尽管日本反复挑衅，蒋介石还是把那不可避免的战争推迟了好几年，他认为他必须首先镇压共产党人，并提高军队的素质。但是，到1937年7 月，国民党中国依然可悲地没有准备好战争。因此，在以后的两年里，他们仓皇失措地将国家置于战时体制。
在南京的十年中，蒋曾特别注重武装力量的现代化。一个德国顾问团——其中最著名的是汉斯·冯·赛克特和亚历山大·冯·法肯豪森将军——开始训练新式的军官团。为中央军的精选部队进口了主要由德国制造的大量武器和装备。建立了空军的核心，并筹划用德国建造的潜艇、巡洋舰和鱼雷艇装备海军。
冯·塞克特将军曾特别向蒋强调，高度发达的国防工业对维持一支现代化军队是必不可少的。不过就这种工业基础的明显的重要性而论，实际成就是太少了。直到1935年，为了发展重工业，才建立国家资源委员会。资源委员会于1936年开始一项发展工业的三年计划，但直到战争开始后资金仍严重不足。因此， 1937 年国家的国防工业仍停留在草创阶段，而军队仍继续大量依赖外国的武器和装备来源。中国的兵工厂的确生产了大量的步枪和机枪，但几乎所有的重武器以及载重汽车、石油和无线电设备仍然不得不进口。大约30万军队已经接受了德式训练，但其中只有8万全部用德国武器装备。大约170万国民党军队的其余部分，以欧洲和日本的标准看，训练很差，装备窳劣，而且分属于无数实际上各自为政而又互相猜忌的司令部。
政治上，中国也已开始为预期的与日抗争进行动员，但是进展同样很慢，令人忧虑。1936年12月西安事变（第3 章《对南京十年时期国民党统治的评价》）后，国民党人与共产党人开始谈判第二次统一战线。蒋介石同周恩来于次年头六个月会谈了五次，然而到 7月战争爆发时仍未达成协议。
1937年春，蒋介石还曾采取不寻常的步骤，邀请全国400 多位头面人物到旅游胜地庐山出席谈话会，共商国是。被邀出席会议的不仅有国民党的知名人士，而且有小党派（如中国青年党、国家社会党、第三党和学术及职业团体的杰出非党人士胡适、傅斯年和张伯苓）。谈话会实际上是直到战斗已经开始的7 月16日才召开的。尽管政府早在战前就试图这样做，以便与不断高涨的抗日情绪保持一致，但它依然继续监禁如陈独秀等政治犯，并对抗日民族救亡运动的民众领袖即所谓“七君子”起诉。
不过，战事一开始，战争准备就加快了步伐。与共产党人的统一战线终于结成。政府的领导结构全部更新。同时，绝非不重要的，是政府、民众和物资开始向中国西部内地省份大规模迁移。因此，国民党统治的结构和环境都改变了，虽然它的基本特征——一种依恃武力的独裁统治——依然没有变更。
为了在政治上动员全国，政府试图同时加强蒋介石中央集权的独裁权力，并扩大其民众支持的基础。早在1937年8 月，蒋被授予新的广泛权力。难于控制的、曾负责对政府进行监督和指导的党的机构——中央政治委员会被国防最高会议（1939年1 月改组为国防最高委员会）所代替。蒋主持这个名义上的最高政府机构。同时更为重要的，是军事委员会也由蒋主持；它不仅控制军事，而且控制政府的全部行政职能。现在，按照军事委员会新修改的组织法：“（军事委员会）委员长肩负全部国防责任，拥有对陆、海、空军的最高指挥权，并指导全国民众。”蒋介石根据这项授权在委员会内建立了八个部门，负责指导政策、重工业、轻工业和商业、国际关系、民防以及作战。行政院和国民政府各部仍然存在，但它们的职责大量被军事委员会接管。
然而，在五个月里，战时状态的管理陷于一片混乱。军事委员会的司法权是如此广泛，其行政权是如此复杂并难于控制，而它与其他政府部门的关系又是如此模糊不清，以致政府工作犹如一团乱麻。结果民事管理的责任，至少在形式上又还给政府和党的相应机构。而军事委员会再度单纯负责指导战争的军事方面。尽管作了这种调整，军事委员会在整个战争期间仍然是政府的实际中心。蒋介石在各个时期还担任了其他高级职务。例如，他是国防最高委员会委员长，行政院院长（即政府总理），国民参政会议长和国民党的总裁。但是，他更喜欢通过军事委员会委员长办公室行使他的职权。
因此，在军事委员会内，他设立了参事室（由王世杰指导），它广泛地关注经济问题、财政问题和政府管理问题。即使在外交政策方面，参事室讲话往往比外交部更有权威性。还有侍从室，可理解为委员长的私人秘书处。这个机构配备过像陈果夫和陈布雷这样有影响的要人，它决定谁晋见蒋，什么情报上报给他，并就所有官职的任命向他提出建议。军事委员会还包含一个保密检查室和一个军事调查统计局，后者是一个由戴笠将军指挥的非常可怕的秘密警察组织。结果，军事委员会处于一种非正式政府的地位，在整个战争期间凌驾于国民政府正式官署之上，事实上拥有无限的权威。
在国民党内，蒋介石的个人领导权也是得到公认的。他追求党的总理职务已好些年了，在1924年党改组后，孙逸仙曾通过这个职务对国民党活动行使独裁的控制权。然而，孙逝世后，那个头衔永久为他保留着，而国民党至少自此以后在形式上实行一种委员会体制。蒋介石希冀恢复原领导原则，认为他应当得到这份尊荣；认为孙逝世后缺少一位独一无二的领袖，已经造成党的严重分裂和不稳定。在南京十年中，如在广东和广西聚集于胡汉民周围的党内的强大派别，曾经对蒋的不断增长的权力心怀妒忌。但在1938年3 月于武汉举行的国民党临时代表大会上，他终于被授予总裁的头衔（在中文里，措词是总裁，不是总理，一种并无不同的差异）。他对党的控制实际上已经完成。他也洋洋自得，欢欣地说：“余为党国奋斗三十年，至今方得全党之认识。吾党动摇已十有五载，至今日方得稳定。”随着1943年8 月林森主席的去世，蒋也担任了主席的职务。因此，在战争期间，党、政府和军队的所有最高职务都集于他一身。
甚至当蒋巩固他的独裁时，他也力图扩大他的政治基础。1938年初在武汉，民族团结精神以空前未有的热情激荡着，并且绝未再现。国民党临时代表大会，倡议设立国民参政会和三民主义青年团。国民参政会是准备为民众参预国民政府事务提供讲台的一个类似议会的机构。起初，它由从各方面遴选出来的200 人组成，企图保证非国民党员的贤达参与政事。结果小党派和共产党得到大约50个席位；无党派人士得到70席；国民党员拥有的席位不超过80席。新的参议会是这样一个明显具有代表性并有能力的机构，在战争的头一年间它反映了民族团结的情绪。
然而，参政会不是一个羽毛丰满的议会，因为它的权力是受到严格限制的。它可以提出政策，也可以批评，但是不能实施它的决议。它的权力仅仅是咨询性的。但直到大约1939年，参政会充满了合作气氛，它是一个有影响的政府机构。
三民主义青年团则是一个迥然不同的组织，它企图谋求全国青年的支持。当时所有非国民党的青年团体概行取缔（通过简便的拒绝它们所需要的政府登记的手段），而男女青年被鼓励群集于蒋介石领导之下。不过，组建青年团还有第二个目的，即恢复国民党的生机。蒋介石1938年依旧对国民党深感失望，他觉得国民党腐败无能。他宣称：
多数的党员，大概都是意志消沉，生活松懈，兴趣淡泊，工作懒散。而且也同一般流俗，一样耽安逸，讲享受，甚而至于争权利，斗私见……于是党员几乎成为一个特殊的阶级……民众不但对党冷淡，甚至要生反感。
蒋介石希望青年团能使国民党运动充满新的理想主义。他说：“中国国民党是国家的动脉，而三民主义青年团是动脉里的新血轮。”
国民党中国几次战时动员行动中，最富戏剧性的是居民、政府、学校和工厂从沿海地区向内地迁移。在战前，中国国家生活的政治文化和工业中心，是华北以及华中和华南沿海和沿江地区的城市——而恰恰是这些地区最容易受日本人蹂躏。在那些地方以外，是辽阔的内地省份四川、云南、贵州、广西、湖南、陕西、西康和甘肃。这些省份的生活自清代以来变化甚微，然而国民党人却在这里建造他们的战时根据地。
预料到与日本的这场争斗将是一场消耗战，国民政府在卢沟桥事变后立即把关键性的工业企业迁往内地。军事工业，如飞机装配厂，特别是南京、武汉、广东和山西的兵工厂，构成了1937年8 月开始的重要的工业内迁的主体。私营实业家们也受到催促，把他们的工厂迁离日本人的进军路线。8 月10日，上海战事爆发前三天，政府拨款给国家资源委员会，以帮助私人工厂从该市转移出来。战火迅速赶上这些准备工作。146 家工厂重15000 吨的设备，随同2500多名工人，甚至是在弹火纷飞下从上海迁移出来的。在战争的这个早期阶段，大多数内迁工厂的目地是武汉。但是，在许多机器还来不及拆箱和工厂恢复生产前，武汉自身也危在旦夕了。于是，向内地的迁徙再度开始。一些工厂横越洞庭湖，船运到广西或湘西；另外一些工厂则经铁路运往陕西的西安和宝鸡。许多设备放在木船上，拉纤溯长江而上。宜昌以西，江水穿过狭窄而陡峭的峡谷曲折回旋，这里船只时常由几百个拼命用力而汗流浃背的纤夫拖曳逆流前进。总共有623 家私营工厂搬迁到未被占领的地区（其中大约3/4 最终恢复生产）。武汉两家大型然而陈旧的钢铁厂，包括汉阳钢厂，是这次转运的主要部分（37000 吨）。另外，还有119 家纺织厂重32000 吨的机器，以及320 家机器制造厂重约19000 吨的机器。随同这些工厂迁移的有42000 名技术工人，其中12000 人是靠政府的财政资助来的。
国民党人曾把这次工业内迁，描述为中国人民英勇献身的证据。虽然成就是显著的，但它的效果被大大夸大了。迁移机器的总数共约120000吨，相对于当时拥有的工业设备和国民党中国的战时需要，实际上都是无足轻重的。更为重要的，假如政府事先就筹划了这次工业内迁（因为政府早已预料到要发生这场战争，它本可轻而易举地做到），这项工作或许会更加安全和更加广泛地完成。实际上，工业内迁非但不能作为中国人民爱国主义的丰碑，反而适足暴露谋图私利达到令人痛心的程度。例如，当兵工厂搬迁时，不仅机器、原材料和工人以及他们的家眷都装船运送，而且工人们私有的每一件物品，包括房门和窗户都搬迁了。兵工厂的工人们为了有限的运输工具互相进行激烈的争夺，有时甚至互相射击。私人实业家们受到来自政府保证赚钱的诱惑。他们得到保证，在5 —7 年的时间内获得5 —10% 的利润，并获准低息贷款和自择厂址。未得到这种有吸引力的许诺的大部分私人实业家，宁愿要香港或上海公共租界的舒适，而不愿接受内地的艰苦和不安定。中国金融家们同样不理会政府要求把他们的投资转移到内地的呼吁。亿万元的法币闲置于香港和上海，或者抽逃到美国。于是，有些中国人表现了一种爱国献身和民族团结的模范精神；但大多数实业家和金融家觉得，中国的抗战事业与他们个人很少或者没有关系，并且对政府的战争公债很少信任。他们不愿让爱国主义使他们的商业本能变得迟钝。
大学也加入了向内地的迁移。由于它们曾经是反抗日本帝国主义的策源地，日本军队对它们进行了特别的报复。1937年7 月29日，日本飞机轰炸了天津南开大学。翌日，日本的大炮轰毁了残存的校园。最后，他们用煤油纵火焚烧废墟，以彻底毁灭这一抗日中心。北平的清华大学先被日本抢劫者有计划地掠夺一空，然后它的建筑物被改成皇军的一座座兵营、医院、酒吧、妓院和马厩。其他在上海、南京、武汉和广州的大学都屡遭轰炸。
学生们和教授们成为涌往内地的难民潮的一部分。1939年后期，原来的大学、学院和职业学校只剩6 所留在日本占领区，其余足足有52所教育机构已迁入内地，还有25所避入外国租界或香港。参加西行队伍的那些人，有时不得不走上两三千英里才找到一个战时避难所。例如，中国最著名的三所大学清华、北大和南开起先避难到湖南长沙，他们在那里建立了一所联合大学。但是，到1938年2 月，学生们和全体教员不得不再次迁移，这次是去云南的省会昆明。一批乘火车和轮船取道广州和河内。第二批由257 名学生和11位教授组成，基本上是步行，跋涉一千多英里到达新校址。
战争使教育机构蒙受重大损失。17所学校被迫关闭；成千上万青年辍学。当然，有的学生待在家里，但其余学生成百上千地加入了国民党军队或共产党的游击队，或者参加军队的文娱或护理队。对于那些继续学习的人来说，流亡大学的条件往往是极差的，课本、图书资料和科学仪器设备均严重短缺。教授们往往丢失了他们的讲稿和其他参考资料。学生们和教授们都觉得生活条件严酷。庙宇、祠堂或篱笆墙的棚屋变成了教室和宿舍。板条箱当课桌；照明不足。
精神昂扬至少部分地一度弥补了物资的匮乏。学生们感到，只要他们继续学习，就是对他们所痛恨的侵略者的蔑视。政府当局也认为他们是国家未来的栋梁，他们为战后国家重建作准备比在军中服务能更好为国效力。因此，除偶然的空袭和其他不便外，教育体制继续照常运转。再则，因为实际上所有学生都受政府贷金资助，并免予应征入伍，大学注册人数从1936年42000 名学生增长到1944年的79000 名。
几百万难民的涌入，深深地影响中国西部的省份。直到当时，内地省份是与世隔绝的，它们仅仅从沿海地区接触到近代化的影响。相比之下，许多难民来自富有阅历的中等和上流阶级，习惯于财富、权力和现代舒适生活。他们常常屈尊俯就那些习惯古怪、语言难懂的比较土气的本地人。他们也怨恨当地的商人和房主索要歧视性的价格和租金。另一方面，当地居民怨恨下江人的架子和傲慢。新来者确实试图垄断政府的主要职能，攫取对金融贸易和经济的全面控制权。政府机关和工厂中令人歆羡的工作拒绝雇用本地人，下江人认为他们懒惰和笨拙。几年过去后，语言上的差异不再阻碍本地人与难民之间的交往了，互相通婚愈来愈寻常，而且价格上的双重标准也大量消失。然而本地人对工作和社会地位上的歧视的不满，直到战争结束还没有完全消除。