5年1月5日，袁世凯正式对云南护国军用兵，颁布讨伐令，令云：
“前据参政院代行立法院奏称：唐继尧、任可澄拥兵谋乱，声罪请讨。又据各省将吏先后电称：蔡锷等通电煽动，请加惩办等语，当时疑其另有别项情节，先将唐继尧、任可澄、蔡锷褫职夺官，听候查办；嗣据各路边报，蔡锷纠合乱党，潜赴云南，诱胁该省长官及一部军人，谋叛国家，破坏统一，宣言独立，遣兵窥川，稍拂逆谋，横遭残害，妄自尊大，擅立官府，人民多数反对，饮泣吞声，不能抗其威力。又任意造谣，传播远近，妄称某省已与联合，某国另有阴谋，非诈欺惑众，即挑拨感情，呓语谎言，全无事实。各省军民，服从政令，拱卫国家，各友邦又皆希望和平，敦睦邦交，决非该逆等所得诬蔑。当滇变肇端，政府及各省将吏，驰电劝诰，苦口热心，积牍盈尺，而该逆等别有肺肠，悍然不顾，以全体国民所决定之法案，该逆等竟敢以少数之奸人，违反举国之民意，于政府之正论，同僚之忠告，置若罔闻，丧心病狂，至此已极。该逆等或发起改变国体，或劝进，一再赞同，为日几何，先后迥异，变诈反复，匪夷所思。自古国家初造，类有狡黠之徒，包藏祸心，托词谋变；而如该逆等之阴险叵测，好乱性成者，亦不多见。至滇省人民，初无叛心，军士亦多知大义，且边陲贫瘠，生计奇艰，兵仅万余，饷难月给，指日瓦解，初何足虑。国家轸念滇省军民，极不愿遽兴师旅，惟该逆等倚恃险远，任意鸱张，使其盘踞稍久，必致苦我黎庶，掠及邻封，贻大局之忧危，启意外之牵涉，权衡轻重，不敢务为姑容，竟废国法。着近滇各省将军、巡按使，一体严筹防剿，毋稍疏忽，并派虎威将军曹锟督率各师，扼要进扎，听候调用。该省之变，罪在倡乱数人，凡系胁从，但能悔悟，均免追究，如有始终守正，不肯附乱者，定予褒奖。所有滇省人民，多系良善，尤应妥为抚恤，勿令失所，用副予讨罪安民之至意。此令。”
同时布置三路进兵云南的计划，准备以泰山压顶的力量一举而打垮护国军。然而实际上这三路大军，没有一路发生作用。袁的三路大兵是：
派虎威将军第三师师长曹锟、第七师师长张敬尧、第八师师长李长泰所部入四川。曹锟的第三师原驻岳州，张敬尧的第七师原驻南苑，李长泰的第八师原驻保定。作为正面攻滇的主力。
派第六师师长马继增、第廿师师长范国璋、第七混成旅旅长唐天喜入湘西，兵力包括由南昌调动的马继增所属第六师，由河南调动的第七混成旅，以及由奉天调动的第廿师一部分。
派粤军第一师师长龙觐光由广西入贵州，另由安徽调倪毓棻所属的安武军由湘西入黔。这是侧面的攻击。
袁还有一个打算，是由海道运北洋军到越南，假道滇越铁路进攻昆明，这当然不会获得法国的同意。
袁在丰泽园组织了“征滇临时军务处”，他想请段祺瑞出来替他撑场面，段以“宿疾未愈”为由辞却。这简直好像辛亥年清廷命袁督师而袁对以“足疾未痊”如出一辙。袁为了讨好于段，爱屋及乌，把平素极不喜欢的徐树铮请了出来，小徐因遭袁忌，专心办正志中学，袁忽命其为将军府事务所长，可是段仍无动于中。
袁又想请冯国璋为征滇总司令，可是冯也是和段一样，一再称病，一再续假，暗中却和北方军人及南方实力派接洽议和工作。这也和辛亥年袁暗中与革命军议和一样。
冯国璋称病南京，拒绝北上，袁特派蒋雁行以探病为由，于5年2月13日到南京。冯当然没有病，他抓住蒋雁行的手痛哭流涕地说：“我跟随总统一辈子，总统要如何便如何，为什么总统都不把我当作人看待。”他这话是指他前次赴北京谒袁时，袁对他否认帝制的那一幕。
袁接到蒋的密报，知道冯的“政治病况”，就走马灯似地派阮忠枢、荫昌、田中玉等轮流到南京来疏通冯。暗中却指使蒋雁行勾结江宁镇守使王廷桢就近篡冯的位，又想电召冯到北京，解除他督理江苏军务一职，可是因为山东将军靳云鹏、江西将军李纯打密电请勿调动冯，所以未曾下手。
袁又想借重黎元洪以副元帅名义统率征滇军，可是黎表示宁可杀头不为利用，这一着也落了空。
袁的可悲是他身边已无大将替他主持征滇军事，而他自己呢？既要做中华民国大总统，又要做中华帝国大皇帝，既要管外交，又要管内政，既要筹钱，又要管军事。云南讨袁军突起后，袁只好把全副精神都用在对云南军事上，一方面命政界减薪，一方面以金钱和爵位鼓励前方将士，有功者男爵加封子爵，少将升为中将，旅长升为师长，或者赏食双俸。
正在事事不如意时，肃政史庄蕴宽公然铁面无私，不用奏请而以公函送交国务卿，提出：（一）取消洪宪年号，因帝国未成立，不应先有年号；（二）请撤销大典筹备处；（三）请取消参政院。袁看到这一件公文，大为震怒，宣称要对付庄，庄只得挂冠而去，袁立即派张元奇继任，并下令严禁官吏请假，凡请假的须具三人以上连环保结，并派军警保护简任以上的大员。正和清末监视亲贵们出京一样。
洪宪元年本应于民国5年元旦袁登极改元，可是由于云南首义于4年12月25日，各国使馆又退还改元的公文，因此袁的登极把戏乃一再展期，至2月23日，袁有明示延缓登极之令：
“近据各文武官吏、国民代表以及各项团体、个人名义，吁请早登大位，文电络绎，无日无之，在爱国者，亟为久安长治之计，而当局者，应负度势审时之责。现值滇、黔倡乱，犹惊闾阎，湘西川南一带，因寇至而荡析离居者，耳不忍闻。痛念吾民，难安寝馈！加以奸人造言，无奇不有，以致救民救国之初心，转资争利争政之借口；遽正大位，何以自安？予意已决，必须从缓办理。凡我爱国之官吏士庶，当能相谅。此后凡有吁请早正大位各文电，均不许呈递。特此通令知之。此令。”
当云南起义后，江苏将军冯国璋成为一个举足轻重的人物，如果说北洋军系的实力人物是段和冯，则段祺瑞只是有名而无实，冯国璋则掌握实际的兵权，又不受袁控制，和段当时处境完全不可同日而语。
广西独立后，冯国璋肯定地认为反袁的声势愈来愈大，国内国外的形势袁都居不利地位，因此主动地发出一则密电给和他有关系的各省北洋军阀，建议共同发出一个压迫袁取消帝制、惩办祸首的联名电报。这一建议立刻得到江西将军李纯、浙江将军朱瑞、山东将军靳云鹏、湖南将军汤芗铭复电赞同。冯觉得连他自己只有五位将军，声势不够壮大，乃用五人名义密电征求全国各省将军的同意，他认为这是大势所趋，已不是他个人的行动，对袁也无所畏惧。
不料他这则密报到了直隶巡按使兼将军朱家宝的手里，朱对袁很忠心，立刻把这封密电送给袁看。袁正为了广西独立和龙觐光被扣事焦躁非常。3月19日晚上得到了这个密电，又是气又是怕，几乎晕倒过去。
现在，袁的恶梦醒了，他发现他一手培植，并且赖此以打天下的北洋系，如今都叛离了他，变成了他的敌人。而且这个内部敌人比外来敌人还可怕。他双目已没有平素炯炯的威棱，失神而黯然地向坐在身边的夏寿田说：“一切都完了，完了，完了。我昨天晚上看见天上有一颗巨星掉下来。这是我一生中第二次。第一次是文忠公（指李鸿章）去世，这次大约轮到了我。”于是他又沮丧地谈到袁家祖先都在59岁以前死亡，如今他已58岁，恐怕也过不了59岁的“关”！
袁觉得众叛亲离，没有人可寄腹心，而他的嫡系却又觉得他对他们猜疑而玩弄手段。相传有这么一段掌故：有一天，辫子军统帅张勋到南京拜访冯国璋，冯以盛宴款待，几杯老酒下肚，谈得非常投机，张觉得他和老冯前嫌尽释，于是大声地对冯说：“你知道我的来意吗？我是奉着老头儿的命令来察看你的行动！”冯听了只淡淡地一笑，跑到书房中拿出一封密电给张，并且说：“老头子也有电给我，叫我监视你的行动呢！”
袁的失败这就是最根本原因。
3月17日袁邀梁士诒往谈，这时已经形势日蹙，但还没有撤销帝制，袁乃和梁商量，并把一些重要的文电拿给梁看，其一是康有为劝袁撤销帝制的致“慰庭总统老弟”函；其二是徐世昌自天津来函，内有：“及今尚可转寰，失此将无余地”语；其三是冯国璋等五将军联电请取消帝制以安人心电文；其四是派驻日本公使陆宗舆来电称：日首相大隈与内阁各大臣及元老，借宫宴之便开御前会议，专为讨论对华问题，认为时机已至，日本应在中国自由行动，派兵进驻中国各地，以确保东亚之和平。其他则是各种军报，包括张敬尧受伤，及各省反对帝制电文一束。
这时袁和梁对坐一个方桌上，袁以手指蘸茶涂书桌上，以谈某方情形如何，某人态度如何，应付得失如何。涂满了桌子，又以纸擦去，如是者一而再，再而三。最后，袁面色沉重地对梁说：“事到如今，我只有如此决定，分为几方面进行，中央政事由菊人（徐世昌）、芝泉（段祺瑞）任之。安定中原军事由华甫（冯国璋）任之。请你替我致电二庵（陈宦），嘱其一面严防，一面与蔡松坡言和。你和卓如（梁启超）有旧，以私人情谊托其疏通滇、桂，并复长素（康有为）函，请其援助卓如。倘能令国家安定，我牺牲至任何地步均无不可。”
袁在内外煎迫的情形下，把他的智多星杨士琦找来问计。杨认为当前大局困窘，除非采用和平方法，否则很难解决反袁的护国运动，而和平的先决条件，必先取消帝制。袁这时也顾不了其他，只怕取消帝制仍不能满足独立各省的愿望，倘若对方得寸进尺，连总统地位也不给保留，则取消帝制依然不能求全。杨认为先尽其在我，如果护国军迫人太甚，则我直彼曲，就会激起北洋派的同仇敌忾，到那时候可以团结北洋系和护国军一战了。
袁这时想在保持颜面的情况下取消帝制，他打算立刻召集立法院，向立法院提出咨文请辞帝位，然后由立法院作出一个仍旧请他继任总统的决议，可是召集立法院不可能三天两天就能完成这些官样文章，因此这个拟议也行不通。
最后，袁只好求助于几位不赞成帝制的重要人物，他于3月21日亲笔写了几封密函，交由承宣厅遣派专人，分别送给徐世昌、段祺瑞、黎元洪，请他们来公府参加当天下午的紧急会议。送信的人还带口信说：上头有话，请看多年的老交情，今天务必发驾。
这是一次送终帝制的会议，情景很像清朝未年召开御前会议商讨退位问题一样。参加会议的人都不肯发言。袁只好厚着脸，忍气吞声地说：“取消了帝制，则他们的目的已经达到，如果仍然不肯罢兵，那就是诚心作乱，我们只好再用兵了。”徐、段都赞成，表示除此亦无他法。可是应袁电召入京的安徽将军倪嗣冲却站起来发言，他很激动地表示反对，自称为“臣”，要求带兵去打护国军，为“圣主”效力。袁很沉痛地说：“丹忱（倪嗣冲号）。你看看。”说着就把朱家宝告密的五将军通电给倪看。倪嗣冲这才像漏了气的皮球，黯然坐了下来。
袁请徐世昌重作冯妇，再任国务卿，主持和护国军的议和工作。徐自帝制酝酿后，即坚求去职，国务卿乃由陆徵祥担任。袁克定常背人呼徐为“活曹操”。徐平素为人喜怒不形于颜色，云南护国起义时，徐不禁喜形于色，对杨士琦说：“快失败了。”杨士琦后来告人说：“数月以来，仅见此老破颜一笑。”徐闻袁请他再度出山，便推三阻四，经不起袁的哀恳：“这时候老朋友都不帮忙，谁来帮忙？”徐才无话可说勉强接受。
这次会议决定了以下各点：一、撤销承认帝位案，取消洪宪年号；二、召开代行立法院参政的临时会，以便于取得取消帝制的法律根据；三、解除陆徵祥的国务卿职务，回任外交总长，由徐世昌出任；四、任命段祺瑞为参谋总长以代久未到职的冯国璋；五、请黎、徐、段三人联名电劝护国军停战议和，如得同意，拟任命蔡锷为陆军总长、戴戡为内务总长、张謇为农商总长、汤化龙为教育总长、梁启超为司法总长、熊希龄为财政总长。
3月24日袁召请从来不赞成帝制的张一麐入见。袁对张说：“我真糊涂，没有听你的话，以至于此。今欲下撤销帝制令，非你起草不可。”一边说一边把王式通所拟的一稿给张阅，并说：“我觉得应该直截了当地下令取销帝制，并将推戴书焚毁。”张见袁如此说，亦不禁黯然，乃说：“这全是总统受小人的蒙蔽。”袁立刻接下去说：“全是我自己不好，不能怪他人。”
袁撤销帝制令全文如下：
政事堂奉申令：民国肇建，变故纷乘，薄德如予，躬膺艰钜，忧国之士，怵于祸至之无日，多主恢复帝制，以绝争端，而策久安。癸丑以来，言不绝耳。予屡加呵斥，至为严峻。自上年时异势殊，几不可遏，佥谓中国国体，非实行君主立宪，决不足以图存，傥有墨、葡之争，必为越、缅之续，遂有多数人主张帝制，言之成理，将吏士庶，同此悃忱，文电纷陈，迫切呼吁。
予以原有之地位，应有维持国体之责，一再宣言，人不之谅。嗣经代行立法院议定由国民代表大会解决国体，各省区国民代表一致赞成君主立宪，并合词推戴。
中国主权本于国民全体，既经国民代表大会全体表决，予更无讨论之余地。然终以骤跻大位，背弃誓词，道德信义，无以自解，掬诚辞让，以表素怀。乃该院坚谓元首誓词，根于地位，当随民意为从违，责备弥严，已至无可诿避，始终筹备为词，借塞众望，并未实行。及滇、黔变故，明令决计从缓，凡劝进之文，均不许呈递。旋即提前召集立法院，以期早日开会，征求意见，以俊转圜。
予忧患余生，无心问世，遁迹洹上，理乱不知，辛亥事起，谬为众论所推，勉出维持，力支危局，但知救国，不知其他。中国数千年来史册所载，帝王子孙之祸，历历可征，予独何心，贪恋高位？乃国民代表既不谅其辞让之诚，而一部分之人心，又疑为权利思想，性情隔阂，酿为厉阶。诚不足以感人，明不足以烛物，予实不德，于人何尤？苦我生灵，劳我将士，以致群情惶惑，商业凋零，抚衷内省，良用矍然，屈己从人，予何惜焉。代行立法院转陈推戴事件，予仍认为不合事宜，着将上年十二月十一日承认帝位之案，即行撤销，曲政事堂将各省区推戴书，一律发还参政院代行立法院，转发销毁。所有筹备事宜，立即停止，庶希古人罪己之诚，以洽上天好生之德，洗心涤虑，息事宁人。
盖在主张帝制者，本图巩固国基，然爱国非其道，转足以害国；其反对帝制者，亦为发抒政见，然断不至矫枉过正，危及国家，务各激发天良，捐除意见，同心协力，共济时艰，使我神州华裔，免同室操戈之祸，化乖戾为祥和。总之，万方有罪，在予一人！
今承认之案，业已撤销。如有扰乱地方，自贻口实，则祸福皆由自召，本大总统本有统治全国之责，亦不能坐视沦胥而不顾也。方今闾阎困苦，纲纪凌夷，吏治不修，真才未进，言念及此，中夜以忧。长此因循，将何以国？嗣后文武百官，务当痛除积习，黾尽图功，凡应兴应革诸大端，各尽职守，实力进行，毋托空言，毋存私见，予惟以综核名实，信赏必罚，为制治之大纲，我将吏军民当共体兹意！此令。
国务卿徐世昌
袁发表撤销承认帝位申令，同时却又打电报密谕北洋军前方将士，捏造许多无稽消息，借以煽动北洋系，如：护国军已推举岑春煊为总统，北洋军高级将领均将被撤职等……。
密谕中说：
“发还推戴书，系为势所迫，并非根本取消帝制。蔡、唐、陆、梁迫予退位。君等随予多年，恩意不薄，各应激发天良，为予致力，富贵与共。如予之地位不保，君等身家性命亦将不保。……”云云。
袁自接受帝位到撤销承认帝位令发布之日止，算起来总共是83天。这可算是历史上最短命的皇帝。皇帝戏歇场后，叫苦的当然是洪宪帝制派，连带遭殃的，还有瑞蚨祥服装店老板，因为订制的龙袍和朝衣都没有人要了。
3月25日，黎元洪坚决要袁下令取消他的王爵。他说如果不明令取消，他就无面目做南北之间的调人。这一天参政院会场一致通过袁所提的撤销承认帝位案，如同4年12月21日全场一致通过袁为皇帝一样。该院于当日咨复袁，请将各省推戴书发还各省自行销毁，并且自请解散。同日，黎元洪、徐世昌、段祺瑞分电陆、梁、蔡、唐等，略云：“公等目的已达，务望先戢干戈，共图善后。”这份电稿是袁代拟代发，黎、段两人俱未同意。不料护国军回电：一要袁退位，二要诛杨度等13人以谢天下。
局势太坏，袁的四子克端奉母及妻赴天津岳家暂住。
3月29日，袁亲自指挥焚毁有关帝制公文840余件。
4月2日参政院撤销国民总代表名义和它决定的君主国体案。
16日梁启超有电复梁士诒，电云：
“奉电同兹欷慨！弟之愿平安，爱和平，当为兄所夙信，徒以政治泯棼，益成绝望，故挥泪以从诸君子之后。以兄解人，试将四年所酝酿、所杂谒以推测将来变祸，容有一线之光明耶？帝制之发生与撤销，朝三暮四，何关大计！须知国人所痛心疾首，正以其专操政术以侮弄万众，失信于天下既久，一纸空文徒增恶感耳。以言外侮，在弟等何尝不日怀临渊之惧。积欠相持，非国之福，尽人皆知；然祸源不塞，何由安国人之心，而平其气？弟即欲苟且自卸，岂能回西南诸将之听？诸将即欲苟且自卸，又岂能回全国人之听？项城犹怙权位，欲糜烂吾民以为之快，万一事久不决，而劳他人为我驱除，则耻辱真不可湔，而罪责必有所归。知弟与项城私谊不薄，诚不忍其卒以祸国者自祸，乞代致拳拳。粤既响应，变局益急，兄亦宜善自为谋……”
梁士诒把梁启超这份电报拿给袁看，袁随阅随批，不作一语。在“正以其专操政术以侮弄万众”句旁，袁批“内阁、国会”，其意这是内阁、国会之过。在“项城犹怙权位，欲糜烂吾民以为之快”句旁，袁批：先攻川湘。在“劳他人为我驱除，则耻辱真不可湔”句旁，袁批：敌国忌恨，讵非伟人？最后袁在电末批：收束军队。其意是双方应收束军队为最要务。
自袁接受帝位后，就没有一天太平过，到他取消接受帝位，其间共经历了三个阶段：
第一阶段是国际方面，由于五国提出联合警告，袁政府发表年内不登极的口头声明；
第二阶段是反袁方面，由蔡、唐领导云南独立，护国倒袁，袁被迫宣布缓办帝制；
第三阶段是袁内部倒袁，由于冯国璋等五将军通电，袁知大势已去，才被迫撤销承认帝制案。
袁是个枭雄，有通变之才，一生都得心应手，倘若能够逆取顺守，则后半生真可以成为中国的华盛顿，怎料到他自任总统后，暗杀异己，胸襟偏狭，手段尤甚于西太后，政治腐败更超过逊清。水能载舟，亦能覆舟，袁处处玩弄人，制造民意，擅用武力，善施权术，结果在他最后关头，人民的公意打倒了他，蔡锷的三千弱兵劣器打败了他。因此有人说：袁的气数在他58岁后便完了，以前他的运气好，所以得心应手，无往而不聪明，无往而不顺利；到了气数已尽，则无往而不愚蠢，无往而不糊涂。
其实，骗人者人亦骗之，杀人者人亦杀之，以权术治天下，最后一定是众叛亲离，一时得意，千古骂名，一念之差，遗臭万世。权力欲用之不当是一个最不好的东西。