奉系、国民军系和皖系各有矛盾，直系垮台后，这胜利的三系各打各的主意，冯玉祥称病西山，先后四次呈请辞职。张作霖入京出京，其后通电取消镇威军名义，冯玉祥也通电取消国民军名义，并即解除国民军总司令职务。这一切都显示其中问题很多。
13年12月7日张作霖在天津召集卢永祥、吴光新及奉军将领开会，讨论解决长江各省办法。卢永祥和吴光新虽是皖系，但第二次直奉战争以前，他们都到关外去和奉张通款曲，奉张也把他们当作自己人。
这次天津会议中决定请段执政下令免除直系齐燮元的职务，如果齐燮元反抗，奉军可以集中6万人南下讨齐。
同日国民军的孙岳电请辞职，愿以所部一师四旅交陆军部直辖，其实该部队已由孙的参谋长何遂率领，从间道入开封，何已宣布就任代理河南省长。
12月11日临时执政发布命令：“江苏督军齐燮元免职，江苏督军一缺即裁撤，以江苏省长韩国钧暂兼督办江苏军务善后事宜。特派卢永祥为苏、皖宣抚使，卢永祥的直隶督办缺则由李景林暂署。”
又令：“热河都统米振标着来京供职，所辖军队交阚朝玺妥为收束，并任阚朝玺署理热河都统。”
这一连串人事调动中，夹杂了复杂的派系问题。
段祺瑞希望卢永祥任直隶督军，卢是段系的人，当然有很多方便，而张作霖则希望直隶地盘交在自己一系手中，冯玉祥也希望直隶能派冯系的人。这次天津会议，张作霖要拓展奉系力量到长江，就怂恿卢永祥回东南，卢能荣返东南，私心之愿也。可是李景林出任直隶督办，这样的安排对于冯系的孙岳大为失望，孙岳也是想着直隶地盘的。李景林部向孙部进迫，孙岳曾将入河南的军队撤回以增加保定的兵力，同时由国民军其他将领代向北京提出，请派孙岳为直隶省长。
北京政府对于这两大势力不能不平衡敷衍，对于冯系先后任用张之江为察哈尔都统、李鸣钟为绥远都统，更派冯玉祥为西北边防督办，可以率部开发西北，而鹿钟麟在北京的势力依旧存在。对于孙岳，一面默许孙部仍驻军直境，同时任命孙为豫陕甘剿匪总司令。冯玉祥对这些安排大体上算是满意，因此14年1月13日冯玉祥宣布销假，即赴西北巡视，孙亦表示愿意履新。
至于对张作霖，则发表李景林为直隶督办军务，同时任命张为东北边防督办兼垦务督办。
张作霖于14年1月11日也率部回奉天。
齐卢战争是第一次直奉战争的继续，直齐赶走了皖卢，卢永祥乃出关投靠张作霖，第二次直奉战争，直系惨败，卢永祥遂想借奉系力量重返江浙。
北京执政府下令免齐燮元江苏督军，而以韩国钧暂兼督办江苏军务善后事宜。为了顾虑齐燮元抗命，乃以卢永祥为苏皖宣抚使，统率奉军沿津浦铁路南下。江苏问题急转直下。
齐燮元在江苏并不得人望，部下也渐次离心，因此不敢抗命，北京执政府12月11日人事命令发布后，齐于12日致电段祺瑞，愿遵令于14日交卸于韩国钧。不过齐也有他的部署，他下令着宫邦铎回任第六师师长，以参谋长刘玉珂继宫任第十九师长，刘未到任前由魏朝彦先行代理。
14日韩国钧通电接受齐燮元交代，就任暂兼督办江苏军务善后事宜。苏军将领表示体谅督军意旨，服从韩督办，但反对另有军事大员来苏，危害苏境。其意是指的卢永祥。
苏军将领想以韩国钧过渡，以拒阻卢永祥率奉军南下，可是卢和奉军南下已成定局，这一来不止是苏军感受威胁，苏省士绅也表示反对。齐燮元本已决定离开南京，这一来就改变了决定，认为士气民心均有可为，乃拟用保安总司令名义调遣苏省军队，布置攻守事宜。同时计划联络孙传芳、方本仁、萧耀南共同抵抗北军。江苏的情势突然剑拔弩张，山雨欲来了。
江苏人本来全心全力在驱齐，通电四布，代表北上，合力同心，有非达目的誓不甘休的态势。待齐免韩兼，卢永祥宣抚苏皖，加以奉军五六万旦夕南下，这才感到是以暴易暴，驱狼引来了虎。因此驱齐运动一变而为拒卢反奉，一部分则宣称只拒奉军而请卢简从南下，还有强硬派则请齐速去，请卢也不必来，江苏问题与齐、卢脱离关系。
13年12月24日，齐燮元离南京去上海。同日陈乐山宣称奉执政府秘书厅密令，赴松江复任第四师师长职，原任师长夏兆麟被逐赴杭州。陈的行动事先没有和各方接洽，于是引起了孙传芳的疑虑，认为不利于浙江。乃通电斥陈假窃名义，蓄意捣乱，派兵进击。29日北京执政府电令孙传芳、陈乐山停职，候中央解决，并接受孙的要求，任命孟昭月为宁台镇守使。
奉军添调后备队入关，其南下军队3万人由张宗昌统率进驻徐州，原驻徐州军队奉陈调元令护防，退往砀、萧两县。
12月30日北京陆军部电宫邦铎回任第六师师长，所遗第十九师师长即令何丰林继任。南京第六师部队一部分哗变，在驻地附近抢劫。
14年1月2日孙传芳部队攻入松江，陈乐山逃走，第四师向上海溃败，孙部尾追。由于孙军频传捷报，孙传芳的发言权遂大增，1月5日和6日孙连发激烈通电，反对奉军南下。
事实上奉军已大举南下。14年1月5日孙传芳致段祺瑞电：
“北京段执政钧鉴，陈乐山假窃名义，扰乱地方，传芳不得已饬部防御，幸得驱除。然松江一带已不胜迁移焚掠之苦矣。陈乱未已，里巷又复纷传奉军南下，意不专于对苏，证以齐督离宁，而奉军到宁，无的放矢，必更有的。传芳本无所虑，亦常深省其咎，攻浙乃军人服从之天职，事纯被动，既不敢妄成戍首之罪，入浙乃浙江军民所欢迎，兵不血刃，亦不敢妄居克敌之功。至于入浙以后，市廛无惊，苟欲罗织为扰民，浙人先不忍罗织，舍此数端，百思不得，敢乞钧座勿对传芳一人别有难言之隐，遂使浙人万姓，日陷恐怖之中，有罪而当夺职，固望明示其罪以肆诸朝市。无罪而当避贤，亦恳明示其贤以公之天下，倘于两者皆有难言而疑传芳诚有未至，即恳明示对国对浙，必如何而后可谓诚之条件，传芳谨当高之浙士，质之国人，决不敢违众而抗所当从，亦不敢固位而默所当辩。若于宣布罪状之先，还以巧取豪夺相试，是直弁髦政府，毁堕纪纲，惟当视同穿窬，御以盗劫。上肃国宪，下去害群，一息苟存，百死不惜，遭时方长，高位难据，钧座天人顺应，尚有省愆弭劫之痛文，传芳忧患备尝，宁以厝火积薪为得计，所谓吁请明示者，上欲政府示天下以光明，下求浙江勿连类而涂炭，至于一身生死，且等鸿毛，进退更无足计矣。临电迫切，祈候明示，孙传芳叩。歌。印。”
孙传芳致冯、胡、孙电：
“北京冯总司令焕章兄、开封胡督理丽生兄、保定孙省长禹行兄钧鉴：诸公所为蒙极大之牺牲，以仆此而兴彼者，为欲违停战之目的致国家于和平。今者或幽囚，或败遁，或遵命解职而去，无一存焉。然则战争可停，和平可致矣。诸公亦闻陈乐山勾煽传芳所部军队战事复起乎，松江一带，又焚掠一空乎，亦又闻奉天军队五六万众，浩荡南下，路人纷传为景公复仇不专对苏乎？传芳个人进退不足惜，浙江一省治乱亦不足计，独惜诸公蒙极大之牺牲，以求停战者，乃以挑四方之战，以求和平者，乃以开破坏之端。往日之战虽不祥，尚托名于国家相争以政见，今日之战，直明目张胆标寻仇报复之名，树争城争地之帜，而无所顾忌矣。诸公手创此局，岂能毫无预闻？诚未闻耶，则一询之道涂，一考之事实，诸公初志，向即如是也，则请缄口闭目，以听天下之相残，斯民之无孑遗可也。万一非诸公之意，传芳即敢再顿首以求诸公，先为浙人呼吁于有权者之门，如天之福，回天之听，先止南下之兵，一切留候善后会议，国民会议解决。能如是尸祝诸公者，岂独浙人哉。设有权者必欲寻仇报复，必欲争城争地，亦求诸公代叩当复者几仇，当争者几地，诸公但能保证此仇者相率避去，此数城数地者拱手献出，即可停战和平，传芳岂惟不求罪状之避，且献城以解诸公之难，且任劝告其他当避且献者，均无问所犯之条，惟当速避速献，毋使天下人既加诸公以大不韪之名，以挑天下之战，开破坏之端，逮狱于诸公也。别上执政一电，特附录奉阅，执政本爱和平，然而在位无权，无以贯彻其爱，以后种因，造自诸公，人曰有权者，可箝天下之口，而不能纳诸公之言，诸公幸勿以局外自遁，而使所种善因尽成恶果也。当战当停，待命进止，临书迫切，立盼赐复，弟孙传芳。歌。”
1月7日段祺瑞复孙传芳电：
“歌电呈悉，陈乐山本非假窃名义，业经退回，已在成事不说之列，至子嘉（卢永祥）酌带奉军南下，事诚有之，始因齐之负嵎，继因花旗营之毁路设防，子嘉不能不有以自卫，余亦不能责子嘉以单骑赴苏也。今齐虽在沪，尚有密谋，浙沪毗连，岂无闻见，盖攻浙之事，吾弟既无所惭，何所谓咎？昔日因服从而攻浙，今日亦当本服从而不扰苏；昔日入浙为浙军民所欢迎，今日苏未欢迎，更不宜侵入苏境。中央本无责难之意，吾弟又何必有引咎之辞，即令谦冲为怀，则安民保境，正足为补过之资，余以诚待人，当不轻事吹求也。吾弟英年重寄，笃实为先，欲宏远犹，必勋明德。段祺瑞。虞。”
14年1月7日卢永祥抵达蚌埠，张宗昌率奉军第一军进驻浦口。卢永祥旧部第十师亦由江北开赴南京。原驻南京之齐燮元旧部第二、第六两师及补充旅奉韩国钧令，悉调驻镇江、江阴。
1月10日，卢永祥、张宗昌进入南京。11日上海事变。上海是由宫邦铎和张允明分治南市、北市。宫邦铎是主力，他是淞沪护军使，北京承认的第六师师长兼第十九师师长。齐燮元到上海后，即运动宫的部队迫宫去职。宫无法指挥，遂于10日晚致电段祺瑞和卢永祥，宣布辞职。齐燮元掌握了第六、第十九师后，即联络孙传芳的军队联合攻击张允明，张军被攻溃散，张允明则逃入租界。于是齐燮元即自称淞沪联军第一路总司令，孙传芳称第二路总司令，联衔宣言占领上海，拒绝奉军南下。
上海事变后，段祺瑞即于1月12日责成卢永祥会同苏军总指挥秦洸迅速戡定上海事变。同时电令安徽军务善后督办王揖唐就近派兵协助卢永祥，并令何丰林收编已溃散的陈乐山旧部第四师。
孙传芳也派谢鸿勋为第四师师长，收编陈乐山的溃军。
上海总商会则乘宫邦铎、张允明被逐时，宣布上海为不设军职、不驻军队及将兵工厂迁移他处的不设防城市。
东南大学校董和教职员则反对北京教育部将校长郭秉文免职，主张教育独立，不宜随政潮进退。
14年1月13日北京执政府下令奖励孙传芳撤兵回浙。
这显示段祺瑞把齐孙分别处理，孤立齐燮元。
同日又令派陈调元帮办江苏军务善后事宜，白宝山为海州护军使，马玉仁为淮扬护军使。
在上海的张允明部一师一旅，及陈乐山的第四师残部只有少数投入齐、孙两军。其余为数1万余人悉向租界缴械，即由租界当局收容。
上海的领事团，鉴于战争可能波及上海，乃开会决议：禁止中国失意军人在租界活动，并调各国的海军陆战队登陆，监视所收容的中国溃兵。
卢永祥在南京组织宣抚军，以奉军军长张宗昌为宣抚军总司令兼第一路军总指挥，参谋长臧致平兼第二路军总指挥，军务帮办陈调元兼第三路军总指挥，江苏全省水陆警备司令冷遹为戒严总司令。
苏军总指挥秦洸在苏州被当地驻军攻击，苏州商会付出一笔钱请秦洸离苏州。上海齐燮元军队即通过苏州，与常州镇江的齐氏旧部联合。
1月14日淞沪联军孙传芳齐燮元联名发表通电：愿意撤退上海地域内所有两省驻军，废除护军使及镇守使名目，反对以后再设类此军职，兵工厂亦即日择地迁移。北京执政府亦颁布处置浙、沪问题三令：（一）淞沪护军使一缺着即裁撤。（二）上海兵工厂着陆军部即日饬令停止军用工作，以便招商承领改组商业工厂，并先委托上海总商会暂行接收，妥为保管，即由该部遴派专员会同该商会妥筹办理。（三）上海嗣后永远不得驻扎及设置何种军事机关。
1月16日北京执政府令：
“此次苏浙军队发生冲突，闻齐燮元有从中煽惑情事。……应另派员查办外，嗣后各该省军长官，务各严饬所部，恪守疆界，不得轻信谣诼，致启衅端。如再有前项情事，定惟各该长官是问。”
又令：
“暂兼督办江苏军务善后事宜韩国钧，准免兼职。特任苏皖宣抚使卢永祥兼督办江苏军务善后事宜。特任方本仁督办江西军务善后事宜。长江上游总司令王汝勤着兼任帮办湖北军务善后事宜。山东、福建督理缺员着即裁撤。特任郑士琦督办山东军务善后事宜。孙传芳督办浙江军务善后事宜。周荫人督办福建军务善后事宜。派卢金山为长江上游副司令。”
卢永祥在南京自有一套想法，其实对他来说仍是旧调重弹，他于三年前做浙江督军时，因受第一次直奉战争影响，曾一度通电倡议废督，通电中慷慨陈词，一时极为舆论所赞美，可惜后来卢氏对于通电所提倡的事，仅能做到改“督军”名称为“军务善后督办”而止。致舆论对他颇为失望。
14年2月27日卢永祥又电段祺瑞吁请废督。他的电文中有不少的警句：
“……废督之议创之久矣！上既惮而莫敢为，下遂锲而不忍舍。一日不废，则一日不能息民。废督以前大要者二，曰定军制、曰划军区。然此非一省之事也，有一省以创之，中央鼓其激昂之气，推之邻省焉。推之全国焉。则事无不举矣。……应暂以徐州一带为国军区域，大江以南不再驻国军。凡驻苏国军一律调赴国军区域，悉听中央指挥。饷由部给，不干省政。苏省固有师旅，酌量苏之财力另行改编，归省长节制。浙省同时将国军调赴国防规定区域，不得仍驻江浙毗连境壤，并将军务善后悉听中央主持。”
在当时浙江人民环请撤兵的时候，这些话是中听的，也是必要之举。同时他对江浙军务善后督办一职要求北京政府迅颁明令永远废除，为各省倡。
卢永祥这一个电报的“动机”从善的一方面说，他已经真实觉悟了；从恶的方面说，他想玩弄三年前的老手法。至于影响方面，在善后会议中已经有人向政府责问处置办法，政府答以通盘筹划四个字，似乎还没有同意卢氏这个废督的计划。皖督办王揖唐在京，表示赞成卢氏办法，愿将安徽军务善后督办陪同裁撤。对卢更备极揄扬，而江浙各团体亦以“与人为善”之心，纷纷通电赞成。南京方面虽有人假造省议会电报，说废督尚非其时，请政府催卢氏速就江苏军务善后督办职，可是随即经省议会正式否认了。政变以后，冯玉祥的呈请辞职，通电下野出洋，就曾博得当时舆论界的称扬。现在舆论也对卢永祥电请废督一事大为推崇。不过有实力的人附合的并不热烈。
江浙和约签定后，上海的护军使等军职真个废掉了，军事上所必争的兵工厂完全交由总商会接收了，浙奉两军的大队也都离去，兵也可算是没有了，上海人半年来所努力进行的避免兵祸运动，仅仅就军事关系说，到此可谓已经成功，剩下来的是上海地域内所尚未解决而成为问题的，就是上海怎样成为特别市或商埠的建设问题。
上海民政的改组，当初从事于避免兵祸运动的上海人似乎都还没有考虑到，执政府于1月15日所下的三个命令亦仅说到上海为通商重埠，此后永远不驻兵队及设置任何军事机关，而未说及民政事宜的如何处置。反而是齐燮元、孙传芳的联合通电中倒能说出“……其民政事宜，与平常县份不同，拟另组成政厅以理之”的一句话。战事粗定时，江苏省长韩国钧于1月29日在百忙中首先声明于上海设特别市，电聘上海旧市董李平书等11人为筹备委员，令先行拟定区域如何划分？机关如何组织？职权如何分配诸事宜。而上海有几个商人，则提出意见于总商会，反对上海市政悉由少数苏绅主持。申述执政府拟改上海为特别区域，永不驻兵，特设督办处理民政，而主张督办直隶中央，地方事宜由地方绅商共同处理。同时，上海的舆论，则一致主张上海应筹改为特别市，市政厅须以市民为主体，市长须由市民公选。战后一个月间，关于上海的建设问题，引起了剧烈的争议，中央与苏省政府、商人与市民，都各表示不同的态度与意见。
事实上，执政府对于江苏省长聘请委员筹备特别市一事，并未有所表示，可说完全不承认其效力。2月6日北京政府下令任孙宝琦为淞沪商埠督办、虞和德为会办。不过定上海为商埠，是与上海人民设立自治市的希望背道而驰，因此舆论反对，颇为剧烈。至于江苏省政府所聘的筹备委员会，则积极进行筹备，一面拟成淞沪特别市筹备会章程，大致划定上海、宝山、川沙、南汇、太仓等五县所属40余市乡为特别区域，并与各县公团所组织的市政协会联络，定于3月5日召集特别市临时市议会，讨论一切重要问题；一面力争特别市根本立法，须由筹备处拟定，经市乡同意施行。这项关于特别市筹备会的事情，迭由江苏省长电致北京内务部，但迄未得到复电。
江浙二次战后，闹得最有声色的是上海问题。废使、撤兵与迁厂的运动均告成功，于是，使得同受兵灾各地望而生羡。和上海地域相毗连的如松江等处，纷纷要求加入上海区域，相距稍远的如苏州等处，则图谋仿上海组织特别市。于是江南同受兵灾的各地方，乃形成了大规模的避兵运动，所谓太湖流域联合自治的运动乃告发生。
太湖流域联合自治运动，酝酿于14年2月中旬，发动于3月初旬，它的目的在谋组织特别区域，实行自治，永避兵祸。他的方法在仿效上海的办法，联合太湖流域的镇江、常州、苏州、太仓、松江（以上属江苏省），杭州、嘉兴、湖州（以上属浙江省），八旧府属各法团的代表，一面请政府撤去域内军队，一面举办民团以谋自卫。最初发起的是在江浙战事中受祸最烈的常州、无锡、湖州三处旅沪人士。后经杭州等处绅商的赞同，乃在上海组织太湖流域联合自治筹备会，发电恳求卢永祥、张宗昌饬各军退出太湖流域，并推代表分赴南京、杭州及北京向各当局呼吁。
太湖流域人民是由于两次江浙战争中饱尝兵灾滋味，因而进行避兵运动，他们入手的第一步，在吁请撤退域内军队，以免妨碍春耕及妨碍农事。这个太湖流域联合自治运动，在大体上，是值得同情的。不过在军人争地争城以战的时候，这种运动是得不到什么结果的。