革命党人起兵讨袁，那拥有兵权的地方实力派，则依然迟疑不决。孙中山电令广东独立，而广东不听，他欲躬亲赴粤主持其事，但若靠广东一隅讨袁也不是长久之计。
广东省都督胡汉民本讨袁坚决，只是受到陈炯明等人的制约，才持消极态度。
胡汉民、陈炯明入主广州，曾共同致力于广东军政府的建设。胡汉民是孙中山得力的助手，他长期流亡海外或香港，在广东商绅中影响不大，他又是一介书生，手中无一兵一卒，很需要实力派人物作后盾。而陈炯明在广东声誉鹊起，又是握有重兵的“党中同志”，其地位足以支撑艰巨。因此，对于当时的胡汉民来说，陈炯明是不可缺少的帮手。就陈炯明来说，他虽有一定声望和实力，但毕竟加入革命党不久，资历甚浅，要在革命阵营中营造自己的地盘，就必须凭借革命党及其领袖孙中山的这面旗帜，所以陈炯明对胡汉民也只能是支持和迁就。且胡汉民曾解饷10万，以济陈军。胡、陈入主广东时，他们之间是“同”多“异”少，“同”著“异”伏。在新生的广东军政府中，胡汉民任都督，陈炯明任副都督，廖仲恺、陈少白、蒋尊簋等人基本控制了财政、外交、军政各部；朱执信、胡毅生、姚雨平等人，则是枢密处的主宰者。因此，革命党人掌握了军政府的大部分实权。
胡汉民、陈炯明携手在巩固广东革命政权方面，做了大量工作。发布了一系列革命法令，没收了满清官吏和反抗军政府之人的家产。广州和平光复时，旧军队并没有解除武装，龙济光军12营、李准军6营降卒，都原封不动地驻扎在广州城内；驻扎城内的各路民军，没有来得及进行整顿，广州城内军队林立，各不相属，以致司令遍地，政出多门。陈炯明的循军进驻广州，起了一些镇慑作用，但革命秩序一时尚未建立。
胡、陈为稳定局势，定计先巩固新军，使其居中不动，作诸军之监视。对于陈炯明的循军军官钟鼎基、王肇基等委以重任，使军政府有军事实力对付龙济光部和其他旧军队。对民军逐步进行整顿，委任威望素著的黑旗军首领、原台湾“民主大将军”刘永福为民团总长，同盟会员何克夫副之，总摄各路民军。又把民军领袖们组成“广东军团协会”，作为水陆51军的自律团体，直隶于军政府，以陈炯明为会长，周之贞为副会长，高剑父、刘师复、李栖云为干事员。
胡汉民竭力笼住李准和龙济光，使其不至危害新生革命政权。胡汉民刚上任，就照会李准、龙济光等，饬令他们照旧统辖所部，所有城内衙门局所，均请妥为防护，共保治安，并表示饷项由军政府发给。胡、陈对李准、龙济光部厚发军饷，每人的军饷是民军的7倍。胡、陈的目的主要是在于缓和旧军队和新政权之间的矛盾，采用收买办法稳住“济军”，使他们不致轻举妄动。待正式陆军组编完毕，民军实力已压过济军时，便把济军调往远离广州的高廉雷琼地区去。但是，胡汉民等未能对这支旧军队进行整编和彻底改造，使龙济光得以保存旧部，后来这支军队成为袁世凯扑灭二次革命的鹰犬。
孙中山被推举为中华民国临时大总统时，坚邀胡汉民立即随他去南京。胡汉民分别致函陈炯明、朱执信等，嘱陈炯明接任广东都督，并饬令各军服从陈炯明。已筹备就绪的广东临时省议会致函陈炯明，推举陈正式接任都督，陈辞不受，向省议会推举汪精卫为广东都督，陈自己仅允暂任代理都督。但汪精卫对所举，以“功成身退”为词，辞不就任。陈辞汪不就，孙中山亲自出面，致电陈炯明，委任陈为广东都督；省议会也再次推陈为都督，但陈始终不接受。孙中山只好委任汪精卫督粤，在汪未到任前，由陈炯明代理，并申令：不可更辞，各界亦不可再举他人。
醉心于利禄的陈炯明推三阻四，辞不就都督职，有多种原因：其一，武昌起义不久，部分革命党以“功成身退”来自鸣清高，汪精卫几辞都督、刘师复高唱“不作官吏”，“不作议员”等等。陈炯明受这些处世哲学和沽名钓誉的思想影响，且与这些人交往颇密，亦很重视个人声望；其二，广东时局混乱，棘手问题很多，而当时北伐声浪很高，陈炯明不愿坐守广东，而声言“素志北伐”。他请为北伐军总司令，以所部循军及他部改编，并把姚雨平已编定之北伐军合并为1军，乘机掌握军队，尔后地位、声誉将必更有凭借。但姚雨平不愿受陈节制，胡汉民与朱执信商量，北伐必须立即进行，而广东内部亦尚需陈炯明留粤整顿办理，所以，胡汉民等令姚雨平北伐，陈炯明虽未如愿，但他的循军却因编入北伐军序列而跻身于“政府军”行列（未出发北伐），后来裁撤民军时，这支军队也得以保留。广东北伐军由姚雨平率领，于广州誓师出发，后转战江北，为巩固南京临时政府作出了贡献；其三，孙中山由于同胡汉民、汪精卫共事时间长，了解比较多，因倚畀也比较重。广东是他的故乡和进行民主革命的基地，在择人任事的问题上也特别关注和慎重，所以，他主要寄望于胡汉民、汪精卫。只是因胡、汪或因北上需人，或因固辞不就，才再三拉陈炯明出来，而在陈辞不受之时，孙中山和广东革命党人还先后想捧出冯自由、朱执信、孙眉、何克夫、邓泽如、胡毅生等人供粤人抉择。广东的革命党人才济济，陈炯明不过是个乘时而起的革命后起人物，还不能唯一独尊。陈炯明对于这种局面不能无睹。他的固辞，实际上是谋求进一步掌握实力，待价而估，以退为进，饲机再起。
在1911年12月22日至1912年4日25日，陈炯明为广东代理都督，全权督理广东120余天。
南北和议告成，北伐中止。陈炯明将北伐军总司令部改为广东陆军司令部，已经编成但没有出发的北伐部队，全部改为广东正式陆军。陆军数目，本来须设3师，然以经费无出，仅成立2师1旅。改编后的广东陆军，以陈炯明的循军为主，以反正新军为辅，这样，大多数官兵，都是陈炯明的老部下，如师长钟鼎基、旅长王肇基、叶举、团长洪兆麟等。这些军队名义上隶属于军政府，实际上带有军队私属的色彩，成为陈炯明在广东营建统治的凭藉力量。
陈炯明在裁撤民军方面，错误地采用残暴镇压手段。广东民军对广东独立起到了巨大的促进作用。广东光复后，云集在广州的民军51股计有15万人，这对反革命势力是一支强大的镇慑力量；但由于民军多数是破产农民和手工业工人，有些是铤而走险的绿林，有些是游兵散勇转投过来，因而他们既具有小农的分散性，又具有游民无产者的破坏性。虽然大部分民军是好的，但也有一些民军首领进城后，沉迷于嫖、赌、饮、吹的堕落腐化生活。胡汉民、陈炯明起初利用民军的声势，来对付清朝降军和防营；并成立“军团协会”来约束民军，起到了良好的作用。
但是，陈炯明以他的循军为主体的正式陆军组编工作完成后，不再需要民军。首任民团正副总长刘永福、何克夫治事一月，显得软弱无力；换上老同盟会员黄世仲，黄颇能操纵王和顺、关仁甫之属，而遭陈炯明之深忌。同时，民军首领居功骄傲，目无军政府，同大权在握、个人野心渐次萌发的陈炯明尖锐对立。一部分民军以武力要挟省议会，令举孙眉为都督，明显地流露出对代都督陈炯明的不信任感。在这种复杂的情况下、陈炯明为了排除异己力量，采取了残暴镇压手段。首当其冲的是石锦泉和他的“石字营”。
石锦泉绰号“石鬼仔”，广东独立前就倾向革命，为革命党人潜运武器。辛亥革命爆发后，他竖起义旗，成为促进广东独立的一支武装，因此，对革命是有贡献的。然而，石锦泉以桀骜不驯著称；入城后，更颇为骄恣，他曾手提土制炸弹，闯入都督府，气势汹汹，要胡汉民立即发饷。石本人还公然于光天化日之下在广州多宝街擅自杀人，取出人心，沿街夸耀。对于石锦泉这样的行为是应该予以规劝和惩戒的。
但是，陈炯明却扩大了事态。虎门炮台截留了一批军械，这批军械是胡汉民主持军政府期间代民军购买的。陈炯明本来有裁撤民军的意图。他做了代理都督，当然不愿意这批军械落入民军之手，而想用来装备正式陆军。民军首领很不服气，石锦泉尤其按捺不住，竟直奔虎门，私自起用军械。这正好为陈炯明提供了解散“石字营”的借口。陈炯明接到报告后，马上通知魏邦平，派兵追赶石锦泉，将石拿获，未经审讯，即予枪决，并随即将“石字营”全部遣散。在布告中，给石锦泉加了许多罪名，如“屡抗命令”、“扰害治安，商民共愤”、“擅行缴械抢物，并敢隐匿实数，延抗不缴”等。
石锦泉事件发生后，其他民军首领已预测到陈炯明是杀鸡儆猴，尤其是王和顺。在51支民军中，王和顺的惠军实力最雄厚，对陈炯明的威胁最大。为了对付陈炯明的武力压迫，求得自存，王和顺与关仁甫的“仁字军”、杨万夫的“协字军”结成盟军，约定互相支援。
陈炯明采取分化瓦解的手段，以重兵对王和顺的“惠军”形成包围，然后派出巡查队前往惠军驻扎的太平沙一带巡逻，故意寻衅闹事，挑起事端，惠军及其盟军“仁字军”、“协字军”被迫自卫，陈炯明乘机宣布惠、仁、协军“变叛”，派出整编正式陆军向他们猛烈进攻。在广州的惠、仁、协军失败，王和顺出走，这3支民军被缴械遣散。随后，陈炯明又先后派出军队攻占黄埔炮台、虎门，惠军被全部消灭。陈炯明在进攻民军时，竟调动了龙济光军和降将吴祥达的旧巡防营。
在镇压惠、仁、协军的过程中，陆兰清，李福林等民军首领、军团协会、演说会、各善堂负责人曾经到交火双方进行调解，但陈炯明既已得手，凯肯善罢干休。他召集各界代表会议，混淆黑白，硬说此举是出于万不得已，进攻惠军是“政府命令”，并非内讧，要求各界不要出面调停。他又发出布告，把冲突的责任全部推给王和顺，要求“各军民人等，不可误信谣言，致淆乱实情，动摇心志”。
慑于陈炯明的声势，其他民军纷纷自请遣散。被裁民军达9万余人，只有李福林的6个营，因朱执信的斡旋，才得以保留。
陈炯明还以“绥靖地方”为名，对各地民军进行“剿办”和屠杀。他派出冯国威的“威字营”围剿连阳的“复汉义军”。“复汉义军”因寡不敌众，尽行逃散；冯军乘胜追击，将民房烧毁，一村有民军一人，即指全村为匪。陈炯明又应潮州商民和外国领事之请，委任前清巡防营统领吴祥达为潮梅绥靖处督办，率2800人乘英国军舰抵达汕头。吴祥达以宴请当地民军首领为名，将民军首领、同盟会员许雪秋、陈芸生、陈涌波3人当场枪杀。惨案发生后，很多同盟会员为许雪秋等通电鸣冤，要求陈炯明惩办吴祥达。陈炯明自然不闻不问，吴祥达因而更加嚣张，又派人捕杀了光复大埔的有功人物、三合会首领温阿拱。
民军被裁撤后，遭遇极其悲惨。多数无田可耕，无业可就，又得不到陈炯明政府的妥善安置，于是再度沦为流民，或者混迹绿林、四处打家劫舍。后来这些人又流落入军阀队伍。
尽管民军自身有这样那样的缺点，但主流是好的。一些民军将领还是革命元老，如王和顺、许雪秋等。王和顺是1905年广西农民大起义的主要领导人之一，起义失败后，他亡命香港，加入同盟会，筹划和参与反清起义，他领导的“惠军”即使在横遭陈炯明镇压时，还是举动文明，绝无乘机抢掠情事。许雪秋也是老同盟会员，曾参与领导1907年的黄冈起义。他们都是革命功臣而不是革命对立面，对他们进行残酷镇压，不但挫伤了人民群众的革命积极性，而且严重损害了新政权的形象，使群众脱离新政权。王和顺、关仁甫、杨万夫等出走港澳后，组织“扶正同盟会”，他们推举孙眉为首领，并派人潜入广州，从事反对陈炯明的秘密活动。只是由于孙中山及时制止，孙眉才拒绝加入，扶正同盟会才逐渐解体。但王和顺等人由于对陈炯明结怨，转而对革命丧失信心，投到袁世凯的怀抱，成了袁的走卒。
陈炯明镇压了民军、残杀同志，激起一些同盟会员的强烈不满，有些人在都督府会议上公开为王和顺辩诬，大声疾呼：“今日之乱象，不是王和顺之罪过”，“比王和顺更坏而盘踞要津而无人敢过问者，触目皆是”。但陈炯明这时已控制了军队，有恃无恐，他凭借这支陆军，不仅加强了对广州的控制。而且以陆军第1师出防惠潮嘉一带，以第2师出防北江及西江一带，加强对广州以外地区的控制。
镇压民军，又助长了陈炯明的专擅自为，更加露出他排除异己的私心。广东北伐出师时，陈炯明就和姚雨平为争夺北伐军统帅权而生嫌隙。后来姚雨平北伐军为捍卫江淮、巩固南京临时政府屡建功勋，而陈炯明却一反前态，在饷弹接济上诸多掣肘。南北议和达成后，姚雨平与胡汉民商定，拟将军队调回广东高州、廉州一带驻防，筹建营房。因陈炯明阻挠而中辍，只好被迫全军就地解散，仅留炮兵1营，调回广东。该营回抵广州虎门时，又被陈炯明派兵缴械。
专擅自为的陈炯明，除了敬畏他的师尊朱执信而外，往往不恤人言，甚至于议会也积不相能。时人称广东有二陈，一个是陈炯明，另一个是警察厅长陈景华，都是杀人魔王。二陈曾判决“扶正同盟会”25名会员死刑。他们杀人很简便，不必经过什么法律手续，抓到人，动辄就杀，有时连话都不问，拉出门就枪毙。黄世仲和陈听香被杀就是比较典型的例子。
黄世仲是杰出的革命宣传家，他青年时代就从事新闻工作，1905年加入同盟会，曾与郑贯公创办《世界公益报》、《广东报》、《有所谓报》，宣传革命，抨击保皇谬论，勋劳卓著。先后著有《廿载繁华梦》、《大骗》、《洪秀全演义》、《宦海升沉录》等长篇章回小说。因他同民军首领素有联络，所以胡汉民委派他接替刘永福，任广东民团总长。黄世仲站在公正立场上，在裁撤军队问题上，主张“裁弱留强，合理编遣”，反对陈炯明“裁减他人部队，扩充自己实力”。陈炯明甚为恼恨，派人将黄世仲逮捕，以“串通民军统领，冒领军饷，私图分肥”的罪名，将黄枪决。与黄同时遇害的还有军械总局局长香益远，说他“擅将枪械发给民军”。
陈听香是当时报界风云人物，与民军首领交游颇多，所以他主持的陀城、公言两报，经常为民军说话，对王和顺更是多所赞赏。陈听香又很自负，常以民意代表和政府监督人的身份自居，撰写文章，批评时政。因而深遭陈炯明之忌。当《公言报》、《陀城独立报》、《国事报》、《人权报》等9家报纸先后刊登了广州燕塘新军“解散”的消息时，陈炯明便借口“事关军政，不容捏造事实，扰乱军心”，勒令《国事报》停刊，并传讯各报主笔，拘留陈听香和《人权报》主笔陈藻卿。陈听香不服，领衔发表《广州报界全体布告同胞书》，指控陈炯明干涉报纸之野蛮举动，“欲借报馆以逞其大威福”。陈炯明更恨之入骨，令法务局以“依附叛军，防害军政”等罪名，将陈枪决。
黄世仲、陈听香案，在社会上引起强烈反响。同盟会员潘达徵写信给陈炯明，予以责备。省议会就黄、陈案提出讨论，并向陈炯明提出质询，要求他到议会解释。陈炯明视议员为卖弄狗皮膏的“假洋鬼子”，拒不出席会议，议员们大为不满，作出弹劾陈炯明的决议。陈炯明有军队做后盾，又有广东商业资产阶级的支持，在给议会的咨文中，否认省议会对都督有“纠治权（即弹劾权）”，省议会力争纠治权，3次咨会陈炯明，但每次都被陈炯明毫不客气地驳回。议员们群情激昂，决定派代表去北京请愿控诉。陈炯明则使出杀手锏——
辞职。
陈炯明这一着果然奏效。72商会、公安维持会等团体纷纷打电话给袁世凯政府，请求挽留陈炯明，粤省军界及省港商界更“力诋省议会弹劾陈督为非”。袁世凯复电照准，并竭力慰留陈炯明，弹劾案不了了之，陈炯明也就更踌躇满志，予智自雄了。
正当陈炯明春风得意、个人权利欲开始上升之际，孙中山辞去临时大总统，同胡汉民等一起南下，来到广州。
孙中山同陈炯明作了一次长谈，想把广东改造为“模范省”，主张由胡汉民继续出任都督。这对陈炯明来说，不啻冷水浇头。他既不好公开反对，又不愿屈居胡汉民之下。权衡再三，只好一走了之。他在都督府设宴欢迎孙中山一行之后，立即出走香港。行前写信给胡汉民，“请”他代行都督职权；又写信给省议会，要求解除职务，回家“省亲”，建议省议会推举孙中山或胡汉民接任广东都督；并告诫军人服从命令，拥戴新都督。
省议会按照孙中山意图，推举胡汉民为广东都督。表面上看来，都督易人，是在谦让中实现，而实际却出现复杂情况。陈炯明控制的广东陆军，非但不受胡汉民控制，且对胡很不服气，陆军部会议厅召开会议，议决挽留陈炯明，并派团长翁式亮、李济民和军部军需司陈竞杰去香港请陈炯明归省任事。港穗商人也拥陈反胡，弄得胡汉民处境十分尴尬。在种种压力下，胡汉民不得不派陈炯明的师尊朱执信到香港请陈炯明归省。
省议会推举陈炯明任军统。胡汉民委任他为广东绥靖处经略，专门处理帮会、赌博械斗等事务；又委任陈炯明为广东警卫军总司令，责成所有各路军务处督办，总办、按抚使均归节制。陈炯明把全部军权都拿到手后，仍怨气满腹。
胡汉民身为都督，负责全省军政，但军队则不容胡汉民置喙。甚者，胡汉民计划组编1个营的都督府卫队，已经指定李海青为营长，但陈炯明坚不同意，卫队刚刚成立，就被迫解散了。
相反，陈炯明却倚恃军权，扩及政权。陈任广东总经略时，设经略处总揽军权，兼办清乡缉捕，又要求划赌盗会斗4项归军法惩治，得就地枪决人犯权。陈炯明权益大，杀戮益多。后经略处改为绥靖处，其权如故。陈炯明的权力已混入民政范围。
陈炯明与胡汉民处处作梗，打击胡汉民，而又扩大自己的势力，因而双方益成水火。胡汉民有一口诀：“救国必用粤，用粤必去陈。”同盟会广东支部易名为国民党广东支部，陈炯明在易名仪式上作即兴演说，他大声呼吁：“今日必须扩张党务，吸收人才，能达到开放主义，凡我党员，万勿分新旧畛域；盖党员愈多，人才愈众，多一党员，则将来多一选举权，并可多得一议员，政治上始有权力。”但是，由于国民党广东支部的负责人是胡汉民，在国民党广东支部征集新党员时，陈炯明竟然一反“扩张党务，吸收人才”的主张，以所谓“军人不党”为借口，严禁部下加入。在陈炯明看来，如果部下入党，身为国民党广东支部负责人的胡汉民，必然趁机插手陆军，从而削弱他的势力。
黎元洪提出“军民分治”的主张，遭到南方各革命都督的强烈抵制，胡汉民针锋相对地提出坚持“军民合治”。陈炯明本应抛却个人权力之争，一致对付袁世凯，但是，他稍后便附和军民分治之说，并在行动上极力推行军民分治，企图使都督徒具虚名。袁世凯任命他为广东护军使，陈炯明也不推辞。这样陈炯明身兼数职，尤其是护军使职，同都督权限不清。他接受袁世凯的任命后，遂开府广州，设使署，仍自兼绥靖处督办，一时权倾都督。
袁世凯极力抬高陈炯明，推倒胡汉民，造成胡、陈水火局面，以便坐收渔利。陈炯明亦有倚靠袁世凯来压胡汉民的念头。袁世凯政府的秘书梁士诒是广东人，梁是袁的心腹，称“智囊”。他秉承袁世凯意旨，挑拨胡陈交恶，多次派巨绅江孔殷当说客，竭力劝说陈炯明拥护袁世凯。陈炯明亦派心腹与梁交往。在陈炯明的默许下，梁士诏的亲信李兼善在广州设立秘密机关——“南园俱乐部”，专事贿诱粤军官，使拥陈叛胡。在李兼善的唆使下，《总商会报》、《七十二行商报》、《华国报》、《平城报》等，遇事攻讦胡汉民，使胡处于十分困难境地。宋案发生后，梁士治以“亲寿”为名，回到广州，亲自出马部署倒胡。梁贿买了许多粤军将领。
袁世凯于北京召开各省代表会议，胡汉民派秘书金章去京，而陈炯明加派官银钱局总理、国民党员邹鲁偕行。袁世凯认为邹鲁与陈炯明同乡同学，又曾同事，一定是陈炯明的心腹，所以对邹鲁很重视。除一般性接见外，还特别约见一次。袁问邹：“以陈代胡如何？”
邹当即表示反对，并提议派陈炯明去库伦处理外蒙独立事件，好把陈炯明调离广东，从而平息胡、陈之争。袁世凯不仅不肯答应，而且加紧进行以陈代胡的阴谋活动。
胡汉民本身也有许多缺点，他不习军事，未能掌握军队，性情狭隘，又是秀才造反、书生从政，缺乏足以应付时艰的实际斗争经验，习于纸上谈兵。他同省议会的关系紧张，省议会指控他“厉行军政，蹂躏法政”，甚至派温雄飞等人为代表，去北京控诉胡汉民，商界、报界对胡汉民也是一片嘲讽和叱骂之声。胡汉民原靠孙中山、孙中山已下野。胡汉民处于穷于应付的地位。
胡汉民在艰难的处境下，仍紧跟孙中山，他积极筹划了广东的反袁斗争。1913年5月初，他以个人名义通电全国，直斥“善后大借款”。他还多次提议扩编广东军队，以适应讨袁需要。在他主持下，广东制造局昼夜不停地赶造枪炮；大批粮食被购进广东，留充军粮之用。
宋案发生后，陈炯明在较长一段时间内，对袁世凯的态度保持令人费解的沉默。他和胡汉民一起参加省议会召开的秘密会议，胡汉民慷慨陈词，坚主讨袁，而独陈炯明一言不发。胡汉民禁不住问他：“公守口如瓶，外间必以公为否赞者，公宁忍坐视不相助为理耶？”
陈无以答。为了加强广东军事力量，以准备对付袁世凯的武力进攻，胡汉民多次提议，正式陆军再扩编1个师，以林震为师长。而陈炯明却不肯答应，议遂不行。广东的反袁运动，因而不能及时展开。胡汉民虽有心跟随孙中山，但手中无兵，亦无可奈何，只好一度暂主缓进。
胡汉民在犹豫一阵子后，还是坚持反袁。而陈炯明则不同，袁世凯尚不断赐给他恩典，而袁世凯又势焰方盛，因而态度犹豫，他说：“世凯虽怀不轨，但罪状未显，信用犹在，师出恐无名。”这实际上是放弃了武装讨袁的准备，给袁世凯重金收买粤军将领留下空子。