粤的消息传出去了，可是实际行动却很难实现，因此陈炯明只好公开通电否认他要率军回粤的谣言。否认尽管否认，事实上陈炯明在6月25日即秘密与福建督军李厚基签订了粤闽划界停战协定，这就表示陈炯明随时可能率军由闽南撤出，不会受到福建方面的追击。
陈炯明当然是日夜希望回到广东，他又何尝忘了广东督军的宝座。
南方的军政府由单一的大元帅制改组为合议形式的总裁制后，实际上的军政府并不在七总裁控制中，而是由桂系所控制。同时名虽号称七总裁，可是这时候，孙中山先生已去上海，宣布辞职。唐绍仪一直在上海担任南方的议和总代表。唐继尧在云南。陆荣廷则留在广西。所以在广州只有岑春煊、伍廷芳、林葆怿三人。虽然那些不在广州的总裁们都派有代表列席政务会议，可是桂系只承认陆荣廷的代表合格。孙、唐、唐的代表桂系都不承认。主席总裁岑春煊则一切听命于桂系。
8年8月7日孙中山在上海通电辞去总裁一职，并声明自辞职日起，以后军政府所发文电如果仍签署他的名字，概不负责。11日广州国会开会议决挽留孙中山。这个期间广州旧国会内政学系议员和照霞楼派议员之间冲突更尖锐化了（照霞楼派是国民党系议员的代称，因为当时国民党籍议员多数下榻照霞楼）。由于对军政府极为不满，照霞楼派策动第二次改组军政府，首先提案查办广东财政厅厅长杨永泰，提起杨永泰也是个了不起的人物，他是政学系的军师和智囊。随后照霞楼又建议撤回南方议和总代表，改组军政府为正式政府。对北京政府明令讨伐。又因岑春煊私派代表到北京秘密接洽和议，违反《约法》精神和军政府的合议制，照霞楼派议员提出不信任主席总裁一案，岑春煊于是忿而辞职。这期间政学系很孤单，旧国会各党派与国民党联合起来，于是改组军政府一案遂得通过。九十月间，军政府和国民党占有优势的旧国会已经处于对立的地位，使得军政府的地位摇摇欲坠。
这时候，滇系和桂系还是和好时期，所以唐继尧、莫荣新、谭延闿、刘显世联名通电，反对军政府改组。陆荣廷、林葆怿、谭延闿、谭浩明则纷纷通电挽留岑春煊。
9年初，滇桂两系因为争夺驻粤滇军的统率权而翻脸，唐继尧也打算辞去总裁以拆军政府的台，于是南方的政治局面为之一变，滇系和国民党结合起来，桂系便陷于孤立。国民党计划以云南为新根据地，把广州的非常国会搬去昆明，并在云南组织新的西南政府。当北江滇军问题发生时，广州参众两院议长吴景濂、林森都秘密地由广州潜赴香港，旧国会议员们也一批一批地前往香港集中。
唐继尧计划和粤军总司令陈炯明两面向广东进兵，夹攻桂系，粤军由闽回粤的谣言盛传一时，陈炯明不但和福建督军李厚基秘密妥协，并与亲桂系的滇军师长方声涛部在粤闽边境发生冲突。
9年3月29日军政府政务总裁伍廷芳及参众两院议长林森、吴景濂以反对岑春煊，悄然离粤赴上海。
伍廷芳的不辞而别，使军政府有点手足无措，并不是伍廷芳有什么重要过于孙、唐、唐三总裁，而是伍廷芳有他的价值，因伍兼任军政府的外交部长和财政部长。8年6月外交团取得北京政府的同意，以关税余款的百分之十三拨交南方军政府作为政费，这笔款项指定由伍廷芳签字具领，如今伍廷芳悄然去港，外国人只认签字，谁也无法冒签伍的签字，换句话说领这笔钱发生了极大的麻烦，这就是伍廷芳比其他总裁重要的地方。
同时伍廷芳经手领取的关税余款共五次，全数390余万元，除支付外，还存了180余万元。这笔钱在伍出走时也没有移交，全数携之而去。
伍这一着，比带了军队走还要凶，因为在当时的军政府，财政是最重要的一环。岑春煊赶回广州后立刻写了一封亲笔信，派专人到香港敦请伍回穗，岑在信中说了许多好话，只要求伍回来，无话不可谈，无事不可商。然而伍则坚决拒绝，任来人怎么恳求，就是不肯回去。
军政府只好发表公报：4月8日军政府政务会议解除伍的外交、财政两部长兼职，仍留总裁本职。同时谴责伍廷芳不告而行，既不接受劝告回省供职，又不办理移交。尤有甚者，伍携走了关税余款180万元，致使库空如洗，军政各费均无从应付。另一公报则宣布：政务会议议决免除伍廷芳外交、财政部长兼职，特任温宗尧为外交部长，陈锦涛为财政部长。陈锦涛未到任前，由次长文群代理部务。
伍廷芳这次携官印出走是第二次了，其第一次是在民国6年7月张勋复辟时，他携带外交总长的印信由北京到上海，仍然自居为合法的外交总长；这次也是一样，4月10日他在香港发出通电，宣布继续执行外交、财政两总长的职权。军政府除通电否认其职权外，并电请北京政府转告外交团，以后关税余款请直接解交军政府领收。
4月中旬，军政府在香港延聘律师控告伍廷芳卷款潜逃，伍也聘律师对抗。香港中外报纸大登特登。这一来大家都知道南方的军政府不只是四分五裂，根本是一息奄奄了。
这真是一件极可惜的事，对于南方军政府，因为这时正是北方直皖两系濒临破裂，战争一触即发，如果南方真的护法，团结一致，则北方的变局将使南方渔翁得利。不料南方也是一样，一方面滇粤军发生冲突，另方面军政府则四分五裂。相对的，北方也是自顾不暇，不能抓住这个机会来统一南方，如果这时北方直皖两系不是到了最后火并的时候，则用兵南方不难底定全局的。
对南方军政府最严重的，是国会议员也成批地不辞而别，甚至还带走了档案。4月1日，非常国会众议院副议长褚辅成去了香港，行前曾召国民党籍议员到香港集中，两院秘书厅在国民党议长指挥下，把两院档案卷宗全部打包叠好，分批运赴香港，这一来真是彻底地搬了家。使得广州的非常国会变成了真空状态。
4月3日，岑春煊风闻国会已搬空了，乃下令派宪兵前往两院搜查，果然发现国会重要文件全部已经运走，大为光火，因之派警察严密监视两院。
4月6日，留穗未走的国会议员召开联席会议，非国民党议员公推孙光庭为参议院主席，陈鸿钧为众议院主席，代行议长职权。同时通电宣布众议院议长吴景濂、副议长褚辅成、参议院议长林森等“带印潜逃，嗣后如假议长名义在外发表文电，一概认为无效。”
国民党籍议员在香港举行座谈会，会中讨论主题是把国会搬到什么地方？有的主张搬到云南，一部分则主张搬去上海。主张迁上海的人认为上海是皖系势力范围，而皖系对国民党日益表示好感，自不会干涉国会在上海集会。上海是全国重心，一举一动容易受人重视，耳目灵活，宣传的效果也很大。可是反对派则认为国会之所以播迁，就是因为受皖系军阀的迫害，当年就是皖系军阀强迫北京政府下令解散的，现在的安福国会也是皖系一手孕育出来的，因此国会再投奔皖系势力范围之内，未免太没有骨气了。所以这派人主张国会迁昆明。可是反对迁昆明的人理由也很对，他们认为云南僻处一隅，交通不便，国会迁滇无法号召，在政治上起不了广泛的影响。同时对唐继尧的态度也值得考虑，认为唐继尧在云南一向是关了门做皇帝，他是不是愿意欢迎这么多国会议员到昆明，也值得研究。
最后，主张迁沪者占大多数，于是伍廷芳乃把他所携出的公款发给每位议员赴沪旅费200元，另汇100万元存上海汇丰银行为国会迁沪后的制宪经费。在上海方面，孙中山和唐绍仪也担承另筹100万元支援国会。
4月8日，吴景濂先动身去上海，筹备国会在上海复会，国会存款50余万元由他带走。4月上旬，国会议员陆续抵达上海的已有200人左右，计划先召开两院联席会。
于是，上海和广州的两派议员，就遥遥相骂，互骂对方“通敌违法”。这时在广州的国会议员仍有300余人，政学系议员建议：由于人数不足，可以改开非常会议，推举岑春煊为大元帅以代替日益没落的军政府。
在北京看起来，广州的旧国会分家，是个好消息，总统徐世昌和总理靳云鹏认为这是南北直接交涉的大好时机，因此主张撇开上海的和会，直接向广州军政府谈和。根据李纯的五款方案，再加入：“善后大借款如果成立，应依照关税余款分配西南百分之十三的旧例办理。”一条作为谈判基础。
可是段祺瑞却反对徐、靳的主张，段以前一直是极端地反对上海和会的，现在忽然摇身一变，极力主张仍应在上海谈和，主张一切问题应由上海和会解决。而皖系健将，上海的“地方首脑”卢永祥也和旧国会的议员们成为好朋友，卢永祥公开建议解决时局的方法是新旧国会的合并，在上海共同制宪。
时局的发展，把一个最倒霉的人救活了，这就是安福系的首领，北方议和总代表王揖唐。他本来大张旗鼓到上海，不料南方代表根本不承认他的地位，任他巧语花言，任他费尽心机，南方代表就是一百个不理，使他不只感到乏味，而且进退维谷。现在广州的国会议员到了上海，正是走投无路的时候，他仍出面四处连络，他手头有钱，钱可通神，于是他的局面也活跃起来。
前面曾提到，王揖唐抵沪后是下榻上海富翁、犹太人哈同的花园中，据说王且把自己女儿拜哈同为义父。这位哈同的义子义女甚多。王揖唐在哈同公园中寄居时，曾遇到一次炸弹案，他疑心有人向他谋刺，更疑心谋刺案与江苏督军李纯有关。李纯听到此讯，大为光火，乃函王云：“公以小人之腹，度君子之心，仆即有恨于公，何至下效无赖之暗杀行为，况并无所憾于公乎？”李函并不使王释然，王揖唐总认为李纯对他不怀好意。
4月16日伍廷芳、林森到上海后，国民党召开紧急会议，研究进一步否认军政府在法律上的效力。由于军政府的组成是以七总裁为基干，最高行政机构政务会议须有过半数的总裁出席才有效，现在广州只留下岑春煊、林葆怿两人，而林葆怿也已宣布辞职，所以国民党认为广州的政务会议是没有效的。
广州方面的解释则不然，广州的政务会议说：七总裁中孙中山已经辞职，唐绍仪根本就没有就职，所以军政府的总裁只有五位。现在在广州军政府这一方面的，还有岑春煊、陆荣廷和林葆怿三位，所以还是多数，因此政务会议是合法的。这当然是强辞夺理。为了要凑数，有一部分人主张索性把军政府改组为清一色的桂系，补选广东督军莫荣新、广西督军谭浩明为总裁。这当然是走极端的一法。岑春煊是陆荣廷的长官，陆荣廷又是莫荣新和谭浩明的长官，这四位同为总裁，就变成三代同堂了。所以莫、谭均以“不敢和长官并驾齐驱”为理由推翻了这个建议。
5月4日，广州国会补选熊克武、温宗尧、刘显世为总裁，以补孙中山、唐绍仪、伍廷芳之缺。熊代表四川，刘代表贵州，温代表北方。四川和贵州是和云南一致的，广州故意选出熊和刘，是有意分化滇系。
在上海召开国会的计划受到了打击，由于广州方面委托律师在香港控告伍廷芳卷走公款，因此伍廷芳汇存到上海汇丰银行的存款被判决假扣留。没有钱不能办事，这是最伤脑筋的。5月5日，到沪议员召开谈话会，决定国会迁滇，并发表宣言，否认广州的军政府和国会。
6月2日，孙中山在私邸召集唐绍仪、伍廷芳、李烈钧及唐继尧的代表举行会议，旧国会议长吴景濂、林森、王正廷、褚辅成都被邀参加，会议决定由孙、唐、唐、伍四总裁发表联合宣言，全文如下：
“自政务总裁不足法定人数，而广州无政府。自参众两院同时他徙，而广州无国会。虽其残余之众，滥用名义，呼啸俦侣，然岂能掩尽天下耳目？即使极其诈术与暴力所至，亦终不出于两广。而两广人民之心理，初不因此而淹没，况云南贵州四川，固随靖国联军总司令为进止，闽南湘南湘西鄂西陕西各处护法区域，亦守义而勿渝。以理以势，皆明白若此，固知护法团体，决不因一二人之构乱而涣散也。慨自政务会议成立以来，徒因地点在两广，遂为一二人所把持；论兵则惟知拥兵自固，论和则惟知攘利分肥，以秘密济其私，以专横逞其欲，护法宗旨，久已为所牺牲，犹且假护法之名，行害民之实，烟苗遍地，赌馆满街，吮人民之膏血，以保骄兵悍将之愿，军行所至，淫掠焚杀，乡里为墟，非惟国法所不容，直人类所不齿。文等辱与同列，委曲周旋，冀得一当，而终于忍无可忍，夫岂得已？惟既受国民付托之重，自当同心戮力，扫除危难，贯彻主张……”
同时，唐绍仪备了公函送达北方总代表王揖唐，要求恢复和谈。
6月6日，广州军政府政务会议议决：撤换南方议和总代表唐绍仪，改派温宗尧继任；通告北京政府，南方政务总裁孙中山、唐绍仪、伍廷芳三人的总裁资格业已取消。并且发出急电云：
“王揖唐为北方议和总代表，此间始终并未承认，而唐绍仪复经撤销总代表，所有唐、王私议之和平条件，不能发生效力。……上海租界内所称之军政府，除唐继尧未辞职外，唐绍仪始终未就职，孙文业于八月间辞职，伍廷芳于本年三月间卷款弃职，经于五月四日由国会非常会议宣告免职，另行改选。孙、唐、伍三人所有宣言及一切行动均属无效。”
广州的一举一动，在北京的徐世昌是赞成的，可是段祺瑞和安福系都予以冷淡。段系对上海的发展寄有极大的兴趣，唐绍仪给了王揖唐恢复和谈通知后，唐、王就互相拜访，谈得非常投机，昨天还是路人，今天却变成了老友。这种友好性的接触，显示出前途的乐观，双方似乎均本着互相忍让的精神，提出对方可以接受的条件，期使和谈获有具体结果。段祺瑞还直接回答了孙、唐、唐、伍四总裁一封电报，赞成恢复上海和谈。
徐世昌则对上海的发展表示冷淡，6月7日他叫国务院致电王揖唐，提出了四点质问：（一）唐绍仪的和谈总代表资格问题，唐原由广州军政府所委派，现在唐否认广州军政府的存在，则唐本身地位来自何处？（二）孙、唐、伍诸总裁或久已辞职，或现已离任，现在聚集上海私邸开会，上海又不属于西南范围。则诸公所议各项是否能发生效力，而西南各方对于此项集议，是否一致赞成？（三）孙、唐、伍三公既否认两粤现行机构，则上海和议一旦有成，两粤能否一致奉行而无反抗？（四）唐绍仪总代表上年所提八条，中央迭次抗争，和议因之中梗……。今少川（唐绍仪号）宣言仍以八条为据，遽与开议，是否有前后矛盾之嫌？以上四点统希核复，再酌应付。从这通电报中看出徐世昌是不愿以上海三总裁及唐绍仪的议和代表为对象。
6月7日下午安福系推出议员20余人见徐，请徐明告对上海和会的态度，徐竟不接予接见，议员们坚持要见，僵持到夜晚10时，总统府秘书长吴笈孙才跑出来作揖打拱说：“元首有病，请诸位明天来。”6月8日安福系要员在太平湖开会讨论上海和会和应付徐世昌问题，曾毓隽认为徐世昌只以岑春煊为对象，不支持上海和会是破坏和平，主张国会提出弹劾破坏和平的总统。经讨论后，改为推举两院议员见徐质问不重视上海和会的理由，同时两院通电赞成上海和会继续进行，以便早日达成协定。于是李盛铎、田应璜、刘恩格前往访徐，徐向他们吞吞吐吐地表示：（一）政府对王揖唐并无不信任之意。（二）南方军政府发生内乱，北京政府当然可以置身局外。（三）南方军政府改派温宗尧为南方总代表，北京政府尚未承认。