到了魏晋时期，因受汉末儒学空疏迂阔的刺激，学术思想一变，偏向《老子》《庄子》《周易》，三玄之学崛然盛行，儒家经学几乎有衰歇停顿之趋势。尤其自东晋以后，政局演变成南北分治的割据局面，师儒之道的传承也就渐渐发生见解的异同，北魏和南朝的萧梁时期，对于儒家经学的义理注疏，文辞更臻缜密。南方的学者喜新厌旧；而北方的学者却守旧而疑新，甚之，还讥诮南朝的学者标新多伪。在此时期，由印度传入中国的大小乘佛学布译新知，与三玄之学互相合拍，成为魏晋南北朝文化吸收并融会新知的特色，姑不具论。
隋唐之际，承接魏晋南北朝两百余年儒、佛、道三家之学互相掺杂的开放思想，学问主流从儒学的六艺转变成以文艺为胜场。文章诗赋，别开生面，除了孔颖达的《五经正义》汇成巨著之外，师儒之道的精义、专家传经的风气，在此时几乎绝响。李唐三百余年间的文运，既有雄浑潇洒的豪气，亦不乏风流倜傥的韵致，其实，都是禅道与文艺相仍的天下。中唐以后，名臣学士为了政见的异同而兴意气之争，关于师儒之道的经义，在学术上并无特别的创见，如李德裕和牛僧孺的朋党之争，无非是文人学士在政治上的意气用事，以致祸延朝野。直到唐末五代八十年间，高明之士大多厌倦时势，不逃于禅，即归于道。
宋初名臣以师儒之道自任，形成相权与君权之间分庭抗礼的气节，似宋朝如此尊重师儒之道的形迹，前迈汉、唐，后至元、明、清三朝，亦皆所不及。由此开启濂（周敦颐）洛（程颐、程颢）关（张载）闽（朱熹）四派五子的理学儒宗，他们专事阐发心性的微言，自称继承孔、孟心法，推排佛、老学说，后世的师儒名教从此专守程朱章注，认为即是周、孔的绝学。尤有甚者，宋史也变易了汉书、唐书的成式，别立道学与儒林的分类传记，藉此标榜宋代的道学方是孔、孟、颜、曾师儒之道的真髓。其实所谓儒林，只是文学辞章之士，还不及子游、子夏之辈于万一，实在是一大出格现象。因此积成北宋时期君子攻君子、名臣攻名臣的著名党争，形成洛党、蜀党、朔党等的异见，造成元佑党祸的巨变，足为历史的殷鉴。南宋末期，权臣名相又起而打击道学，指为伪学，以学术意气的主观成见做为政治斗争的戈矛，自相内哄，终使宋室由文弱而至于灭亡，尤为可叹！
但在两宋三百年间，割据北方立国的辽、金、元，乃至与宋室相终始的西夏等国，其政教规模，大体上还是遵守孔、孟遗教。只是北方学者，大多援儒入于佛、道，或以佛、道揉入儒学，别树风格。更有视宋儒理学并未彻知儒宗因而颇有异议者。唯一般研究文化学术史者，大多忽略此一史实。
元、明之间，儒学承先启后，应是受到南宋末期金华、永嘉事功学派的启发。而后继起的河东薛敬轩、姚江王阳明，门庭分立，递相兴替，但始终不脱宋儒朱熹的“道问学”与陆象山“尊德性”两者的藩篱。明代唯一特点，即是百家争出，模拟禅宗的公案语录，开创儒家学案的著作，对于经义家法，完全寂默无闻。自嘉靖到神宗以后，一如东汉末代，大臣学士起而与太监争权，终于构成东林党祸的巨变，促使民变与盗贼相结合，以致亡国。崇尚儒学的清代学者，综合宋、明儒家与汉儒经师而作比类，认为“两汉名教，得儒经之功，宋、明讲学，得师道之益，皆于周、孔之道，得其分合，未可偏讥而互诮也。”但对明代儒学，又不能不另加公允的论断，因此便说：“揆之周礼，有师无儒，空疏甚矣。然其台阁风厉（指如张居正等），持正扶危。学士名流，知能激发。虽多私议，或伤国体，然其正道，实拯世心。”似此两非两是的案语，犹如老吏断狱，先入其罪，而又笔锋一转，为之巧妙开释，真如刀笔吏的含混妙文，令人拍案叫绝。
清朝初建于东北边鄙的满洲，但自建都盛京（辽宁沈阳）开始，即知为政之道必须首重儒士，于是起用明末先世流徒东北而归顺旗下的儒生，如范文程、宁完我等辈，为之参照明朝政体，建立规模。范文程是宋代名臣范仲淹之后，文武兼资，入关前后，大致都以儒学正道匡扶王室，敦正人心，为皇太极、顺治、康熙继统初期的三朝重臣。
康熙亲政开始，英年好学，特别重视儒家经说，兼习西洋天文、历数等学，与李光地、熊赐履、魏象枢、张英、方苞等君臣互为师友，尊重周、孔经义，袭用明朝以来的程、朱章注取士制度。且在战乱之中，起用前朝归顺敦品励行的儒臣，如汤斌、陆陇其等辈，形成以儒家礼义治天下的一朝吏治，清官循吏辈出。但在民间隐居不屈的大儒如孙奇逢（夏峰）、黄宗羲（梨州）、王夫之（船山）、李颙（yong2二曲）、顾炎武（亭林）等辈，有鉴于明末儒林空疏迂阔的流弊，平居讲学，以经世之学和师儒之道自任，影响清朝二百余年来用儒家经义的经世之学，改变了宋明理学诸家徒事心性的迂疏理念，转而注重汉学训诂的考据，终使清儒两百余年的经学，大有超越汉、唐之势。如阮元所辑的《皇清经解》一千四百卷，凡一百八十种；咸丰、同治以后，又有王先谦续编一千余卷，二百零九种等，确实蔚为奇观，学者虽穷毕生之力，亦难尽窥细致。至于其重视考据而发展为近代的考古学的先导，其功更不可没。
但从顺治开始，经康熙、雍正而到乾隆三代，虽然外示尊重儒家经学、重用敦品励行的儒者以笼络天下士子，但在王室自修内明的心性之道方面，三代皆潜心佛学以配合外用之术。如康熙重译《般若心经》，雍正专志禅宗、整肃佛教，加之乾隆童年即随父亲雍正学禅，后又禅密兼修，而能自译密乘《大威德金刚仪轨》等事，殊非一般儒家学者所能理解。但乾隆对心性之学的精辟，不如父祖两代在事功上的深刻锻炼，故继位以后，流为偏好词章文艺；虽然如此，亦促使干、嘉七八十年间的清代文学，大有直追唐、宋而过之的风格。
降至道光时期，承平日久，社会风气奢靡，文人学士大多沉酣于风花雪月文词丽句之间，如著名的词人项鸿祚（莲生）在自序忆云词所说：“不为无益之事，何以遣此有涯之生”，学者诵而悲之，由此可知道光、咸丰之间的文风日变。忧时愤世如龚自珍（定盦）、魏源等人，有鉴于此，即乘时立说，注重西北蒙藏边防与海防外祸的实用事功论议，激起同侪林则徐烧毁鸦片的丰功伟业。同治以后，文运再变，清史所誉的中兴名臣曾国藩（涤生）便是其中翘楚，他用其毕生学术与事功的实践心得，选辑《经史百家杂钞》一书，述而不作，显示其于经世学术的大要；王于曾国藩家书一类的琐言，乃其余事而已。
但在此际，海运已开，清末学者所谓的九洲万国知识已渐启其蒙，于是光绪、宣统之间，便有忧时之士如南海康有为、梁启超等辈，以儒学经义而吸收西洋文化中的政学理念，用其所长的春秋、公羊主旨，提倡尊王师夷的维新学说，风靡一时。虽然康、梁在清末民初的大革命时期偏执保皇主张，舍此是非不论，即以康有为掺入西方政学理念而著作的《大同篇》，却对民初各党派革命志士的思想启迪颇大，这是现代历史文化演变的事实，不可因其人其事而废其言。与此同时，留学欧、美的名儒严几道与辜鸿铭，皆能精通中国与西洋诸家学说而终归于儒，但限于时势，人皆等闲视之。今取其有关言论以资反思，如云：“严几道精欧西文字，所译书以瓖辞达奥旨，举中外治术原理，靡不究极原委，抉其得失，证明而会通之。常于广众中言自由、平等、权利诸说，要皆未尝无利，倘无所折衷，则流荡放佚，害且不可胜言。”“辜鸿铭论学，以正谊明道为归。尝谓欧、美主强权，务其外者也。中国主礼教（指礼记、仪礼、周礼经学），修其内者也。近人欲以欧、美政学变中国，是乱中国也。异日世界之争必烈，无中国礼教（指礼记等经义之学）不能弭此祸也。”
至于推翻清朝、成立民国以后直到现在八十余年间的变故，儒家经义与孔、孟治国平天下的学术理念，几乎已随三千年的历史陈迹而消失无遗。
二十世纪中期以来，由于工商与精密科技的发达，货币金融的洪波巨浪，几乎淹没了人文学术思想的潮流，其间虽有少数对中国固有文化的多情学者综合新知，倡说新儒学，志为中流砥柱，实已无异强弩之末，势不能穿鲁缟，可谓名存而实亡；但其抱残守缺之精神、待时而兴之志向，诚可嘉赏。