北伐军攻占长沙，奋战武汉，吴佩孚苦撑待援，孙传芳却按兵不动，坐观成败。他以五省联军总司令的身份，指挥江苏、浙江、福建、安徽、江西五省，他的锦囊妙计是等待革命军和吴佩孚军两败俱伤，他则以逸待劳，以静制动。
国民革命军北伐本是两路进军，一路出湖南入湖北；一路经江西入江苏和浙江。当革命军扬威两湖时，孙传芳乃以大军增援江西，企图分路向湘、鄂边境进侵，并将江西总司令邓如琢所部分为六路：第一路唐福山、张凤歧两部集中萍乡、宜春进犯株州、醴陵；第二路蒋镇臣部集中永新、莲花进犯荣陵、攸县；第三路谢文炳、陈修爵两路，谢部集中万载，陈部集中宁冈；第四路刘宝题集中宜春、抚州一带为总预备队；第五路杨如轩、杨池生部集中新城、大廋，进犯南雄；第六路赖世璜部偕同闽军进犯东江。
15年8月孙传芳颁发援赣计划，以皖军第三混成旅王普部为第一军，以苏军郑俊彦部为第二军，谢鸿勋部为第三军，浙军周凤歧部为第四军，皖军刘凤图部为第五军，并以浙江总司令卢香亭为援赣军总司令。9月1日孙联帅抵赣亲自指挥军事。
江西的赖世璜部在孙中山第一次北伐时，曾随同由粤入赣，本为革命部队。国民政府这次出师北伐时，乃派熊式辉赴江西策反赖世璜，宣达三民主义。熊式辉是江西安义人，保定军官学校毕业，曾在日本陆军大学毕业，是一位谋略家，他衔命赴赣，只身前往，15年7月底行抵筠门岭，备受欢迎，他以扼要、简明和有力的辞句说服当地驻军参加革命，为三民主义而奋斗。8月初熊续往瑞金会晤赖世璜，赖在熊的剀切说服后，欣然愿意投效革命军，改编为国民革命军第一军独立第一师，仍由赖为师长，熊式辉为师部党代表。赖投效革命，接受国民革命军番号没有公开，因为这时候孙传芳已命令福建督理周荫人以重兵集结汀州、龙岩、上杭、永定、和平等地，赖氏如有异动，将腹背受敌，同时由于赖在表面上仍接受孙传芳和江西督理邓如琢的指挥，因此孙方的作战计划大体可以获知，赖以此转报驻军汕头的何应钦。
当北伐军向湘、鄂进攻时，为了保障其右侧背的安全，以及为了将来的进展容易，所以令国民革命军第三军军长朱培德兼右翼指挥，迨赖世璜正式宣布起义后，即被委为第十四军军长，熊式辉亦升任军部的党代表。
8月22日孙传芳的援军先头部队已在九江登陆，向赣西推进，所以革命军为了制敌机先，决定乘孙传芳的援军未集中完毕前，主动地采取攻势。
9月3日革命军在李济琛指挥下进攻赣州，由于赖世璜起义，近水楼台，遂于9月6日占领赣州，杨如轩、杨池生两部狼狈逃窜。右翼军在朱培德指挥下亦于6日占领萍乡，10日占领宜春城，18日攻克高安。
革命军第六军程潜部于9月10日攻克高安，即向南昌前进，19日午后程潜亲率十九师袭占南昌，由于轻敌冒险，其他各军事前未有协同，孤军深入，孙传芳军自南浔路及樟树两方面积极增援反攻，程潜军力单薄，众寡悬殊，被迫退出南昌。
北伐军认为江西南昌的会战关系北伐全局，所以蒋中正由湘、鄂前线折回长沙，转道入赣，亲自督师。15年9月19日，他进抵萍乡，26日进驻新喻。由于孙传芳的援赣大军云集九江，似有西出鄂境扰袭革命军侧背的企图，北伐军乃抽调第七军李宗仁部集中大冶、阳新准备进攻九红。
孙传芳已由苏、浙、皖三省大集援军，编成五个方面军和一个总预备队。
以邓如琢部编成第一方面军，下辖唐福山、张凤歧、蒋镇臣、谢文炳、杨如轩、杨池生、陈修爵、刘宝题等部，担任樟树以南至吉安地区之作战。
以郑俊彦为基干，编成第二方面军，下辖李彦清、彭德铨、李良臣、杨赓和、梁鸿恩等部担任南浔路南段乐化、南昌地区之作战。
以卢香亭所部为基干编成第三方面军，下辖谢鸿勋、杨震东、刘士林、崔锦溎、李俊义等部，担任南浔中段德安、涂家埠、武宁地区之作战。
以周荫人所部编成第四方面军，在闽粤边境及赣南方面与北伐军对峙。
以陈调元所部编成第五方面军，下辖王普、刘凤图、毕化东等部，在赣北瑞昌及鄂东武穴、富池口、石炭窑一带活动。
以周凤歧部为总预备队下辖斯烈、陈光组两旅，驻守九江、湖口地区策应。
孙传芳自己则在九江口外的江新轮上坐镇指挥。
9月24日由熊式辉所率领的十四军两个团先克泰和，再克吉安，27日攻占吉水，其他各军协同前进，29日鲁涤平部进驻峡江。
9月26日李宗仁率夏威、胡宗铎两路军向瑞昌推进，29日向德安进攻，截断南浔路，30日攻克箬溪。
9月30日蒋中正进驻清江，10月2日攻占新淦城。同时在南昌方面万寿宫地区激战激烈。蒋中正再移驻高安，对南昌方面亲临前线督战，10月3日攻克德安，并对南昌形成包围。
孙传芳下令缩短防线，退守南昌，以重兵扼守牛行车站，构筑强固的工事，10月6日起至10日，南昌攻防战进行惨烈，而德安城和永修城也在孙军反攻后失陷。
孙传芳一直驻在九江招商码头江新轮上，他本定10月1日返回南京，因为江西战况紧张，孙的部下均要求孙暂缓启程，孙本人颇为犹豫，但下令集中兵力死守南昌。
坚守南昌的孙军是邓如琢的部下张凤歧、岳思寅、唐福山等部队6000人。而谢文炳、陈修爵两部则在东乡、广信；蒋镇臣、杨如轩、杨池生等部则在进贤，以与南昌守军互相呼应。由于孙军主力在南浔路，而革命军在南昌的围城战未能奏功，各军事先未能密切协商，只是单独作战，因此一直不能歼灭孙军主力，10月16日晨北伐军在鲁涤平指挥下乃从南昌撤围。
江西督理邓如琢所部在赣州、樟树一带遭击溃，邓本人则于樟树弃守时通电下野，其残部由蒋镇臣以前敌总指挥名义收容作战，但士气低落，战斗力远非昔比。
革命军自南昌撤围后，集中兵力准备先歼灭南浔路的孙军主力。孙部援赣部队3．5万人全部集中南浔路，自牛行至乐化为孙部第二方面军主力，涂家埠至永修、德安一带则为孙部第三方面军主力及第六方面军一部，马回岭至九江一带则为孙部的总预备队。孙部第五方面军则在瑞昌、阳新、武穴、田家镇方面策应南浔路方面之作战。在抚州、进贤、东乡方面的孙军蒋镇臣、杨池生、杨如轩、谢文炳、陈修爵等部虽经战败，仍保有1．3万余人。
孙传芳现在也开始了恶运，江西的战况不利，他欲行不能，革命军在武汉方面已攻占了武昌城，北伐左翼军已进逼沙市，福建的周荫人部则被北伐东路军阻于永定、松口；江苏的白宝山和浙江的夏超宣布了独立，不受孙传芳节制，现在孙传芳的处境比吴佩孚也好不到哪里了。
北伐军鉴于江西战局关系北伐前途，而肃清江西的孙军则在于对南浔路总攻击，以期一举击溃孙军的主力。10月28日蒋中正在高安行营亲自下达总攻击令，并颁布作战命令云：
“我军自出师以来，与贼鏖战于湘、鄂、赣之间者，三月于兹，吴佩孚军阀所部已被我歼灭，孙传芳军阀之主力亦已被我击溃，革命力量日益扩大，民众痛苦逐渐减除，因为先总理呵护之灵，实亦我将士奋斗之绩。风声所播，庆慰同殷。且我前敌官兵，辗转应战，艰苦备尝，甚至衣被不完，饘粥不继，乃能深明大义，益励坚贞，奋勇图功，杀敌致果，此本总司令尤深嘉念者也。迩来国内军阀冀图苟延残喘，遂合力以谋我，复勾结帝国主义者阴相援助，狡焉思逞，日甚一日。孙传芳尤为军阀现时重心，党国前途之障碍。故我军此次总攻击，务将孙贼势力迅速扑灭，使军阀余孽不至蔓延，即帝国主义者亦必震慑而不敢发，则时局方可成功。凡我革命军人，须知我不杀贼，贼必杀我，宁为玉碎，毋为瓦全，能抱最后之牺牲，方能博得最后之胜利，若纵寇长乱，功败垂成，不独贻羞天下，死且无葬身之地矣。懔之！勉之！此令。”
10月28日革命军在江西总攻击，迄11月6日，在南浔路的孙军主力全被击溃。
孙传芳于11月2日乘舰离九江返吴淞。其部队已溃不成军，仅有残留在南昌牛行车站及瀛上一带的郑俊彦部凭工事负隅顽抗，还有蒋镇臣、唐福山、张凤歧、岳思寅等残部固守南昌城和郊区。
11月3日南昌攻城开始，革命军士气如虹，前仆后继，白崇禧率军将苏军及唐福山两残部在滁槎附近完全缴械，又在马口圩附近俘虏李彦清、王良田以下官兵1．5万余名及械弹无数。革命军右纵队则将南昌城外蒋镇臣部6000余人缴械，南昌城内守军唐福山、张凤歧、岳思寅部及苏军共3000人竖白旗投降。革命军遂于11月7日占领南昌城，9日蒋中正进驻南昌，分兵规复瑞昌、九江、湖口、武穴。
革命军在进攻南昌时是采取孤立包围，断绝其外援，同时以主力击溃南浔路孙军的主力，最后迫南昌城内守军投降，比起对武昌战役的攻坚，损失少而战果大。
革命军在江西的空前胜利，对于孙传芳而言，打击非常惨重。
福建方面对革命军一直是很大的威胁，因为由福建进军粤东，从前陈炯明就是取这一条路，而福建是孙传芳的势力，当革命军在江西和孙传芳军大战时，福建的周荫人集中主力据守闽粤边境，对北伐军构成了很大的威胁。
周荫人的力量说小不小，也有六七万人，周以十二师师长兼福建督理。当孙传芳在江西作战不利时，即一再责令周荫人迅速率师进袭粤东，以牵制革命军。15年9月下旬周部张毅、刘俊、李宝珩、孙云峰、李凤翔分向饶平、大埔、峰市、蕉岭前进，周本人亦由龙岩进驻永定督师。
陈炯明在广东东江一带还有余党，无日不思再起，周荫人开始进迫粤东时，亦暗中接济陈部械弹，令其扰乱革命军后方。
蒋中正在北伐之初，即决定派第一军军长何应钦率三师戍守潮、梅，以防守福建的北军，并秘密派员入闽连络周荫人的部下，同时搜集情报，所以对于福建情况了若指掌。
周部向粤东移后，蒋中正认为粤东兵力周众何寡，实力悬殊，因此迭电何应钦，责令其采取守势。何应钦认为辖区地广兵单，若处处设防，势将处处薄弱，且对周荫人部队的弱点非常了解，周部多数是北方人，不善于行山路，多以草鞋套布鞋，行动困难，每天行20余公里，即感疲劳，而闽、粤边区地形复杂，山地太多，对周部士兵极为不便。周荫人在福建竭力搜刮，福建人恨之入骨，各部队之间同床异梦，互不相助，而福建民军蜂起，可以牵制周的后方，所以何应钦认为革命军如能集中兵力击破周荫人的主力第三军，福建不难平定。
蒋中正接到何应钦条陈，立即接受何的建议，令何率师入闽，击破周军，平定福建。何受令后以大敌当前，而潮、惠一带又有陈炯明的残余，乃以中央军校潮州分校教育长王绳祖为潮州卫戍司令，并令率全校学生400余人协同代理潮、梅警备司令何辑五担任潮汕后防。闽省国民党人更组织闽省参谋团，推宋渊源为临时主任，领导各路民军及联络海军在闽响应。何应钦则由汕头赴高坡指挥一切，9月30日到三河坝，10月9日到左弼，以第三师奇袭永定，10日下午攻入永定城，俘虏城内周军和周荫人司令部人员，周本人率卫队十余人在当日下午4时仓皇越城逃逸。同日第十四师肃清芦坝的周军。于是何应钦乃率部经峰市迂回松口，11日占领峰市，12日渡河进攻松口，分三面围攻松口，当晚何应饮进驻松口圩，这场战斗俘获周部支队长李宝珩及团、营、连长以下官佐50余名、士兵4000余人，缴获步枪4000余支，炮十余门。
周部第二军李凤翔部曹万顺、杜起云两旅于10月8日在蕉岭起义，投效革命军，受编为国民革命军第十七军，由曹万顺为军长兼第一师师长，杜起云为第二师师长。何应钦并命该军以一部留驻岩前，主力进驻中都，另一部挺进上杭。
当何军克复松口时，正是革命军在江西大捷，蒋中正已进驻南昌，自大江南北进军东南，乃派何应钦为国民革命军东路总指挥。上杭收复后何军即向汀洲进击，10月29日完全占领汀洲，缴获步枪500余枝，机枪三挺，炮五门。10月24日进占漳州，11月7日进占南靖，11月20日到达同安，12月7日攻克福州，俘虏万余人。周荫人在闽残部由其旅长李生春收容，投效革命军，何应钦令其归入第十七军。
周荫人残部向浙江温、台逃窜，企图与孙传芳在浙各部联合，这时浙江的陈仪已通电响应革命军，但该军远在绍兴、甬江一带，兵力分散，前后受敌，乃放弃绍、甬分两路南下，迎击周荫人窜浙之部队。
16年1月上旬陈仪部与周军接触，即跟踪迫进临海，何应钦乃派十七军由闽入浙协同夹击周军。
李生春虽在福州投效革命军，可是自周部窜入浙境，李生春即不听指挥，何应钦派其入浙作战，他由福州出发，经古田至建瓯，抗命不行，要求补发周荫人时代的欠饷。3月2日何应钦至延平，即命第二路指挥官冯轶裴率部将李生春缴械，而福建全省遂入革命军掌握中了。
福建的平定，何应钦的战略战术都运用得非常灵活，且对于敌情，了解透彻，所以能转守为攻，先发制人，以弱胜强，大获全胜。