李宗仁在桂林教书，虽然薪金不少，也颇暇豫，但教书并非他的永久志向，他毕竟是个职业军人。因此，身在学校，心在军营。享有凑巧，1916年4月下旬，他的教书生涯刚满1年时，曾在讲习所的洗伯平的朋友要求他重返军界。洗氏在滇军张开儒部第三师当营长，对李很熟悉，极为器重。时值护国军兴师讨袁，扩充队伍，缺乏干部，劝李去他营内当连长。洗氏的相邀正合他的心意，于是他辞去学校教师职，走入护国军的行列。
暮春时节，凤和日丽，李宗仁怀着兴奋的心情乘船沿漓江而下梧州。船靠码头后，他设法寻找旅店，忽然在人群中看见陆小的一期同学朱良棋等人。旧友邂逅，惊喜交加；叙情之后，知朱在滇军四师中任三十四团一营营长。当朱知道李去南宁担任连长职后，决意要他在本营当连长。＝容不得李的解释，在朱的招呼下，勤务兵将他的行李搬到四师招待所，并立刻呈请委派李宗仁为第三连连长。李身不由己，只得写信给洗伯平，陈述不能自己的难处。10多天后，委任状批了下来，只准当个排长。得罪人情，还低一级使用，李宗仁内心感到窝囊，但已生米成熟饭，无法挽回，只得屈就。很快，李随军开抵肇庆。不意洗伯平的第三师也开抵肇庆。当李碰上洗后，便遭到洗的责怪。原来，戎马倥偬，在梧州寄出的信没有收到，于是当面解释清楚一切。洗君甚表不满，认为放着连长职不干，却去“炒排骨”（当排长），要他回三师去。李万般为难，吱吱唔唔。洗十分气愤，为李宗仁事，还与朱闹翻了脸。一天，营长们在一起吃花酒，提起李宗仁的事，洗就责备朱不该中途将李拉过去，并讥笑他无能，只给他请了个排长。朱觉得这话丢了自己的面子，因此与洗吵了起来，加上几分酒意，彼此竟拔出手枪。此时，李也在，窘得不知所措。为维持朋友间情感，他决意辞职。
在动乱的年代，像李宗仁这样的军人，是到处可以觅到军职的。辞职不久，他遇上了陆小同学李其昭。他们是同乡，以前曾过从甚密，此时他在护国军林虎部任七旅十三团二营连长职。经李其昭的介绍，李宗仁面见二营营长黄勉。黄氏系广西人，毕业于广西干部学堂，一见李宗仁，便翘起拇指夸他是“大大有名的”，表示非常欢迎。第二天，李宗仁在林虎部当上了一名中尉排长。
李刚挂上排长衔，就遇上了付伐龙济光的战役。1916年6月，袁世凯死后，龙单独取消广东独立，宣布听命于中央，引起了护国各军的不满；滇军假道广东北进时，龙令地方官不与合作，多方留难；李烈钧屯兵韶关待命，龙下令炮轰。为了取得护国战争的成果，护国军决定讨伐龙军。讨龙战役的战场，在粤中高塘附近石马战地。部队赶到前线时，已临近黄昏，火线上枪声密集。经过半夜的紧张战斗，连长李其昭开始有些胆怯，未及营长批准，假托腹痛，退往后方休息，擅自将连长职权托给李宗仁。也许是战时紧急，顾不上推让，李宗仁当仁不止地行使起连长职权，指挥部队。在指挥这次战役中，李宗仁表现突出。他为了，阻截对方的攻势，保住阵地，一马当先，冲锋陷阵，在密集的枪声中，右腮被打穿，血流如注，被救往医院。
讨龙战役结束，部队自石马战地开往仁和圩附近的鸭湖整训，营长派人催李宗仁早日归队。原来李其昭连长临阵畏缩，为士兵瞧不起，停战后回连队已无法约束士兵，营长要李宗仁来补这遗缺，希望他早日接任。20多天后，李宗仁随部前往高州驻防。1917年7月，南北政要发生“护法”争端，10月内战再起，段棋瑞派兵入湘窥粤，南方各省乃组织军政府与护法军，以桂督谭浩明为总司令，北上援湘。李宗仁所在营于1917年秋被抽调参加护法军右翼，入湘作战。入湘后，李宗仁所在团奉命自醴陵北上岳州，作前线右翼军的总预备队。但当部队入湖北境时，吴佩孚率其精锐第三师南下，水陆并进。届州危在旦夕，于是该团又奉命撤退。到达绿田圩预定地点后，一日营长发高烧，病势凶猛，使其不能支持，须回后方治疗。战斗形势紧急，上峰立即命令由李宗仁代理营长职。是日彻夜平静无事。翌晨拂晓，突然枪声骤集，敌人发动进攻。因李宗仁指挥得当，士兵勇敢，对方未能得逞。为了彻底打垮敌人，李宗仁在观察敌我双方伐斗情况后，发觉自己处于不利形势，于是当机立断，令号兵吹冲锋号，自己拿起营旗，跃出战壕，冲向敌方。士兵见营长身先士卒，乃蜂拥向前，经这次冲锋，敌人全线攻势被堵。但不料此次战役，李宗仁的胯下被敌机枪射中，血如泉涌，幸得碰上一位高手草药郎中的医治，很快痊愈。李宗仁由于英勇善战，战役结束后被正式任命为营长。不久，李宗仁奉命开拔，回原防肇庆。
1920年7月，李回肇庆不久，陆荣廷在龙州召开军事会议，决定以讨伐福州北军为名，进袭粤军。陈炯明、许崇智以粤人治粤为口号，举兵进攻潮州、梅县，其势汹汹，陆荣廷仓皇发兵阻截，于是爆发了粤桂之战、这次战役，粤军有充分准备，桂军大败。李宗仁所在的林虎部在撤退至清远境内时，和马济、韩彩凤部三四万人会合，向肇庆败逃。部队撤至莲塘口时，遇到伏击的粤军。莲塘口宽二三百米，两侧为高耸的山峰，地势险峻，有一夫当关，万夫莫开之势。粤军在此筑有工事，密布火力，居高临下，且以逸待劳。这里是往肇庆的唯一通道，桂军身处此境，心慌神惊，乱作一团。林虎、马济决定强攻，亲赴隘口前线督战。激战数日，难以奏效。追兵在后，又后退不得，大有全军覆没之势。在此千钧一发之际，李宗仁自告奋勇，担任打通莲塘口的任务。他认真观察了地形，冷静地对比双方的军事力量，，认为自己带领的这营士兵训练有素，而守隘之敌李福林、魏邦平部，缺乏战斗经验，因此决定用先声夺人之势，向莲塘口作正面攻击。他把这一打算报告了林虎，林面有难色，觉得这个方案部队损失太大，且未必奏效。但林也拿不出更好主意，只得勉强同意。李宗仁立即回营布置任务。当部队逼近莲塘口时，‘李带全营500人就峡口前散开，进入敌机枪射程时，他率全营发动了突如其来的猛冲，并附以号声、嘶喊声助之，一举夺得敌阵地。
莲塘口一役，李宗仁神奇般地使大部队摆脱了危境，名声大震，被奉为广西著名的战将。然而，这次战役死亡达200余人，重伤者40余人，李宗仁的扬名，可合得上古人“一将功名万骨尸”的诗句了。
部队脱险后，在梧州小驻，便奉命开往玉林驻防。可是粤桂战役并未真正结束。1920年10月，陈炯明统兵分3路入桂，广西陆荣廷只能水来土挡，分3路堵截。在这次战争中，李宗仁固作战有方，表现出自己的军事才能，短短数月，连晋几级，由营长而帮统，由帮统而统领。但由于粤军势猛，节节进逼，桂军最终兵败如山倒。