1939 年底至1940 年初，国民党掀起了第一次反共高潮。在这次反共高潮的前后，戴笠利用忠义救国军与新四军的摩擦和“成都抢米案”，也发动了对人民武装和中共地下组织的疯狂进攻。
1939 年，分布在苏南、皖南、浦东、浙东地区的忠义救国军已经扩展到16 个支队，21275 人，拥有枪支15833 枝，成为戴笠掌握的一支具有相当实力的特务武装。由于当时这一战略大三角的大部分地区均为新四军所占领，因而蒋介石与第三战区司令长官顾祝同都企图通过忠义救国军与抗日武装的摩擦活动，将新四军挤出这一地区。戴笠更是希望能就此做出反共成绩，增加自己的反共资本。在1939 年8 月下旬至9 月中旬，忠救军总指挥俞作柏、副总指挥杨蔚指挥所部特务武装，对新四军领导的“江南抗日义勇军”不断进行挑衅，而国民党军方则趁机对新四军军部施加政治压力，迫使“江抗”
撤离京沪线路东地区，这次反共摩擦比国民党顽固派掀起的第一次反共高潮还要早3 个多月。当时，新四军为团结抗日，避免更大的冲突，指示“江抗”
退避三舍，先后从苏锡常地区撤至江阴东乡的定山，而忠救军仍然紧追不舍，企图消灭“江抗”，“以竟全功”。
忠救军的猖狂挑衅和新四军的让步，使蒋介石、戴笠、顾祝同等人十分兴奋。为进一步发挥忠救军在反共武装摩擦中的作用，也为了协调解决忠义救国军与第三战区的矛盾，戴笠于1940 年春间亲到江西上饶第三战区长官部与顾祝同商讨编组忠义救国军的问题。
这次第三战区之行，戴笠为了对外掩饰反共目的，以回浙省亲，安排夫人毛秀丛去世后的家事为借口。1938 年，毛氏因患子宫癌，戴亲自安排她到上海治疗，1939 年8 月，毛氏病逝于上海。戴笠令其子戴藏宜自江山县前往上海治丧，迁葬毛氏于浙江省江山县保安乡。就戴笠对毛氏来说，戴笠大部分时间飘泊在外，对母亲的侍奉、孩子的抚养、家务的操劳，无不出于毛氏一人之手。现在毛氏一病而亡，不独相依为命了数十年的母亲蓝氏伤心，戴笠心中也多少有些愧疚。故戴笠这次第三战区之行以回浙省亲作掩护，既是幌子，也是实情。
戴笠到上饶后，经过与顾祝同进行秘密会谈，双方商定：
（1 ）为了便于发挥忠义救国军在与新四军摩擦中的作用，忠救军今后受军统局和第三战区双重领导。即在作战运用上可由战区指挥，在人事、经费和行政领导方面，归军统局掌握。
（2 ）调忠义救国军到浙江孝丰一带进行整编，以整肃纪律。当时，忠救军内部争权夺利，丑态百出；在外经常与三战区的部队争夺地盘，弄得三战区的许多高级将领纷纷向重庆告状。蒋为了敷衍顾祝同的面子，曾把戴笠找去训示，责令他对忠救军加以约束。戴对这支武装看得很重，认为这是将来自己在政治上进一步发展的本钱。现在看到蒋、顾都有不满的看法，故异常重视。一面整编，一面调整人事，免去缺乏指挥特务武装经验的俞作柏总指挥职务，另调军统大特务周伟龙为忠救军总指挥，并从胡宗南所属部队中抽调20 名营团以上现职军官，到忠救军任支队长、大队长等中高级职务，以改变忠救军的帮会成份。
（3 ）成立第三战区编练处，负责主持战区便衣混成队的组织和训练工作，以进一步加强在苏南地区与新四军的摩擦活动。便衣混成总队150 余人，分成3 个便衣混成队，每队50 人。总队长由戴笠调忠义救国军参谋处长、淞沪指挥官郭履洲担任。总队主要人员和3 个队长，以及编练处教官全部由戴笠调任军统特务担任。
戴笠在这次第三战区之行的过程中，对战区参谋处第二课（情报课）上送的一份情报引起了高度重视。情报中说，新四军正在实施一项名为“三山计划”的行动，内容是新四军以北移作为掩护，准备达到向南向西流窜的目的，继而进据黄山、天目山、四明山，以这三山为根据地，发展势力。戴笠回到重庆，当即向蒋介石密报。
抗战初期，中共东南局书记、新四军副军长项英曾提出一个“南进计划”或称“三山计划”的蓝图。项英在1938 年6 月23 日给陈毅的信中提出“我们计划在皖南要建立一个根据地，这在战略上非常重要。将来在战争形势变化时，我们即可依靠这一支点，向皖南各县发展，以及利用机会争取天目山脉和仙霞山脉。”后来，项英把这一南进政策意图进一步完善为黄山计划、天目山计划、浙西计划。然而，中共中央并没有批准项英的南进计划，而是命令新四军北上抗日，并据此反复向国民党军委会和第三战区交涉。
但是，蒋介石对新四军的疑忌心是根深蒂固的，他下决心不论新四军是南进到国民党后方打国民党的游击，还是北上过江到沦陷区打日本人的游击，都必须把这一部分新四军吃掉。由此戴笠的这份密报促成了蒋发动皖南事变的决心，蒋同时决定密派唐生明到南京，与汪伪合流，共同防共，以便借日汪之手，打击新四军。唐生明是国民党常桃（常德、桃源）警备司令兼湖南省第二区行政督察专员与区保安司令，也是戴笠的结拜兄弟与生活上不分彼此、完全打成一片的玩友。戴笠向唐生明反复说明任务的特殊重要：“我们对于发展忠义救国军的工作，是尽到了所有的力量，但是收效不大；新四军却一天天壮大。这是我们的耻辱！今后你要尽力帮助忠义救国军，我们要不惜用一切手段去完成领袖交给我们的这个任务”。特别叫唐生明注意和汪伪特工总部负责人李士群搞好关系，以便通过李士群和这个组织，使大后方和沦陷区的特务工作联成一片。唐生明到南京后，被汪精卫任命为汪伪军事委员会委员、汪伪清乡委员会军务处处长、苏州办事处副处长等职。从此以后，戴笠将获取的有关新四军的情报，及时通过唐生明转送日汪，再由日、汪和忠义救国军配合行动，对这个地区的新四军进行打击清剿，达到了日汪蒋合作反共的目的。
就在戴笠布置南方反共活动的同时，成都发生了一起饥民抢米事件。直接处理这一事件的特务老手、军统川康区区长兼成都行辕调查课课长张严佛与中统四川调查室主任何培荣、四川省会警察局局长唐毅等人共同策划，把抢米事件说成是由共产党发动和领导的“春荒暴动”。经戴笠报请蒋介石批准，秘密逮捕了被成都中、军统特务早已监视的20 余名共产党员，其中有中共四川省委工委书记、川康特委书记、第十八集团军驻成都办事处主任罗世文，川康特委军事工作负责人、中苏文化协会理事长车耀先，“核心社”负责人郭秉毅、汪导予等。
为扩大所谓“春荒暴动”案的反共成果，戴笠于1940 年4 月下旬亲飞成都，详细了解对中共人员逮捕和审讯的经过。戴笠指示张严佛对这次逮捕的共产党人，要多方设法使他们“转变过来”，以便深挖中共地下组织；还没有逮捕到的，要继续搜捕，不能使一个漏网；罗世文、车耀先、郭秉毅、汪导予4 个人要解重庆讯办；其余的人暂时关押，继续审问，等他回重庆后再决定处理办法。戴笠反复指示：要多多注意这次逮捕后社会舆论和川康军人的反应。戴笠最后对所有参加这次反共行动的中、军统特务进行表彰、升迁和赏赐。表面上看，戴笠这次在蒋介石面前对中、军统关系一碗水端平，能够以党国利益为重，连蒋介石对此也给以好评。其实，中统四川调查室主任何培荣是杭州警官学校毕业的学生，是由戴笠通过兼任中统局长的朱家骅（曾任杭州警校校长）的关系打进中统工作的军统分子，徐恩曾为此曾对朱家骅大发醋劲，认为朱家骅此举是帮助戴笠打击中统。由此可见，戴笠对中统表现出的一次仅有的“恩惠”，也是有“私心”的。
戴笠在成都住了1 个星期，命特务押解罗世文、车耀先、郭秉毅、汪导予随他的专机于5 月初回到重庆，初将罗、车等人押于望龙门看守所，继而转押于军统局息烽集中营。在成都关押的一批共产党人，由戴笠报告蒋介石批准，于5 月中旬用活埋方法进行秘密处决。1940 年冬，经戴笠指示，成都军统、中统特务再次合作，发动了一次“年终大行动”，先后逮捕了二三十名共产党人和进步人士。1941 年，由于叛徒的出卖，又有部分中共党员再次被捕，使成都中共地下组织受到相当程度的破坏。1946 年8 月18 日，罗世文、车耀先也在重庆军统白公馆看守所内被秘密枪杀。
抗战时期，戴笠反共的一项重大行动是不断秘密派遣行动特务潜入陕甘宁边区和延安，暗杀中共高级领导人。戴笠对实施这项计划规定得十分严格。
第一，要求对行动人员进行严格的审查把关，有的还必须经过特殊考验，以检查他们对军统的忠诚，一旦被中共发现或逮捕，必须能立即自杀，以防泄密；第二，要求对行动人员进行特种训练，不但要训练他们掌握各种行动技术，而且要训练他们怎样才能打入边区和延安，如何接近中共高级领导人等等；第三，要求研制最先进的行动技术武器，诸如定时炸弹、毒药、长短枪械和兵器等，以保证暗杀行动的最大效果；第四，要求调动各方面的内线、特情、中共叛徒、社会关系以及对中共情况熟悉的人，调查中共高级领导人的身材、面貌、特征、居住地点、活动规律、性格嗜好、亲朋好友、身边人员以及警卫人员的名单及情况等。当时，戴笠对这项活动的准备已有相当基础，仅一份中共高级领导人的警卫人员调查表就很详细。
经过精心策划和准备，戴笠先后派出了几组行动人员，分批潜入边区实施暗杀计划，但是经过几年的努力，这些行动人员不是被迫撤回，就是因为事机不密而被捕。为此，军统局总务处长沈醉曾问戴笠，为什么不在重庆等地选定一两个中共领导人进行暗杀？戴笠听了以后，大骂沈醉没有政治头脑。戴笠开导他，在重庆等地发生了这类暗杀案，任何人都会知道是特务干的，就会在政治上造成被动，给校长带来麻烦。如果发生在延安，便不能断定是特务干的，而我们却可以宣传是共产党内讧，相互残杀，以收一箭双雕的效果，彻底搞垮共产党。遗憾的是这件事终不能实现，辜负了校长多年来对我们“团体”的希望。这也说明共产党的内部组织确很严密，不是我们国民党所能比拟的。共产党确有许多东西值得我们学习。戴笠说完了这些话，在办公室里来回兜着圈子，久久地不发一句话。