黎元洪一上台，立即下令撤销对孙中山的通缉令，并电邀孙中山入京筹商国事；内阁组成后，黎元洪和一些内阁成员分别发电迎接伍廷芳北上组阁，并电邀唐绍仪、陈炯明、岑春煊、谭延闿等来京共商大计；与此同时，吴佩孚等直系军阀除要求孙中山下野外，也分别电请孙中山、伍廷芳、李烈钧等北上共谋国是。他们这样做的目的是造成“全国统一”的气氛。
南方人士已看出这是虚伪的表示，加以拒绝，被邀人士无一北上。其中，谭延闿表示不就内务总长职，黄炎培表示不就教育总长职。伍廷芳发出通电，认为黎元洪复职没有法律根据。李烈钧态度更为强硬，联名发表通电，斥骂黎元洪叛国，说他和旧国会都是直系军阀的傀儡。结果，黎元洪拉拢西南人物入阁的计划落空。
陈炯明秘密策划推倒孙中山，但他的兵力不足，北伐军兵力逾4万人以上，他的兵力不满1．3万人。利令智昏的陈炯明于1922年6月13日跨出了最后的一步，召集叶举等人在石龙秘密召集会议，讨论叛乱军事部署。他们认为，要阻止孙中山北伐，就要断其财源，拘捕廖仲恺，锁住“孙大炮的荷包”。
6月14日，陈炯明给廖仲恺打来一封电报，假称请廖到惠州领款及协商要事。廖虽然感到陈炯明居心叵测，但为了争取陈炯明悬崖勒马，于15日如约前往惠州。他刚抵石龙，陈炯明就密电将廖仲恺扣留，旋将廖囚禁在广州西郊石井兵工厂。
同日，叶举在白云山调动部队，作好炮击观音山总统府和粤秀楼的准备。孙中山接二连三接到报告：“陈家军将谋不轨，请暂作回避。”但孙中山认为，“竞存恶劣当不至此”。直到16日晨2时，又有一军官向孙中山报告：“粤军各营，炊事已毕，约定2时出发，并声言备足20万，以为谋害总统之赏金，且言事成，准各营兵士，大放假3日。”
16日3时，总统府的粤秀楼上已听到敌人出发的号音，于是秘书林直勉、参军林树巍、辎重队长陆志云催促孙中山立即离开。孙中山才化装成医生，出粤秀楼，几经周折，到达海珠海军司令部，旋乘小艇到白鹅潭，登上楚豫舰。
叶举指挥陈家军分兵3路向总统府和粤秀楼发起进攻，震耳欲聋的枪炮声，打破了深夜的宁静。敌人一面用步枪、机关枪、大炮向总统府和粤秀楼狂轰乱射，用煤油烧毁粤秀楼到总统府的栈桥，以断孙中山的退路；一面派兵埋伏于总统府四周民房内，以便孙中山乘车出总统府时，加以狙击，企图置孙中山及总统府警卫队于死地。
50多名总统府警卫队员在团长陈可钰、营长叶挺、薛岳、卫士队队长姚观顺等人的带领下，对敌人的围攻，展开了顽强的反击，多次击退叛军的轮番进攻。上午10时左右，警卫队伤亡过多，被迫放弃粤秀楼。叛军放火焚烧粤秀楼，孙中山的著作手稿及珍贵藏书，都被大火吞没。
警卫队为了吸引敌人的火力，掩护孙中山脱险，同敌人激战，到下午3时，叛军仍然无法攻克总统府。4时，叶举请广州卫戍司令魏邦平派出军使马毓藩与警卫队团长陈可钰讲和。正在谈判间，叛军乘警卫队毫无戒备，不顾信义地冲开总统府前面的两层铁门，一轰而进，大肆抢掠总统府的枪弹、财物。
警卫队只好撤退出总统府，为掩护孙中山而留守在总统府的宋庆龄，也在叶挺和孙中山的副官马湘、黄惠龙等人的护送下，脱离险境。
孙中山脱险后，率领永丰、永翔、楚豫、豫章、同安、广玉、宝璧等7舰向大沙头、白云山、沙河、观音山、五层楼等处叛军据点发炮轰击。叛军巡河兵舰也向军舰炮击，静谧的白鹅潭，硝烟弥漫、恶浪滔天。双方激战多时，孙中山才因陆上没有支援，只好率舰退回黄埔。
6月18日，孙中山电告在宁波的蒋介石：“事紧急盼速来！”26日，蒋介石风尘仆仆地赶到黄埔，一见孙中山单膝跪下说：“先生，我来迟了！”
孙中山连忙扶起他，感慨万端：“难得你这样忠诚，不畏艰险。当初，你因为我不肯讨伐陈炯明，便弃我而走，现在想来，倒是你有先见之明。”遂将海上指挥大权交给了蒋介石。
陈炯明见武力威胁未逞，便指使亲信利用省议会名义，强迫各社团，联名电促孙中山下野。他又致电伍廷芳：“切劝孙公，敝屣尊号，示天下无私。”
伍廷芳不为所动，以总统府外交总长的身份，照会驻粤各国领事，严守中立，勿助叛军。
7月1日，陈炯明派钟荣光持函到永丰舰虚伪地向孙中山表示：“国事至此，痛心何极！炯虽下野，万难辞咎”。“惟念十年患难相从，此心未敢丝毫有负钧座。”但他最后仍要孙中山下野，离开广州。
孙中山对陈炯明严词痛斥。
陈炯明不惜重金，诱贿海军，以分化拥护孙中山的海军力量。心怀异志的海军司令温树德在陈炯明的诱迫下，秘密地与叛军签订了议和条件。他在7月8日晚接受了陈炯明的26万元贿赂后，擅自率领海圻、海琛、肇和3大舰息灯起锚，离开黄埔，驶出莲花山河面。
叛军以为3大舰离开黄埔后，孙中山的座舰永丰舰等就完全暴露在鱼珠炮台的火力监视之下，黄埔后方的海心岗水深仅有6尺，军舰难以通过，后路已绝。鱼珠炮台封锁前路，永丰舰等或困死于黄埔，或葬身炮火之中。
但孙中山早有准备，他事先派人测得新的航道，永丰舰等从容地摆脱敌人炮火封锁，移碇新造村河面与马伯麟驻守的长洲要塞互为犄角，陈炯明谋害孙中山的阴谋再次破产。
不料，海军陆战队司令孙祥夫率部反戈，7月9日长洲炮台为敌人占据，停泊在新造河面的永丰舰等，顿失屏障，处境险恶。
孙中山于10日拂晓，率永丰、楚豫、豫章、广玉、宝璧等舰，开足马力，驶向白鹅潭。沿途遭到叛军猛烈的炮击，永丰舰连重6弹。孙中山命令各舰还击，迅速压制叛军的炮火，舰队终于冒着纷飞的炮火，穿过叛军的层层封锁，驶入白鹅潭。
白鹅潭紧连沙面租界，叛军不敢向舰队开炮。但英国粤海关税务司却派人到永丰舰，以白鹅潭为通商港口和毗邻沙面租界为借口，无理要求孙中山撤离白鹅潭。孙中山严词痛斥：“此为我之领土，我可往来自由。决不受无理之干涉。”
陈炯明再次图谋谋害孙中山，派人在永丰舰下布下水雷，幸好潮水退落，永丰舰刚刚掉转船头，未造成伤亡。
陈炯明一计不成，又设一计，他派人在江门装修钢板小轮船32艘，招募敢死队300名，偷袭舰队。又计划贿买孙中山舰队士兵，发炮轰击沙面租界，造成纠纷，嫁祸于孙中山。
孙中山曾在陈炯明叛乱的第3天电令李烈钧、许崇清等北伐军回师广东，讨平叛逆。6月23日，北伐军将领召开军事会议，决定迅速回粤靖难。26日，粤军第二军、滇军、福军之全部及粤军一师回师广东，李烈钧等部留守赣境，以作后援，但是，粤军一师梁鸿楷在回师途中率部擅自脱离队伍。
7月2日，北伐军到达粤境，决定兵分数路向韶关、翁源叛军发起进攻。陈炯明抽调叛军翁式亮、杨坤如等几十营兵力，并利用有利地形，密布铁丝网，构筑防御工事，布置2道防线。
7月10日，双方展开正面交锋。由于叛军防御工事十分坚固，双方鏖战多日，成相持局面。7月17日、18日，北伐军向翁源展开猛烈进攻，叛军虽然死命防守，终究抵挡不住北伐军的锐利攻势。北伐军遂于18日进占翁源城外诸高山，翁源城内4000余叛军退出城外，埋伏在战壕里，当北伐军乘胜攻城时，伏军突起。于是，两军在城外展开血肉相搏战。深夜，北伐军派出飞机在英德附近沙口地方，抛下炸弹。翁源叛军恐后方被包抄，赶紧退却，北伐军占据翁源。是役，双方阵亡不下千人。
陈炯明要求吴佩孚派兵夹击北伐军。吴佩孚调沈鸿英部由湘南配合蔡成勋部，会攻留赣的北伐军。李烈钧部被迫退回粤境。
陈炯明调动叛军多部增援翁源。两军在翁源苦战多日，直到7月26日，叛军锐气渐挫，全线开始向韶关退却。北伐军一直追击逼近马坝车站和韶关车站。不料，投敌的梁鸿楷师于28日赶来，与连续苦战的北伐军作战。北伐军已疲备不堪，遂退回火山一线，在以后的几天内，继续后退。
8月3日，北伐军在南雄召开军事会议，决定分东西两路撤退。许崇清、李福林等部经江西入福建，李烈钧、李明扬、赖世璜等部经湘南进广西，继续讨逆。
8月9日，坚守在白鹅潭的孙中山得知北伐军回师失利，他已是孤军无援，决定离粤赴沪。下午3时，他乘英舰“摩轩号”到香港，次日，改坐“俄国皇后号”赴沪。
陈炯明对与孙中山有联系的国民党人，下令“剪草除根”。于是广州叛军，对于民党党员，大行屠杀，凡与民党稍有关系者，格杀无论。李烈钧、许崇清、汪精卫、胡汉民、伍朝枢等在广州的居处财产，也被叛军洗劫殆尽。孙中山的家乡香山也遭叛军洗劫。叛军在香山的残暴凶淫，有史未见。
8月15日，陈炯明由惠州回到广州，僭任粤军总司令。
8月18日，何香凝来到白云山找陈炯明，要他释放廖仲恺，并说：“仲恺有什么对不起你？你们说仲恺帮孙先生筹款，难道仲恺没有帮助过你吗？你在漳州两年多，帮助你的不是仲恺吗？”
陈炯明考虑到贸然公开杀害廖仲恺，于己不利，便下手令释放廖仲恺。
何香凝估计陈炯明要派人暗杀廖仲恺，动员廖仲恺立即离开广州。19日凌晨3时，廖仲恺同何香凝坐小船到白鹅潭，再转大轮赴香港，然后赴上海。
上午10时，陈炯明派士兵去抓廖仲恺，结果扑了个空。
退往上海的孙中山发表讨伐陈炯明的宣言，历数陈炯明的罪行。为了集中力量消灭陈炯明叛军，孙中山决定利用直系与皖系的矛盾，与皖系合作，利用段祺瑞的势力驱逐投直的福建军阀李厚基。
10月，孙中山将驻扎福建的北伐军改为讨贼军，任命许崇清为东路讨贼军总司令兼第2军军长，黄大伟、李福林为第1、3军军长，蒋介石为参谋长。讨贼军在驻闽皖军王永泉的配合下，多次打败了李厚基及增援的直军唐谟部，迅速占领了福州，并计划取道闽南进攻潮汕。
孙中山又派邹鲁以特派员名义驻香港，负责策划与驻广西的滇、桂军及驻西江的粤军联系，组织滇、桂、粤军联合的西路讨贼军，东下讨贼。林直勉、邓泽如、廖湘芸等，也奉命入桂，进行策反工作。
陈炯明对孙中山无日不在戒备之中，他的注意力集中在福建的讨贼军，派叛军尹骥、李云复、黄风伦、翁式亮、钟景棠各部，配合直军进攻北伐军。叛军在闽南肆意抢劫财物，污辱妇女，被暴军强奸致死的良家妇女，竟以数百计，引起人民的强烈不满。许崇清讨贼军迅速地击溃了叛军，叛军溃退潮汕。人怨甚深的李厚基和直军，同样在惨败之余，退出闽境。
陈炯明把广西方面交给桂军名将林虎，指令桂军第1师刘震寰部和粤军四师归林虎管辖。刘震寰久想取得广西总司令的地位，因而对陈炯明不满，他借口接洽军火问题，到香港同邹鲁密谈，表示加入讨陈队伍，孙中山委任刘为中央直辖桂军第二路总司令。最有势力的沈鸿英部，也不满于陈炯明扶植林虎的作法。孙中山通过岑春煊的关系，将沈鸿英争取过来，委任他为中央直辖桂军第一路总司令。孙中山又把滇军张开儒部争取过来，委任掌握实权的张开儒部将杨希闵为中央直辖滇军总司令。
12月26日，受孙中山委任的中央直辖滇军总司令杨希闵、中央直辖桂军第一路总令沈鸿英、中央直辖桂军第二路总司令刘震寰及拥护孙中山的粤军等各派代表，在广西大湟江白马庙举行会议，会商讨陈战略和合作问题。
白马会盟后，讨贼军迅速向陈军发起进攻。驻守梧州的粤军中级军官莫雄、陈济棠、邓演达等，早与西路讨贼军秘密联系，约定与讨贼军里应外合，因此，讨贼军未费一枪一弹，就收复了梧州。尔后西路讨贼军兵分3路，长驱直入，挺进粤境。
陈军兵败如山倒。1923年1月14日，陈军1师师长梁鸿楷、3师师长陈章甫通电拥戴魏邦平主持粤局。次日，洪兆麟在汕头宣布脱离陈炯明，拥护孙中山回粤。
陈炯明只好于1月15日通电下野，率叶举、熊略等残部，败退惠州。
次日，西路讨贼军进入广州。20日，孙中山任命胡汉民为广东省长、许崇清为粤军总司令、魏邦平为广州卫戍司令，并以胡汉民、李烈钧、许崇清、魏邦平、邹鲁为全权委员，代行总统职权。
2月15日，孙中山偕同谭延回到广州，3月1日，建立了陆海军大元帅府，以廖仲恺，伍朝枢、谭延闿分别任财政、外交、内务部长，蒋介石为大本营参谋长，朱培德为参军长。
孙中山回到广州，没有一时安稳的日子，陈炯明在东江虎视眈眈，已归顺孙中山的桂滇军阀也是靠不住的。4月，桂系军阀沈鸿英重演陈炯明的故伎，他接受北京政府所任命的广东督理一职，发动了对广州的攻势，一场新的叛乱开始了。孙中山亲自督战平叛，很快把沈鸿英叛军平定了。沈只身逃往香港。
一波未平，一波又起。陈炯明乘沈鸿英反叛之机，又来攻击孙中山部。孙中山知道陈炯明不去大患未除，便命各路军队围攻惠州。这一仗，称为东江之战，反反复复，扑朔迷离，东起厦门，西至广州，共打了4个多月，未分胜败。孙中山见陈炯明的势力一时难除，战争给广东人民带来沉重的负担和痛苦，若要死战，徒苦军民，便暂且保守地界，休息一阵子。
孙中山感到赶走一个军阀，又来了一个军阀，终不是办法，他接受苏俄代表的建议：联俄，联共，改组国民党，此是后话，暂且不提。
黎元洪上台后，局势不稳，内阁屡变。黎元洪一直是想请南方有影响的人物出面组阁，以便促成南北统一。他先准备恢复伍廷芳为国务总理，因曹锟、吴佩孚反对，又改为任颜惠庆组阁。由于许多阁员不肯出任，又请王宠惠代理国务总理。1922年7月下旬，黎想让南方名流唐绍仪组阁，便派人去保定、洛阳分别征求曹锟、吴佩孚的意见。曹、吴分别提出要自己的亲信高凌霨、汪士元、张绍曾、高恩洪为阁员，内阁总理由总统选派。8月15日，黎元洪正式发表唐绍仪组阁令。
唐绍仪答允出任内阁总理，但他深知北京政府为直系军阀所左右，各种矛盾相当复杂，他不急于就任，先让亲信卢信入阁，自己北上天津，以探听信息。
唐绍仪欲走马上任。不料，曹、吴提出异议，说唐虽北洋出身，但投向革命党，出卖北洋，唐组阁对北洋不利，公开表示反对。唐绍仪面对直系军阀的干涉，束手无策，只好放弃内阁总理一职，自天津匆匆南返。
王宠惠自觉长期代理内阁总理名不正言不顺，遂于9月14日提出辞职。黎元洪不得不正式任命王宠惠为内阁总理。
直系内部，曹锟与吴佩孚的想法不同。前面说过，吴佩孚与陈炯明携手，计划以黎元洪作为过渡，北倒曹锟，南倒孙中山，吴佩孚、陈炯明为正副总统。曹锟的想法，也是让黎元洪为过渡阶梯，然后自己担任总统。曹、吴的出发点不同，分歧也就越来越明显，发生利害冲突。吴反对曹过早地做总统，曹则怕吴威望过高，势力太大，抢了他的总统位子。曹、吴各拉山头，形成两派。因曹锟以直鲁豫巡阅使驻保定，其弟曹锐以直隶省长驻天津，故称为“津保”派；而吴以副巡阅使驻洛阳，故称“洛阳”派。两派斗争的焦点是内阁问题，黎元洪在两派之间受夹板气。
王宠惠内阁被人称为“洛派内阁”，因为内阁中的内务总长孙丹林以前是吴佩孚的秘书长，交通总长高恩洪是吴佩孚的同乡和忠实亲信，陆军总长张绍曾是吴佩孚的儿女亲家。总理王宠惠和财政总长罗文干明显地站在吴佩孚方面。曹锟大怒，认为吴佩孚在发展个人势力，于是暗使众议院正副议长吴景濂、张伯烈反对“洛派内阁”，王宠惠于11月25日提出辞职。
黎元洪面对洛派与津保派的争斗，一时被弄得晕头转向，无所措手足，赶忙派人分头去约请靳云鹏、顾维钧、周树模等人暂时代理内阁总理。但这几个，谁也不肯代理，一时间，北京政府成了无政府状态。
11月29日，黎元洪提出由汪大燮组阁。汪声明维持10日，10日期满去职。
黎元洪又提出张绍曾组阁，黎以为张倾向津保派，又是吴佩孚的儿女亲家。让他组阁也许可以两边都不得罪，可是津保派对张绍曾并不放心，曹锟也希望无人组阁，长期处于无政府状态，以便逼黎元洪下台。于是，张绍曾内阁一时难产。黎元洪只好托外交总长王正廷代理总理，王提出代理期限为10日。
1923年1月4日，黎元洪总算正式任命了张绍曾内阁。张绍曾一上台，即标榜南北和平统一，这与黎元洪的政治夙愿暗合，但与吴佩孚的武力统一相冲突。曹锟、吴佩孚要求内阁任命沈鸿英、孙传芳为南方政府控制地盘的广东、福建省督理，张绍曾认为此举有背于和平统一，严加拒绝，并愤然提出辞职，黎元洪极力挽留。