伪南京政府建立之后，汪精卫成了日本卵翼下的“儿皇帝”，实现了他几十年来和蒋介石明争暗斗的心愿。但此时汪精卫并不顺心，外受日寇摆布，内畏陈璧君雌威，十分苦闷。
汪一向惧陈，这已不是新闻，汪精卫毫不隐讳地说:“她是我的妻子，但她也是我的革命战友，因此，在我没有考虑她的意见之前是很难做出重大决定的。”自傀儡政权建立之后，汪精卫更加畏惧陈璧君。此时，陈事无大小，里里外外，稍不符合自己的心意，就向汪发泄，通宵不止。家中生活琐事，每日必逐一过问，指疵摘瑕，向汪诘责。陈又特别喜欢干预“朝政”，权利欲极强，她喜欢任用亲信，如有善于溜须拍马、曲意迎合者，则推荐给汪，让委以重任，汪对此甚为恼火。为了减少纠纷，免去无谓的争吵，汪、陈二人只好“划地”分权。在私生活上，夫妇二人在上海设公馆两所，汪居愚园路，陈住福履里路，各行其便，不相抵触。在“政权”上，汪精卫坐镇南京，陈璧君则称霸广东。看一看广东方面的伪组织人员安排，就不难看出陈在广东的势派:省主席兼建设厅长陈耀祖，是陈璧君的四弟;财政厅长汪宗淮，是汪的侄子，此人一向走“四婶”陈璧君的门路，终日脚前脚后，而不甚倾向“四叔”汪精卫;民政厅长王英儒、教育厅长林汝珩，相传为陈璧君的义子;至于各县县长，则多数是陈的亲信，选其敛财手段高强，欺压人民残暴的担任。因此，陈长期居住广东，很少回南京，除非汪精卫的生日或节日，才带领亲信，回京与汪同住数日而已。
陈璧君在广东时的官衔，是历代官制中找不到的，也是现代官职中没有的，她为自己加上的是“广东政治指导员”的特殊头衔，作为钦差大臣，坐镇广东。
陈璧君称霸广东的目的，就是为了尽情地搜刮钱财。她不择手段聚敛钱财，就是在贪污成风的汪伪政权内部，也引起许多议论，很多人自叹不如。一次，周佛海从上海去广州，临上飞机时，汪官邸的副官送来一个箱子，求其代往广州。箱子不大，却颇沉重。周佛海笑着说“或许净是黄白之物吧!”因是汪夫人所托，周称霸广东的陈璧君。右侧军人为叶蓬。 佛海虽是笑谈，但其话外之音，路人皆知。
陈璧君还有一嗜好，就是酷爱古玩。当地各级官员皆投其所好，向她进献各种古董，以求加官晋爵。陈璧君按进献古玩的价值，赐以官位，有的成为汪家的座上客。但如果是赝品，一旦鉴别出来，即遭退还，进献者也要倒霉。据说广州市长关仲羲，用六百元买个花瓶去进献，十余天后，被原物退回，不久广州市长的职位也丢掉了。
1942年5月10日，是伪广东省政府成立两周年，举行了盛大的庆祝会。陈璧君以汪精卫的代表、广东省政治指导员的双重身份出席了大会，在中央代表席上就座。大会开始后，陈耀祖代表伪广东省政府向陈璧君致敬，肉麻地吹捧她在广东开展“和平运动”的“丰功伟绩”，然后请她训话。广东是所谓“和平运动的模范区”，是陈璧君苦心经营的“小王朝”。所以陈璧君在会上除了大肆宣扬自国民政府“还都”以来，在“外交”、“内政”方面的“巨大成就”，为汪精卫歌功颂德之外，着重谈了“广东省政府改组成立两年来”，在“设立赈务机关”、“安抚战后人民”、“建设军队与增强警察力量，以保治安得以确立”、“经济产业之复兴”、“文化建设之恢复”、“粮食救济”、“金融整顿”、“财政”及“外交”诸方面的“辉煌”成绩，为自己贴金树碑。在历数她的“政绩”之后，她要求广东人民“今后必须以不断之努力，以求精神建设与物质建设并进，使国力民力日臻充实，以此力量，完成建国大业，贡献于东亚永久之和平”。接着，她学着汪精卫的腔调，鼓动“重庆统治下的诸同胞，毅然自决，幡然来归，脱离独裁者之钳制暴力，参加和平运动”。还说:“时至今日，璧君以为，非反共无以和平，非和平无以建国，非打破英、美侵略，无以得东亚解放，无以得中国之自由平等。吾人誓以所余热血，贡献和平运动，誓以所有力量，致力于东亚解放。盖必如是，然后三民主义及大东亚洲主义，得以遂行。”不遗余力地宣传汪精卫的主张。
陈璧君虽然自己在广东称王称霸，但对汪精卫独居南京很不放心。在南京汪的“随从室”中，遍布亲信，以便遥控南京。当时，随从室分为两个部门，第一室为总务，由陈的侄子陈国琦负责，工作人员有曾仲鸣的侄子等;第二室为秘书，由汪的侄孙女婿周恭生负责，工作人员有汪的侄孙汪翔辉及汪的外甥张思麟等。几乎所有内室的人，均是陈的亲信，人们称之为“夫人派”。汪的“先生派”人物宣传部长林伯生、法制局长陈允文、参事厅长陈君慧等，则左右逢源，看陈眼神办事，多讨好于陈璧君。为能进一步监督随从室工作，陈建议设公馆机要秘书数人，命她的堂侄行政院秘书长陈春圃、及她的五弟航空署长陈昌祖为机要秘书。汪则推荐林柏生、陈君慧、陈允文三人，共五人，由陈春圃、陈昌祖负总责。由于机构重叠，互相争权夺利，矛盾重重。
陈璧君在政界、在社会上的活动越来越频繁，权力也越来越大，对人也越来越傲慢，凡与她接触过的人，几乎无不有愤愤不平之感。汪伪政权中的人，上至院长、部长，下至一般工作人员，没有人不怕她，也没有人不讨厌她，往往是敬而远之。由于陈璧君到处插手，引起日本人的不满。日人伊藤对周佛海说: 大将对陈璧君干预政治，深表遗憾。谓如此下去，“国府将崩溃，中国必亡”。周佛海也“深感汪先生为汪夫人所支配”而大为不满。陈也没有察觉，汪病死后，陈甚有兔死狐悲之感。当时的伪国民政府主席，由日本人指定陈公博继任，陈公博在伪组织中势力强大，几与汪分庭抗礼。因此，平时对陈璧君嗤之以鼻，有时还故意作难，汪在世时尚无办法，汪死后，陈璧君自知南京难以容身，仍想以广东为据点。时陈耀祖在广州被爱国人士刺死，遂要求将其侄陈春圃辞去行政院秘书长职务，而到广东任省长，陈璧君自己则长期坐镇广东。陈公博为将陈璧君的势力清除南京，批准陈春圃任广东省长。因此，陈璧君将全部嫡系人马集中广东，不再过问南京情况。
1944年以后，盟军在太平洋战场大举反攻，日寇已成强弩之末，陈春圃见大势已去，先行潜逃，下落不明，陈璧君惊恐万状。而汪精卫的原班人马，皆因派系之争被遣散。林柏生调任江西省长;褚民谊调任广东省长。陈璧君视为左右手的广东“教育厅长”林汝珩、“警务处长”汪屺也相继逃走。陈璧君大吵大骂，却无可奈何。平日最宠爱的亲信尚如此，其他就可想而知了。据传说，陈在广东数年，所刮得的民脂民膏，尽由陈春圃、林汝珩席卷净光，因此当陈准备离开广东逃往国外时，已是两手空空，只好终日坐催其他亲信为其集款。哪知树倒猢狲散，无人肯解囊相助。走投无路，不得不困守广州，束手待缚。抗日战争胜利后，陈被张发奎拘捕入狱。