自强运动在北京得到了总理衙门的支持，恭亲王任其领班大臣直到1884年（除了中间一段短暂的时期被名义上夺去全部职务外）。起初，总理衙门负责有关通商事务的谈判，但到后来成为整个“洋务”的主要协调机构；“洋务”是清政府的一种新型活动，它包括对外交、外贸收入以及与贸易商人和传教士有关的一切事务的处理，也包括涉及西方事物的新计划，如外语学堂、军队训练、兵工厂、造船厂、开矿、商船和海军等事宜的管理。总理衙门或者直接制定这些计划，或者在朝廷上予以提倡。因而对于自强运动努力的成败，至少是部分地取决于总理衙门的政治势力。
从1861年总理衙门创设以来的大约二十三年中，人们把它 与军机处紧密地联系在一起；它确实可以被看作是军机处的一个机构。总署大臣的人数不断增加：1861年为七人，1869年为十人，1876年为十二人。从1861年到1868年，五名军机大臣中有三人兼领总署大臣；从1869年到1875年，五军机中有四人兼领；1876年到1881年，全部兼领（从1880年起，军机大臣的人数增至六人）；而从1882年到时局大变的1884年，其中仍有四人兼领总署大臣。由于军机处是清帝在处理重大政策和关键性人事问题方面的主要谘询机构，所以，总理衙门对实现清帝的政策和政纲就处于一种战略地位了。
当然，所有重要的提议仍然必须由清帝亲自批准。恭亲王和文祥（他在1876年死之前一直在军机处和总理衙门两处兼职）享有权势的大小取决于这时行使着君权的慈禧太后的喜怒。最迟是从十九世纪六十年代中期开始，慈禧（她的锋芒超过了与之共同摄政的慈安太后）靠在朝廷高级官员和皇族中提拔对立派来设法削弱恭亲王的权力。
慈禧策划的1861年宫廷政变，当然应该感谢恭亲王的合作。在随后的年代里，她作为一个仍然缺乏经验的统治者，不得不在外交和军事上大大地依靠恭亲王。恭亲王的确享有相当大的权势，但在1865年，慈禧对他的地位给了一次打击。4月初的一道朱谕，是由慈禧亲笔用带有别字的汉文起草并交大学士们润饰后下颁的，它列举了言官对恭亲王的一些指责，如目无君上，挟制圣意，以及暗使离间。其他宗室及大臣都为之辩护。不过十日，慈禧决定恢复他在军机处和总理衙门的职务。她担心恭亲王的去职可能会在地方以及中央政府内部引起恐慌，也许更担心列强的态度，因为它们被认为对恭亲王有着特殊的信任。慈禧怕欧洲人会再来找麻烦，从而失去对形势的控制。
虽然恭亲王在军机处和总理衙门复职了，但他的声望和权势并没有完全恢复过来。他被永远地夺去了1861年所封赐的“议政王”头衔。朝廷的命官们这时也都知道他并不总能邀得太后之宠眷，而且慈禧开始提拔那些以学识高深驰名的官员，他们的清议能力可以抵销恭亲王无视祖训的倾向。在恭亲王被剥夺权力的十天期间，慈禧专与谘询的是周祖培×仁，这两名大学士一直在妒忌军机处的权势。1865年冬，内阁学士李鸿藻，由于担任侍讲，得以经常觐见慈禧，被任命为军机大臣兼署户部右侍郎。李鸿藻的为人在思想上骄横傲慢，在政治上圆滑狡诈，所以不久就成为宫廷中一派的领袖：这一派包括倭仁（直到他在1871年死去时为止）和后来十分出名的顽固派如徐桐和翁同龢等人在内。李鸿藻派普遍地批评恭亲王对欧洲人的怀柔政策，特别是仰仗倭仁为思想楷模的青年御史们，对采用西方技术的必要性持怀疑态度。在1870年“天津教案”的余波中，李鸿藻及其朋友们保护了在天津曾经助长暴乱的官员，并批驳了对法国采取象恭亲王和曾国藩所提倡的那种迁就态度。
在1865年以后新的宫廷联盟中，慈禧的妹夫，即恭亲王的弟弟醇亲王也站到了反对恭亲王的一方。他在情绪上是敌视西方的，据说他在煽起“天津教案”中曾起过作用；总之，他猛烈地攻击恭亲王在解决教案时所采取的态度。在1871年3月呈递慈禧的密折中，他指责恭亲王和另一总署大臣董恂“一味媚夷”。醇亲王对总署大臣又可以任军机大臣一事极为不满。“办夷之臣，即秉政之臣……常有万不可行之事，诸臣先向夷人商妥，然后请旨集议。”慈禧认为这一密奏不宜公开，但她设法使以后的一切有关外交和防务政策的事项都要在醇亲王和与他意见相同的官员以及宗室诸王共同参加的宫廷会议上商讨。总理衙门的决策权就这样被削弱了。
恭亲王很自负，并不掩饰自己的不满，他继续冒犯这位皇太后。1869年他和其他军机大臣们进行策划，使慈禧别无选择地被迫授权山东巡抚丁宝桢逮捕和处决了她宠幸的太监安得海，因为他违制私自离京南下，一路穷奢极侈，极为招摇。安得海因向慈禧密告许多高级官员而臭名昭著；此时慈禧因安得海之死而迁怒恭亲王。1873年同治帝到了成年并开始亲政后，恭亲王反对这位年轻的君主为慈禧的享乐而重建圆明园的计划。恭亲王的奏疏慷慨陈词，象一个大胆的御史那样刚正，它规劝清帝不要行为失慎（包括微服出游），并力谏他少浪费国库财富，指出这首先要从停止重建圆明园工程开始。1874年9月，清帝无疑是根据他母亲的示意，将恭亲王革职降级——至少达一天之久。第二天的谕旨宣布按照皇太后的旨意，恭亲王的职务和爵禄都予以恢复。这种既表明宽容又显示权威的两面三刀做法，为的是让恭亲王出丑。
1875年1月，同治帝没留下一个继承人就死了。慈禧选择了醇亲王的儿子载湉当新皇帝，以光绪为年号。向新统治的过渡显然进行得比较顺利，尽管有少数官员确实提出过规谏，要求遵从祖制从下一代人中选出新皇帝，以维护孝治的礼教。载湉只有四岁，他的母亲是慈禧的妹妹。两位太后（慈安和慈禧）第二次摄政；慈禧将长期不间断地成为实际的统治者。
新皇帝的父亲醇亲王暂时引退。但有关重大事务，他都以亲王的身份参与廷议，而且他的主张比以前受到了更大的重视。 1876年，靠着秉性和机敏在宫廷中赢得各派尊重的文祥病死，恭亲王的处境进一步恶化。
在实际筹划和督办自强新政的过程中，分管南洋和北洋的两名通商大臣，起了决定性的作用。五口通商大臣之职建置于鸦片战争之后，原任大臣已于1859年调往上海。 1860年以后它被称为南洋通商大臣。原来的五个通商口岸以及在长江和南方新开放的口岸都归这位大臣管辖。1860年，江苏巡抚薛焕兼领该职，甚至在1862年4月他离任巡抚之职后仍继续担任此职；从1863年初到1866年底，江苏巡抚李鸿章兼领南洋通商大臣之职。1866年底曾国藩转任南京时，他就成为通商大臣。此后，该职始终由两江总督兼领。
北洋通商大臣之职最初设于1861年天津开放之时，由于直隶总督不能经常在那里处理对外关系方面的各种问题，恭亲王的帮手崇厚被委派为通商大臣（通常称为〔北〕三口通商大臣），驻在天津，处理在天津和牛庄、芝罘发生的涉外事务。不象南洋通商大臣，崇厚没有钦差大臣的身份；重大事情他都要会同直隶总督、山东巡抚，或者奉天府府尹，一起采取行动。然而，当1870年李鸿章任直隶总督时，决定他以钦差大臣的全权地位负责有关对外贸易和畿辅海防等事务。〔北〕三口通商大臣的职衔被取消后，李鸿章的兼职被总称为北洋通商大臣。李鸿章一年中的大部分时间住在大津，只有冬季住在直隶首府保定。
由于两名通商大臣负责处理在各通商口岸与西方交往时发生的一切事务，所以1862年的一道谕旨授予了他们监督其辖区内各分巡道员的权力，这些分巡道员分管的地区包括各通商口岸——例如，福州道台和宁波道台要向在南京的南洋通商大臣禀报“洋务”。南、北洋通商大臣的权限还扩大到包括督办所有利用西方知识和人材的新兴事业。十九世纪六十年代初，薛焕以及他之后的李鸿章，监督执行了雇佣外国教官的专门军事训练计划。1865年李鸿章创办了江南制造总局，1867年崇厚创办了天津机器局。1866年末，曾国藩转到南京任两江总督之职后，他就督管了李鸿章创办的各个兵工厂和外语学堂。1870年曾国藩得到清帝的批准，设立了江南轮船操练局，并调给它上海江南制造总局建造的军舰，甚至还有几艘福州船政局制造的军舰。南洋通商大臣此时是大部分自强计划的实际协调者。然而福州是一个独立的中心。闽浙总督左宗棠1866年底调任西北后，福州船政局就由他保举的沈葆桢经办，为此沈葆桢被钦命为福州船政大臣。但是，沈葆桢在争取新任闽浙总督和福建巡抚的合作方面存在着困难。
从1870年随着李鸿章成为北洋通商大臣以来，自强新政的领导权就被这个强有力的人物所掌握。李鸿章取得了曾国藩的合作（后者以前曾接受了李鸿章关于考虑江南制造总局各项新计划的建议，并与李鸿章联名上奏，得到敕准选派青年学生赴美受训）。李鸿章对华北以外的事务也有所干预，这在行政管理方面有词可托，因为通商大臣的体制并无明确规定。由于北洋通商大臣有保卫畿辅重地的职责，李鸿章可以直接同上海道台联系，商讨有关防务乃至贸易事务，尽管上海不在李鸿章的管辖之下。还由于江南制造总局是李鸿章1865年奏请批准创办的，所以他被公认为对这个兵工厂的事务有发言权，虽然最后的决定权属于南洋通商大臣。还由于赴美留学使团是根据曾国藩、李鸿章1872 年的联名上奏批准的，所以它就受南北洋通商大臣的共同监管。曾国藩死于1872年3月，其后不论谁被任命为两江总督和南洋通商大臣，李鸿章都尽可能设法与他们合作。两江衙门掌管着漕粮，而李鸿章的轮船招商局（1873年初期成立）却依赖着它所享有的漕粮北运的特权。更为重要的是，江苏省的厘金不断为淮军提供大部分的年度军费开支。尽管十九世纪七十年代初淮军驻扎在五个省份（而且在直隶只有一万五千人），但建立这支军队的李鸿章却被清帝视为它的协调者。
1872年1月，福州船政局以及江南制造总局的造船计划都遭到朝廷大臣们的攻击。这时，李鸿章、曾国藩二人都出来为之辩护。李鸿章本人与福州船政局的船政大臣沈葆桢联合起来，特地向军机大臣们呼吁继续对福州船政局给以财力支持。在1874年与日本冲突而发生的台湾危机期间，李、沈二人都上疏为自强运动提出了一个庞大的计划，其中包括一个新的海军规划，用洋机器采矿，以及改革现行的人事制度（沈重申他以前提出在考试中增设算学新科的倡议；李则提议在沿海和长江各省会设立讲授西学的学堂，毕业生授予文职官衔）。虽然最后的这些提议未受朝廷重视，但新的海军规划却得到批准，并且有两项采矿工程被授权进行。最使李鸿章高兴的是，在他的保举下，沈葆桢1875年5月被委任为两江总督和南洋通商大臣，同时李、沈二人又分别被特加为北洋和南洋防务大臣。1876年9月，李鸿章保举的另一个人丁日昌被委任为福州船政局（此时划归在南京的通商大臣管辖）的督办船政大臣。丁日昌不久又被任命为福建巡抚，并负责改进台湾的防务。李、沈和丁三人合作得很好，而且在自强活动中——例如，在海军计划和派遣学员到欧洲等方面——也取得了一定程度的协作。
虽然李鸿章和沈葆桢作为通商大臣享有相当大的权力，但显然他们对政策的影响归根到底还要依靠北京的支持。总理衙门热心地支持了李、沈的某些建议，但对他们的另一些建议要么不关心，要么感到办不到。例如关于资助福州船政局的问题，李鸿章在1872年就已提出要一律停建军用驳船，并把拨给传统水师的经费转用于火轮军舰；这一提案没有得到总理衙门的支持。1875年5月当朝廷讨论沿海防务时，文祥对李鸿章关于铁路、电报乃至在各省会设立讲授西学学堂的想法持同情态度。但是，两名顽固派的汉族官员，对李鸿章的建议猛烈攻击，致使它们得不到进一步的讨论。是年冬，李鸿章赴京师谒晤恭邸，请先试造在江苏一地到北京的铁路，以确保重要物资的转输。李回忆说：“邸意亦以为然，谓无人敢主持。复请其乘间为两宫言之。渠谓两宫亦不能定此大计。”在朝的顽固派显然已经形成一股不得不加以认真考虑的力量。虽然如此，李鸿章仍然发展了与恭亲王、文祥的工作关系，而且也增进了与沈桂芬和宝鋆两位军机大臣的关系，所以他的某几项计划确实得到了朝廷的支持。这时，他才发现为了推动其兴建海军和发展工业的计划，必须与醇亲王联合，以便赢得慈禧本人的欢心。
虽然李鸿章和沈葆桢都是钦差大臣，但他们却没有管辖其他督抚的权力。丁日昌是一个亲密的同盟者，但他受到了京官们的猛烈攻击并在1878年决定辞去巡抚职务。部分是由于有李鸿章的荐举，才使三名前淮军将领在十九世纪七十年代成为巡抚：1872—1874年张树声任江苏巡抚，1874—1878年刘秉璋任江西巡抚，1876—1877年潘鼎新任云南巡抚。李鸿章经常写信给这些人和在各省与之友好的其他官员，力主建造兵工厂和用洋机器采矿。许多人在建造兵工厂方面向李鸿章求助，以此作为响应；但在采矿，特别在开办讲授西学学堂等方面，除非北京本身积极支持鼓励，否则各省官员很少有人采取行动。
尽管自强的倡议必须由开明的满汉政治家提出，但在中国的某些洋人对推动和促进这些活动却起着关键性的作用。十九世纪六十年代中期，英国外交官阿礼国和威妥玛以及被清朝雇佣的赫德给总理衙门提议的内容，不仅涉及处理外交关系的技术问题，而且还谈到采用有利于中国的各种西方新技术的问题。有名的1865—1866年的威妥玛-赫德备忘录，由总理衙门转呈清帝研究并供各省官员讨论。备忘录建议实行某些内政改革，并特别强调必须派遣外交人员出国和采用包括铁路、电报以及机器采矿在内的西方新技术。然而赫德和威妥玛又提出，这些新技术应靠西方的企业引进，并应鼓励在这些领域内进行中西合作。赫德-威妥玛建议中的这一部分在当时遭到了大臣们的强烈反对，因为他们特别害怕这些由西方控制的企业。甚至连了解这些新技术内在价值的李鸿章也反对外国人向铁路、电报和采矿业投资。在谈到西方提出关于修改中英条约的要求时，他只建议中国在自己的铁矿和煤矿中雇佣外国工程师。
赫德对清政府的主要贡献在于他组织的高效率的海关服务工作。中国传统的关税管理每年必须为内务府提供“盈余”，所以因贪污行贿而声名狼藉。自1861年因李泰国请假回国而由赫德接管以来，各通商口岸的新海关事实上是由他创办的。1865年，海关总税务司由上海迁到北京。根据清帝批准的“关于招聘洋人协助海关税收管理规定”，赫德继续享有管理海关全体职员的大权。外国职员——从各通商口岸的税务司到帮办和潮汐观测人员——以及华人帮办和职员，都根据赫德制定和认真执行的业务条例归他调配管理。赫德再三提醒他的部属，他们从中国政府领取薪金，因此就是“中国政府的雇员”。征收的关税都解往由华人海关督办（大都是各通商口岸的道台）管理的中国海关银行。但关税的估算以及帐目和报告的编制都由赫德的部属来进行，他们在成功地防止走私和确保帐目准确无误等方面，做得非常出色。截至1875年，海关的洋员增到408人，华人职员增到1，417人，而在十年之后，则分别为524人和2，075人。其间，海关总税收不断增加，从1865年的八百三十万两增加到1875年的一千二百万两，而1885年增加到一千四百五十万两。
如果没有赫德的有效的海关机构，各通商口岸的贸易和航运不会那样有条不紊地发展起来。从这个意义上讲，他的主要贡献是促使中国商业的发展，大批的华洋工商界都从中得到了好处。但清政府仍然是最大的受益者。由于北京深知海关收入的利益，并且责成各通商口岸的道台来负责，所以朝廷就控制了这笔日益增加而又可靠的税收。十九世纪七十年代末，为北京所确认的清帝国的总税收，包括中央和地方在内，计约六千万两。虽然最大部分的收入仍然来源于田赋，但厘金仍达到一千八百万两（占30%），关税仍达到一千二百万两（占20%）。由于旧税源乃至厘金到十九世纪六十年代初几乎完全被指定作为既定的和不能机动的开支，所以关税对政府的一些新办事业以及紧急需要来说，其价值就无法估量了。关税基金提供了一些新办事业（如京师同文馆、神机营，江南制造总局和天津机器局、福州船政局、赴美留学使团、驻外使馆和1875年以后的新海军计划）的一部分或全部经费。
由于关税的分配是由北京控制，所以清帝对上述每一项事业的批准是保证其经费供给的关键。于是出现了下面的做法，即把百分之六十的关税分拨给有关各省，部分用于中央所辖的活动，例如用作驻扎在各省的新军的军费，或者解往北京用于清帝的兴建事业。余下的百分之四十首先被指定用作对英法战后向英法两国的赔款。赔款在1866年年中付清后，这百分之四十就归在北京的户部掌管，不过动用这项资金须经特别申请，经常要得到清帝的批准。1874年李鸿章提出每年应从这笔款项中拨出四百万两作为海防经费。这笔开支得到批准，但清帝不久又认为别的用途有优先使用这百分之四十款项的权利——特别是左宗棠在西北用兵的军费和清帝在北京周围的兴建。左宗棠在军事上之能够取胜，是靠着从几家英国银行借得的五笔为数一千四百七十万两的贷款：它们由关税作担保，并且最后由关税（部分来源于百分之六十的款项，部分来源于百分之四十的款项）来偿还。
由于总税务司赫德要负责确保征收的关税不断增长，所以他的工作必然被当成是清朝政府财政的主要支柱。在他这一方面，赫德完全控制着海关机构。清帝批准给税务司花销的巨额津贴（1876年增至每年一百万两），使得海关的洋员能够过上豪华的生活，这为许多中国官员所羡慕，并常常引起英国领事们的妒忌。总理衙门对赫德的信任，是多年来他在以下几个方面有着出色的表现而形成的：首先他是作为海关机构的全权管理者，其次是作为按总理衙门指令行事的雇员，第三是作为英帝国在各通商口岸处于领导地位时期的英国人。事实上，赫德成了总理衙门的主要外国顾问，并且能够不时地对政策产生某些影响——例如，推动以1866年半官方的斌椿使团为开端的各种使团出国，扩充同文馆使其包括算学和科学学科。赫德关于对外政策的意见和他在外交谈判中的帮助，得到了总理衙门的高度赞扬；有几次他的调停对清政府与欧洲各国的关系有着极为重要的意义。然而，尽管赫德很想看到中国变得强盛起来，但他对十九世纪七十年代中国自强政策的直接影响是有限的。他试图劝说清政府建立一个现代化的造币厂，但这一设想既未得到英国公使威妥玛的支持，也没有被清朝的官员认真考虑过。赫德提议建立全国性的邮政局，但仅仅在十九世纪七十年代得以建起一个属于海关总税务司的邮政司，限于有限的一般性营业。赫德发现，他不能争取清政府采纳他关于实现中国所需要的教育和文官制度改革的意见，这就象李鸿章和沈葆桢不能使他们的考试制度的建议引起重视一样。
从1863年李泰国-阿思本舰队流产以来，赫德一直希望帮 助中国组织一支现代化的海军舰队，由在华的英国侨民担任一定的职务，负责舰艇、船员和提供训练等事项。从十九世纪七十年代中期开始，赫德帮助李鸿章和其他官员从英国，主要从英国的阿摩士庄厂购买海军舰艇。赫德的代理人金登干是他派的驻伦敦海关办事处的税务司；金登干可以代表赫德购买船只和其他物资，甚至还可与英国当局进行半外交性质的接触。即使中国第一任出使英国大臣郭嵩焘在1877年于伦敦开设使馆之后，赫德和金登干利用邮件和电报进行密切联系，仍能多方面地在专业问题上效力：例如，在中国沿海建立灯塔和气象预报设施；代表中国出席在巴黎、维也纳和其他地方的国际博览会；以及为同文馆聘用教授等。由于身居这样一种中介人的地位，既与恭亲王接触密切，又能单独接近伦敦，赫德看到了许多改革的良机。他甚至一度希望清帝国政府能够委派他担任总海防司的新职。“我要使中国强大起来，我要使英国成为它最友好的朋友。”赫德深信如果有一个与他创建的海关相似的海军组织，中国在五年之内就会有一支难以对付的海军。他并不认为英、中两国之间有什么战略性的利害冲突，但他还是很谨慎的，并始终意识到他只是一个顾问，他之所以受到信赖是因为他的工作取得了成果。他忠实于海关总税务司的职守，并介入了几项冗长的诉讼，在这些诉讼中他针对英国政府就条约规定的海关事务，为中国的权益辩护。他达到了他的一个主要目的，即确定了如下原则：在华的英国雇员为中国办理公务时，必须首先把自己当作是中国官员，而不是在华的英国侨民。然而外国雇员总是有他们的局限之处的。1879年9月，赫德提出一项备忘录，拟请任命一位总海防司，清廷对此本已有所考虑，但一经李鸿章和沈葆桢评头品足，即被搁置起来。然 而，在这些忠心耿耿的中国官员和英国国民之两种人之间，不管相处得如何圆通和如何相互合作，但清帝国政府的选择是非常清楚的。很显然，把估算和上报关税的职责委托给外国顾问是一回事，而让他们去经管军事那就完全是另一回事了。