1900年，基督教在华北广泛地受到攻击，然后攻击者被一次多国的外国入侵所镇压，在这一转折期以后，传教运动发现自己进入了一个具有良机的新时代。通过1860年中法天津条约中的一个花招取得的“在所有的省租地和购地”的权利，可以越来越频繁地加以利用，以便在限制其他外国人的远离条约港口的地方建立布道站。
传教事业的建立
在民国初期，传教士是短期在华居住、因共同目标而认同的欧洲外国人中最大的单一集团。他们受到各项条约总的和具体的治外法权条款的保护，深入到中国的几乎每一个角落。到1919年，中国本土和满洲的1704个县，除106 个外，都报道了新教徒的某种传教活动。传教士一般都懂汉语，必然与听福音的中国人有着比较密切的日常接触。他们最大的目标，强调通过皈依基督教和坚定地组织中国的基督教教会来平等地拯救个人。到了20世纪20年代，许多传教士（至少是新教徒）开始看到，外国传教士多方面的活动未能创立强大的土生土长的教会，而外国人的存在可能是达到这一目的的主要障碍。各教派共有的中华续行委办会的干事罗炳生，在该会一份对新教在华活动的权威性调查中写道：
可以预期，下段时期是过渡时期，此时工作的负担及对工作的控制，将日益从外国人转移到中国人。基督教界中日益高涨的民族意识，正导致最能干和最献身的中国基督教徒对现状的某些方面深切的不满。他们有一种非常强烈的正当愿望，即基督教应摆脱被人视为“外国宗教”的沉重负担，西方教派分立的状况不应在中国长期存在下去。他们认为宗教界外国势力支配一切的状况，是在中国更迅速地传布基督教的主要障碍之一。
在1949年以后镇压在华基督教会之前，罗炳生所定的任务只取得了很有限的成就。传教士和受圣餐者的人数增加了，更多的华人被吸收为教会的领导，教育和医药服务的质量有了提高。但是在1922年后的25年，大多数基督教传教士的外国在华机构的成分，与20世纪的头20年的情况相比，在性质上基本上没有多大变化。
20世纪头25年盛行的“中华归主”，可以说，是一段短暂的插曲，在此之前是义和团起义，在此之后把基督教敌视为外国帝国主义产物的恶意的民族主义迅速兴起。在义和团起义以后不久的几年，在华的新教基督教盛行，因为在取得了半个多世纪平庸的结果以后，它与需要它的中国国内的改革力量形成了一种临时的联系。在清代的最后十年，当本地的教育设施和师资供不应求时，发展中的教会学校对现代教育的发展，作出了很大的贡献；在民国时期的第一个十年，情况也是如此，而且不仅表现在初等教育方面。中国的现代西方医学，在很大程度上是传教士示范和教授的结果。20世纪10和20年代的青年中国多半是教会学校的产物——它们造就了新型的城市爱国者和改革者，以及诸如科学的农业、新闻事业和社会学等新型职业的领袖。但是新教教会事业的繁荣依靠与当局的一种不明确的联系。它最后与国民党政体认同，因为二者基本上以城市为基础，并且都是资产阶级式的“现代化”的变异形式。即使保守的民族主义，像罗炳生承认的那样，从长期观点看也只能接受真正土生土长的教会。由于是城市的和非政治性的，而且实际上强调在现存的政府制度的范围内拯救个人，基督教变得越来越脱离呼声日益响亮的农村社会革命，这场革命在1949年将结束与传教活动有密切关系的半西化的城市精英对革命的短暂控制。
1900至1920年这段时期的“中华归主”——1922年所用的一个不恰当但却生动的词组（“Christian ocupation of China”中的“occupation”一词意即占领——译者）——在所有方面都有相当大的发展。表31总结了关于新教传教团体的材料。
表31 在华新教教会的发展在义和团起义以后的几年中，罗马天主教布道会也迅速发展。在1901年，有1075名外国神甫和500 名中国神甫在估计有721 000 名受圣餐者的天主教社团工作。到1920年，有1500至2000名欧洲神甫、将近1000名中国神甫、1000名外国修女、1900名中国修女、200 万名有权受圣餐者、13000 名中国教学者和教师以及18万名天主教学校的学生。在13个或13个以上的天主教布道会中，法国的布道会（如遣使会、外方传教会）特别突出，这反映在法国根据各条约中信仰自由的条款，而提出取得在华天主教会的保护地的要求上。在第一次世界大战前夕，一半以上在华神甫是法国人。天主教会正式组成51个“副本堂神甫的教区和教廷的大教区”，由它们来划分中国所有省份。将近1500个地方有外国或中国神甫，天主教徒最多的地方是直隶、江苏、四川和山东。虽然天主教徒也出现在新教徒集中的较大城市，但他们着重在农村地区工作，争取全家或全村皈依天主教，尝试建立完整的地方天主教社区，倾向于把教育活动限制在教徒子女本人。在20世纪20年代以前，天主教传教会没有出现可与义和团起义以后的新教徒活动相比的教育和医学活动的大发展。与拯救灵魂相比，企图扩大对中国社会影响的任何愿望，肯定都是次要的。与19世纪的教案不同，20世纪20年代的反基督教运动几乎只是针对新教徒的，这说明天主教活动依然处于形成20世纪中国的主流之外。
除了原教旨主义的中华内地布道会及与它有联系的布道会外，1900年以后，新教传教士逐渐地把他们的重点从劝个人信教的压倒一切的关心，转向使中国社会全部基督教化这一扩大的目标。这意味着要在教育和医药工作方面投入更多的人员和经费，以便实现一位传教士领导所写的福音书的“社会含义”。
到1919年，6639名新教传教士驻在全国所有省份的693 个地方，并分别在1037个布道站工作。在这693 个驻扎中心中，578 个（占83％）只有一个布道会，442 个（65％）驻有5 名或更少的传教士。这些驻扎人员比较稀少的地方往往在内地省份。约57％的传教士驻于沿海省份，26％的传教士驻于长江流域的省份，只有17％不在东部沿海和长江流域。8 个驻扎中心上海、北京、广州、南京、福州、长沙、成都和济南，各有100 多名传教士，合起来占全部外国人员的26％。2/3 新教传教士和1/4 有权受圣餐者住在估计有50000 人以上的176 个城市，那里居住的人数也许占中国总人口的6 ％。按地理位置排，广东、福建、浙江、江苏、山东、直隶和奉天7 个沿海省份，共有71％的新教徒受圣餐者、63％的初小学生、77％的中学生。宣讲福音的活动从驻扎中心向外辐射；1919年宣称有6391个“教堂”和8886个“福音中心”。可是，大部分离城市的布道站只有数里之遥。
1920年，独立的新教传教团体已从1900年的61个增加到130 个，另外还要加上36个诸如基督教青年会、救世军和雅礼布道会等基督教组织，这些组织都不是在教派的基础上组成的。传教团体的增加，是1900以后许多小的教派团体（其中大部分是美国的）来华的结果。这个时期开始工作的最大的布道会是基督复临安息日会。1905年，外国力量的一半是英帝国的（包括大不列颠、加拿大、澳大利亚和新西兰），1/3 是美国的，其余的来自欧洲大陆。到1920年，英帝国和美国所占的比率颠倒，美国此时占新教传教士的一半。天主教的传教活动绝大部分由欧洲人进行和控制，美国的天主教传教士主要在1920年以后来华。表32显示主要教派的力量而不考虑它们来自何国。
表32 1919 年新教各教派的相对力量从20世纪第一个十年起，虽然教派之间继续有区别，仍保持各团体自己内部的特性，但是在华的新教基督教出现了种种倾表33 最大的几个新教传教团体，1919年续表33 最大的几个新教传教团体，1919年向，即拟订出一种共同和基本的神学，和在某些活动领域中大力进行组织的统一。由于与欧洲的过去（中国人对此基本上不清楚）有关的不同的忏悔形式不相干，这就为修改和简化外来的神学理论提供了动力。1907年召开的中华百年传教会议，表现了采取一种共同的神学理论的姿态，它为所有的团体（除中华内地布道会等更信奉原教旨主义的新教团体外）提供了教义的指导路线。在组织上，较大的团体共同出版了一份新教的主要月刊《中国纪事报》；支持非教派性的或涉及不同教派的文学团体；参加中华基督教教育协会、中华医学传教协会、中华主日学校联合会；创办联合的神学学校、涉及不同教派的学院和大学；参加1877、1890和1907年全中国的传教会议和1922年的全国基督教会议，后者还首先正式把中国的教会包括在内。新教统一的主要表现，是1913至1922年的中华续行委办会，它在1922年由中华全国基督教协进会接替，这再次扩大了中国教会在基督教整个教会中的正式作用。当然，调和和合作决不是完全有效的。例如，保守的中华内地布道会在1926年退出了中华全国基督教协进会。
表33所列为按1919年当地保持的传教士人数多寡排列的最大的新教传教团体，它还显示了各大团体的布道站的数目和地理分布。这18个团体共有传教士4350人（占总数的66％）和611 个布道站（占总数的59％）。一个“一般”的布道站可能有6 至7 名传教士，但是实际的分布状况却大不相同；如中华内地布道会、宣道会的传教士人数常常为4 人或更少，而美国监理会海外布道会、美国长老会（北美）和美国海外布道会则平均为14或15人。总的来说，传教士集中在一个布道站的情况，表示了对教育、医药以及宣讲福音的广泛努力，而分散在若干小布道站的情况，反映了该团体工作重点主要（虽然不是唯一地）放在传布福音方面。几个团体不同工作重点的情况，还可从以下例子反映出来：中华内地布道会所雇中国员工的66％从事福音宣讲工作，30％从事教育，4 ％从事医药工作，而与之相比，美国海外布道会的比率为28％从事福音宣讲工作，64％从事教育，8 ％从事医药工作。
晚清一般新教徒的内向性一直保留到民国时期很久。保罗·科恩对晚清时期的情况曾经写道：
传教士生活在布道团院落的高度组合在一起的建筑物中，结果导致他们在心理和肉体上严重地脱离周围的中国社会……除了不得不这么办，传教士不愿意进入中国人的世界。他们的整个目的是让中国人进入他们的世界。
随着这种隔离的状态，产生了一种对他们天职的绝对自以为是的心理。这种心理，常常压倒了因他们的政府使用炮舰去解决他们在华时期时有发生的反传教士运动而引起的任何道德上的不安。
布道会和中国社会
但是在义和团起义以后的20年中，在许多新教传教士与其周围社会的关系方面，在他们寻求武装干涉以保护其特殊地位的程度方面，都发生了某些变化。他们那种甚至伤害中国基督教徒的文化优越感依然如故，但是越来越多的新教传教士，突破了19世纪在布道会院子里传布福音的界限，参加教育、医药和慈善工作方面的活动，从而与20世纪初期的改革潮流会合起来。妇女教育（金陵女子文理学院成立于1915年）、反裹足运动、基督教青年会和基督教女青年会对城市问题和劳工问题的关心、饥荒救济、公共卫生（消灭肺痨和灭蝇运动）、公共运动场所以及运动和娱乐计划、禁毒运动、农业的科学研究（由金陵大学农学系进行），这些是新教传教士倡导或明显地参加的一些领域。
布道站是传教团体所有或租用、并受治外法权保护的有围墙的建筑物，它一直是传教活动的最典型的特征。在这块封闭的场地内，通常悬挂一面国旗，是传教士的住地，又是教堂、学校或教室、医院或药房。典型的布道站位于城市地区。街道的教堂一天开放一部分时间，配备一名外国传教士及其本地的助手。“站外”的教徒社团，由本地的牧师为之服务，布道会的工作人员一年来访几次。
以两三个传教士家庭及一批单身妇女为工作人员的布道站，平均每三个中可能有一个包括一名医生或护士，虽然医务工作者的实际分布是不平均的。据1919年的报告，在6636名新教传教士中，有2495名（38％）是男人，其中任圣职的计1310人；2202名（33％）为已婚妇女；1939名（29％）为单身妇女。有348 名男医生，116名女医生；妇女中206 名是受过训练的护士。有圣职的男人负责主要布道会传布福音的工作，并担任领唱的角色。许多无圣职的男人在教会学校的扩大网络中担任教师；妇女则担任教学和护理工作，并承担对中国家庭的大部分家访工作。
传布福音的主要办法，是在布道会教堂或街道小教堂布道，其成效至少部分地取决于传教士讲汉语口语的能力。在1910年前，仅有的供新教传教士学习的组织起来的语言学校，是中华内地布道会在扬州和安庆开办的，安庆的一所可能追溯到1887年。在每个布道站，语言教育都特别重要；对许多站来说，掌握汉语能力不佳的情况仍然是一个严重问题。但到民国初期，已开办了一批水平高的联办（涉及不同教派的）语言学校，它们采用现代“语言归纳”法和分级的教科书。中华内地布道会在镇江和扬州开办“训练之家”，它们采用鲍康宁的初级教材并聘用中国教师，开设六个月的基本课程。每年有20个不同传教团体的将近150 名学生在金陵大学传教士训练班学习，自1912年以来，那里开设为期一年的住读课程，由51名中国教师任教。还有第二年的课程，但大部分学生在以后几年采用函授的方式继续学习。在北京，北京协和语言学校在1913年正式组成，1920年隶属于燕京大学，1921年招收147名学生，所设课程与南京的相似。其他的学校有成都的协和传教士学校（是华西大学的一部分）、上海东吴大学的英语学校和广州的协和语言学校。像少数外交官那样，只有很少传教士精通汉文，但他们普遍地能在某种程度上讲方言。
几乎每个布道站都办一所初级学校。在693 个新教驻扎中心中，据报道有306 所高小和141 所中学。表34所列为1919年各级学校的数量和招生数，它还列出了1916年公立学校招生的估计数。这些数字可能都是猜测性的——教会学校招生数少于表31所列之数——但比率多半反映了实际情况。它们显示教会的初小学生只占公立初小学生数的4 ％，但是高小和中学的学生所占的比率，都提高到8 ％以上。1907至1920年期间，教会学校的学生——其中一半也许来自基督教家庭——增加了三倍，而新教的受圣餐者人数只翻了一番，这既表明有意识的传教努力深入到了中国的青年，又表明现代教育的诱惑力。新教的传教士夸耀说，虽然总的说中国每75名学龄儿童中只有一名在接受教育，在全部基督教青年中，每三名中就有一名在一所教会学校入学。
表34 新教传教士学校和招生人数，1919年* 包括同等水平的技术学校和师范学校。
新教的教会学校不但配备了外国教师（他们在高小和中学更常见到），而且配备了8000名中国男教师和3000名中国女教师。初级小学往往是简陋的只有一间教室的学校，严重地缺乏书籍和设备。高级小学设备稍好一些，常常用英语作为教学的手段。教会学校采用类似于教育部为公立学校所定的课程，在开始时是有选择地，然后从1925年起，则是为了取得在政府备案的资格。所有的教会中学都教一些宗教课；中文和文学课采用教育部的“国民读本”，大部分学校的科学教学很差，因为实验和示范的设备很贵，供应又少；很少学校提供职业训练。它们很可能不比公立中学差，但是又可以看出，在民国初期，从教会中学随时提供财政资源的能力来衡量，它们已显得力不从心了。
在20世纪20年代的高等教育中，有20所新教的学院和一所天主教办的学院。新教的院校经过改组和合并，最后组成了13所基督教院校，它们的全盛时期是20世纪30年代。20世纪20年代末期又新设立两所天主教的院校。除了文科院校外，新教的传教运动保持了若干神学校（其中几所是联合创办的）和几所基督教医学院，天主教徒则办了几所神学院。除了以加拿大和英国的人事和组织模式为主的成都华西协合大学外，新教的文科院校大部分由美国的传教士主办，他们寻求在中国创立完全以美国中西部小教派院校为模型的院校，他们是从那里毕业的。这些院校的大部分，在开始时是在19世纪后半期成立的中学，它们逐渐扩大并在学术上升格，其用意是为教会学校训练中国牧师和教师。
在1920年，新教的院校共招收了2017名学生；在20世纪20年代的一段迅速发展的时期以后，1925年学生总数达3500名。1925年中国大专院校共招收将近21000 名学生，因此，新教院校的学生占全体学生的12％，而34所公立学校占88％。甚至最大的几个基督教院校——北京燕京大学、上海圣约翰大学、金陵大学、济南齐鲁大学——的学生都不超过三四百名。教职员工的人数和开学科的能力也几乎同样受到限制。在1920年，外国教师共有265 人，而中国教师——大部分为助教——有229 人。但许多人还在同一校园内的中学任教。
在本文讨论的一段时期内，基督教的院校在美国获得办校许可，1928年以后则被迫向国民党政府正式申请备案；在这之前在中国没有正式的地位，事实上受供给它们2/3 经费和干涉它们教师人选的不在本地的校董会控制；它们实际上是这个时期自给自足的外国飞地。在20世纪30年代以前，可能只有圣约翰、燕京和金陵三所大学，才能提供其学术水平可以与较好的美国大专院校相比的教学。它们的大部分学生必然是教会中学的毕业生，只有这些中学才能充分地教授英语，以便跟上除中国文学和哲学以外用英语教学的全部课程。有的院校（还有教会中学）对中国学生的吸引力，在很大程度上依靠它们很高水平的英语培训，这种培训为城市青年提供了进入条约港口工商界和金融界的入场券，或进入政府部门（如电信、铁路和海关）的机会，在这些地方，外语知识是一项重要的本钱。到1920年，2474名毕业生中有361 名成为牧师和教师，就像那些传教士创办人所希望的那样。但是在20世纪的头20年，入学的学生只有不到一半完成了他们的学业。对大部分“退学学生”来说，吸引他们的显然是想掌握的英语知识，而不是基督教的文科教育。
基督教院校没有摆脱20世纪20年代后期的民族主义洪流。在30年代，它们日益把它们的课程世俗化，并且汉化了它们的教职员和行政管理；但是它们外来的特性是摆脱不了的。
19世纪从医的传教士，首先自视为福音的传布者。在教会诊疗所和医院治疗病人，也是为了使病人能受到福音的感召。逐渐地，医药工作的专业化发展起来了，这反映了观点的变化，可以与促进教育工作专业化的观点的变化相比。1919年，据报告在693 个新教驻扎中心中，有240 个中心共开办了326 个医院。每个医院平均有51张病床。病床共16737 张。这些医院有464 名外国医生、206 名外国护士以及约2600名中国医务工作者（其中只有少数人是合格的）。像布道会事业的其他部分那样，这些医院都位于城市地区，并集中在东部沿海各省。如以上材料所示，受过训练的医务人员只是非常稀疏地分布于这些机构；很少机构有一个以上的传教士医生定期驻在那里。除了几个突出的例外外，它们是实用的，但也是相当简陋的机构。
在华的西式医学教育，是作为布道会医务工作的派生物开始的，它从工作负担过重的医生对其助手的非正式的训练发展起来。到1913年，共有11所人员配备和设备不齐全的小医学院，其中8 所培养男生，3 所培养女生。只有北京的协和医学院（1915年由洛克菲勒基金会中国医药委员会接管，这时才正式不再是一个布道会机构），才接近西方医学院的标准。改组后的协和医学院规模较小（在1936年全年只有166 名学生获医学博士的学位），因脱离中国农村医药的需要而受到批评，但它确实成了一个具有国际水平的训练和研究机构。